但是，完全阻斷各個區域的聯絡，也是做不到的。其他不說，港口自己不產糧食，這些吃的東西，都得從外面運來。而掌握港區的科普特商人，藉此大肆收受賄賂，囤積居奇。一個大餅的價格，比之前漲了幾十倍，導致城區人心惶惶。
另一方面，各個區域的管理也形同虛設。只要花錢，就能從這些人手裡獲得通行證，自由來往。因此，瘟疫還是很快就擴散到了所有區域，包括軍營和富人區。
在黑死病面前，權勢、信仰和金錢都失去了意義。謝赫僱傭的貝都因部落兵大量死亡，剩下的人倉皇逃走，回到偏僻的沙漠邊區，不敢來了。
那些南下的豪族和包稅人，自從逃離下埃及之後，都在抱團行動，希望以此保證自己的安全。而且，他們還經常在各個區域頻繁來往，尋找斂財機會。所以，在黑死病期間，這些人的損失，比以往還要嚴重的多。
等瘟疫高峰過去，他們聚集的庫斯港富人區，已經十不存一。不少包稅人整家整族地死亡，大量剛剛被他們圈佔的房產，又空餘了出來，甚至找不到能接手的人；大白天，胡狼和禿鷲，就在這些曾經讓周圍人不敢奢想的豪宅裡公然出沒，尋找食物。
上埃及的地方豪強，紛紛學著，開始閉門自保，和蘇丹政權幾近斷絕關係。維持上下層之間往來的包稅人和文官階級，幾近全軍覆沒，導致本來就脆弱的蘇丹政權，這下幾乎全盤崩潰了。
謝赫本人住在盧克索的營地裡。這個地方，就是遠古時候，埃及的舊都底比斯。別的東西可能不多，但城外的各處荒地、島嶼上，各種建築遺蹟，倒是遍地都有，提供了良好的臨時遮蔽場所。
瘟疫爆發之後，居民們習慣性地逃出城，跑到那些廢墟里避難。謝赫多堅持了一段時間，眼見秩序已經完全崩盤，也被手下架走，倉促南逃到阿斯旺一帶，躲到尼羅河中間一個島嶼上。在那裡的異教神廟遺蹟中，暫時駐紮下來。
可能是因為古埃及人支援未來的遺蹟比較多，大家跑得比較分散，所以損失的相對少一點。瘟疫結束之後，謝赫等人陸續返回，又收攏屬下，得到了一批倖存者。但之前的一系列狀況，讓他心力交猝，一時間也無力再做什麼了。
之前的歷次黑死病，謝赫和埃米爾們也經歷過。如果只是那幾次的翻版，那麼雖然會造成嚴重損失，但是大家已經習慣了。而且，黑死病也不分你是哪一方，內戰的兩邊都會受到削弱，對結果其實影響不大。
但這次，兩邊的表現，對比太過明顯，讓蘇丹政權的支持者們，都產生了動搖。
如果只是結果上的區別，還可以歸結於天命，說這只是胡大嫌棄大家罪惡太多，故意拿異教徒作對比，警告信眾們——總之不是人力所能及。最後的這些損失，也是躲不開的天罰，不能都歸因於統治者的過錯。
但這次，中間出現的各種亂象，實在太過明顯，造成的後果也非常惡劣。上層的吃相過於難看，對抗也過於激烈，甚至都有些戲劇化。以至於哪怕沒有多少文化的當地人，都能直觀地看出，這次的損失，就是這些平日裡人模狗樣的所謂社會精英，自己作死作出來的。而他們自己，最後也沒能逃離懲罰，幾乎是個樣板級別的教育故事。
瘟疫之後，不止是普通人，很大一部分中下層教士和官員，也開始對之前的立場持懷疑態度。一些上埃及的豪強，也開始偷偷地試圖和羅馬人建立聯絡，表示自己可以配合他們的政策。只要他們把這些騎在自己頭上的討厭鬼趕走，剩下的事情，大家都可以談。
相比於之前幾任以抽象行為藝術聞名的蘇丹，謝赫其實算是個比較踏實能幹的人——他甚至嘗試過平抑糧價和幣價，只是從來都沒成功過就是了。
在這種情況下，那些過度自信的獨夫暴君，其實反而能堅持更久。倒是這樣的人，更容易學會反思，結果陷入自我懷疑中，開始撐不住了。
謝赫的謀士們也建議，目前這個狀況，堅持下去也意義不大。不如趁著大家都沒反應過來，羅馬方面沒有來得及組織軍隊南下，上埃及本地勢力也沒有和他們對接好投降的事宜，先去找羅馬人談判。要是拖得太久，時局進一步變化，手裡的籌碼反而更少了。
就這樣，他們很快派出使者，開始進行接觸。經過半個多月的各方商談，最後得出了一個大家都能接受的結果。
由目前居住在開羅的納斯爾丁長老作保，雙方達成協議，謝赫會離開軍隊，前往麥加朝聖——在天方教世界的傳統裡，這個舉動大概就相當於“通電下野”，是一種體面退出的方式。
原控制區的馬穆魯克，都和之前那些同行一樣，由羅馬方面收編。他們在名義上，會保留伊克塔和爵位，但不再進行實際的管理，而是由官府派出人員，接替原本的包稅人，治理這些封地，以此換取職務和年金。很多馬穆魯克本來就管得身心俱疲，因此這一條，反而很容易就答應了下來。
由於管理人員缺失嚴重，埃及行省會派出官員，接管上埃及地區，並且保證一年內就進行新一輪選官，允許所有人參加，不限出身和信仰。不過，當地的豪強和教士都堅持，財政方面的管理職位，必須留給當地人——至少也得是科普特人，不得允許外來的猶太人和義大利人任職。對此，行省方面也能理解，就答應了下來。
這幾個最重要的地方敲定之後，大家就沒有什麼太糾結的了。協議很快透過，兩個埃及也再次運轉起來。
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