如果以後的吏部和刑部不聽話，部推的人選不合自己心意，那又該怎麼辦？把錦衣衛監直接改頭換面的事情行不通，朱由檢只能把自己最壞的打算拿出來，向眾人道：“部推可以，但是不能只由吏部和刑部。”
“衛尉寺的事情和三法司有關，都察院和大理寺也應參與。”
“衛尉寺又有兵馬，需要有統兵經驗的人統領，兵部也要參與。”
“按照推選錦衣衛掌印的慣例，從錦衣衛指揮中推選衛尉寺卿。”
“朕會任命衛尉寺卿提督西司房，負責抓捕盜賊。”
這樣退了一步，丟擲特意留下的西司房。東司房和新設的南司房、北司房，仍舊完全受他控制。
群臣心中歡喜，覺得又取得了一點小勝利。
袁可立覺得這樣和以前推選錦衣衛掌印差不多，只是推選出來的衛尉寺卿，只能提督西司房。錦衣衛東司房和北鎮撫司等部門，仍舊不受限制。
所以他要求皇帝明確，錦衣衛如果抓人，都要透過衛尉寺，駕帖由刑科僉批。
已經退了一步，朱由檢沒有在這點上模糊，決定道：
“錦衣衛如果緝拿不法，都會以衛尉寺名義。”
“駕帖和逮捕令要規範，衛尉寺自行決定逮捕的，在朝廷需要刑科僉批，在地方沒有刑科，那就由當地提刑按察使司僉批。”
“三法司申請衛尉寺逮捕的，不需要另行僉批。”
這是在明確權力、簡化流程，群臣沒有異議。
萬曆怠政時期有時候刑科沒人、錦衣衛就沒法逮捕的事情，他們也不想再經歷——
當今天下的盜匪那麼多，不可能把逮捕令都送到朝廷，讓刑科給事中一一僉批。
地方提刑按察使司有僉批權，是非常有必要的事情。群臣都希望衛尉寺打擊盜賊，讓天下更加安定。
三法司申請逮捕的罪犯，自然也不需要另行僉批。
朱由檢的這些舉措，讓他們知道皇帝確實在為朝廷考慮。他們也願意就這個問題，繼續商討下去。
但是朱由檢接下來的要求，他們的意見就比較大了：“衛尉寺專業性強，而且涉及機密，屬員要自行任命，無需吏部參與。”
“如果諸位贊同這一點，朕就按這個方式設立衛尉寺。”
“如果不贊同，那就另行商議。”
另行商議就是擱置，僉批的事情好不容易定下來，怎麼能因為一些屬官打亂。
最終，在群臣和皇帝的商議下，在吏部為了大局的主動退讓下，眾人議定除了衛尉寺卿之外、衛尉寺少卿也由吏部會同兵部、刑部、都察院、大理寺，從錦衣衛中推選。
其他衛尉寺屬員，可以自行任命。
衛尉寺設立的事情，就此定了下來。
《明史》：漢朝會，則衛官陳車騎，張旗幟。
唐沿隋制，置衛尉卿，掌儀仗帳幕之事。
宋衛尉領左右金吾衛司、左右金吾仗司、六軍儀仗司，主清道、徼巡、排列、奉引儀仗。
元置拱衛司，領控鶴戶以供其事。
明初，置拱衛司，秩正七品，管領校尉，屬都督府。
後改拱衛指揮使司，秩正三品。尋又改為都尉司。
洪武三年，改為親軍都尉府，管左、右、中、前、後五衛軍士，而設儀鸞司隸焉。
十五年，罷儀鸞司，改置錦衣衛。