十月七日，朱由檢為天啟皇帝上諡號達天闡道敦孝篤友章文襄武靖穆莊勤悊皇帝、廟號熹宗。
最初禮部擬定的是僖宗哲皇帝，朱由檢想到周僖王、唐僖宗都沒有什麼好名聲，不願給皇兄這麼差的廟號，御筆改僖為熹，改哲為悊，含義稍好一些。
諡號廟號確定後，天啟皇帝徹底成了過去式，朝堂進入了朱由檢的時代。
內閣大學士黃立極等人請開經筵及日講，朱由檢不願在大冬天召開復雜的經筵儀式，也不願在這時選定知經筵事或同知經筵事，以寒暑暫免的慣例，把經筵放在明年春天開始。
同時，為了不給人留下不愛讀書的印象，朱由檢定在十六日常朝後，舉行第一次日講，以後除了朝會日期外，每日舉行講讀。
按照慣例，朱由檢封自己生母的弟弟劉效祖為新樂伯、劉繼祖為錦衣衛都指揮同知，他們的兒子劉文炳、劉文耀等人也都封為錦衣衛指揮同知，在裡面領取俸祿。
皇后的父親周奎，也按慣例被封為都督同知，等待以後封爵。
同時朱由檢也追尊萬曆皇帝的選侍李氏，也就是所謂東李娘娘，曾在朱由檢生母去世後撫育他。這位李選侍在天啟元年二月封莊妃，被宮中太監氣得憤鬱而亡。朱由檢感念她的養育之恩，賜她弟弟田產，授予公士爵位。
封賞親戚之後，還要封賞身邊人。朱由檢封徐應元弟侄一人錦衣衛都指揮同知，太監王文政、王國泰、王永祚弟侄一人錦衣衛指揮使。
其他潛邸太監王佐、陳秉政、齊本正等人也都各有封賞。不過對他們朱由檢就沒有那麼大方了，大多隻給他們的弟侄公士爵位，只有社會地位，但不發放俸祿。
甚至，對徐應元等人朱由檢也不想發放世職，只是魏忠賢封出去的廕襲太多，朱由檢太小氣難以籠絡他人，只能先賞給他們世職了。
然後，在魏忠賢上交捐納公士搜刮來的價值百萬兩銀子的錢糧後，朱由檢正式批覆魏忠賢等人上奏的東江功勞，魏忠賢、王體乾、徐應元、崔呈秀等人，各蔭錦衣衛指揮同知。
這讓魏忠賢心中大定，知道皇帝仍舊需要自己。無論是林丹汗封貢還是搜刮為天啟皇帝建陵墓的錢糧，他都完成得很好，皇帝也已經接納他，把他排在徐應元前面。
自忖皇帝還需要在全國各地搜刮錢糧，不會輕易處理自己。再加上十月五日楊所修指揮陳爾翼攪渾水，想把東林餘孽攪進來，魏忠賢覺得朝堂上有一股暗流，自己要儘快解決崔呈秀的事情，把罪責推在他身上，消除身上隱患。
所以就在十月十四日，雲南道御史楊維垣上疏，彈劾兵部尚書崔呈秀立志卑汙、居身穢濁、與舊輔馮銓爭權有隙等等。極力詆譭崔呈秀，誇讚魏忠賢的忠心，甚至把外面傳言的天啟皇帝駕崩時魏忠賢和崔呈秀有陰謀也解釋了一下，把髒水都潑到崔呈秀身上。
裡面寫的“誤信呈秀”等語，讓朱由檢看了很是好笑，覺得這封奏疏的目的不是彈劾崔呈秀、而是為魏忠賢辯解。
再想到楊維垣作為閹黨干將，曾經首先提出重新評價三大案、引出《三朝要典》編撰，朱由檢對他的目的也猜出了幾分。無外乎是和崔呈秀切割，把罪責推到他的身上，保住閹黨其他人。
想到袁可立還在路上沒有進京，用這封奏疏趕走崔呈秀的說服力也不夠，朱由檢批覆楊維垣“率意輕詆”，責怪他沒有證據胡亂彈劾，沒有拿這封奏疏問罪崔呈秀。