在確定每一塊水田和旱田的等級，記載其實際長寬（十二間、三十六間等）和麵積，然後乘上鬥代，算出每塊地的石高（分米，即收繳額），最下面記載所有者姓名。
在賬面的最後按等級計算出面積和石高，然後再算出該村田地和宅地的合計面積以及村的總石高。
將寫有以上內容的檢地賬交由村民進行抄寫，並讓他們提交承認其內容的字據，這樣事後就不會有人對面積和鬥代提出異議。
檢地奉行和奉行人、代官等在這份抄寫本的檢地賬上蓋章，然後交給村民保管。以上種種，都是檢地奉行、奉行人、代官等人的任務。
這樣就形成了一座領主階級的金字塔：以家督上條清定為頂點，其下分列著家臣、陪臣（家臣的家臣），是一種多層的主從關係。
而這種主從關係得以成立的關鍵在於根據石高分封領知（恩賞）以及受封者的奉公（兵役），因此，石高是確定領主階級主從秩序所必需的工具，實行檢地正是為了把握石高。
既然運用檢地規定的標準來統一長度和容積，並據此計算石高，那麼比如說一萬石的領知額，從原則上來說，不論在刈羽郡還是在其他地區都應該是一樣的。所以清定只要透過計算石高，就可以把大名轉封到任一地區。比如說，按照相同的標準，凡一萬石的大名需要承擔五百人的兵役。還可以據此建立起一個統一的大名門第及排序的體系。同樣的事也發生在各大名領的大名及其家臣之間。透過建立起這樣的制度，統一政權就能成為一種超越的、專制的權力。
但是，檢地並非由奉行人、代官擅自實行，而是他們需要先接觸村落，讓村中的代表人物作為嚮導，然後才能進行。
如果沒有村民，上條家的檢地奉行、奉行人、代官是不可能知道村落的分界、田地的等級和田地名請人姓名的。當然，決定等級的時候，檢地奉行、奉行人、代官若根據日照和水利情況希望將其定為上等，就會和村民產生矛盾，但這也說明村民可以在檢地現場表達自己的主張。
雖說領主與百姓的身份區別很大，百姓的主張也有可能不被接受，但總的來說檢地賬是經由雙方利益碰撞後定下來的，所以村民也對檢地賬的內容負有責任。檢地的奉行人、代官蓋章後將檢地賬交給村落，此時百姓提交證書，就表示承認檢地內容，尤其是其中的村高，也意味著本村承包了年貢的繳納。
年貢額一般以村高為基準，再乘以幾成、幾分這樣的年貢率，以村為單位計算，針對村落徵收年貢。村吏（特別是莊屋、名主）以此為基準，根據每一個村民的承擔額分別徵收，集齊全村的年貢額之後再上繳給領主。如果有不能繳納（未進）的百姓，莊屋等人可以墊付，總之要備齊全村的年貢額後再一次性上繳。這就是年貢的“村請”。因為村落承擔責任，所以村的石高非常重要。
那麼，像這樣透過給予所領（土地）來確立領主階級（武士身份）內部的主從關係、領主與農民（百姓）之間的統治與被統治的階級（身份）關係的制度，就被稱作知行制，不過，狹義上用作前者即主從關係的場合比較多。另外，以這種關係為中心形成的社會被稱作封建社會。清定以石高為基準構建起知行制，並從刈羽郡開始推廣至上條家治下的領國，建成了統一的石高製為基礎的知行制。
由於上條家在統治從敵方手中奪取的領地和一些無主之地時，基本上是讓當地的領民自行上報（百姓指出），並以此為依據掌握原領主的所領範圍和徵收年貢、徭役等等。而像寺院、神社等擁有領土之人，則是以石高申報各自的知行額（領主指出）。
不過，也有一些例外。
根據申報，與上條家有淵源的刈羽郡鵜川莊實相寺領的當知行額（該收繳的年貢等）為一千一百石，但清定卻以實相寺中供奉著上條定憲、上條彌五郎以及諸多上條一族之人的牌位為由，直接給予實相寺‘不輸（不納賦稅的權利）’的特權。
米山寺因捐出大量典籍用於鄉中教育，其當知行額兩千石被清定免除兩年。
而被清定授予苗字帶刀特權的山口村、巖原村、劍野村、泉田村、大月村這五座村子則是享有四公六民（四成上繳主家，六成農民自留）以及不用承擔任何勞役的優惠政策，倘若遇到收成不好的年份還會再往下進行減稅或者免除當年的年貢。
當然，“指出”的內容和格式都有明確規定。
上條家的家臣們還被清定命令提交帶有自己血印的誓書，發誓如實申報自己治下田地、宅地、山林的情況，若有可疑之處可以追問百姓，若有不實之處則會被沒收全部所領。就連刈羽郡中的勝願寺、極樂寺等一向宗寺院也不例外。
就這樣，在清定的指示下，上條家的家臣們分門別類地統計自己當知行的田地、宅地等土地的面積和收繳額，然後提交“指出”和血印誓書。另外，他們還製作了記錄明細的賬面，以便統計“指出”。收繳額原則上按前一年實際收穫的數量登記，原先用貨幣繳納的部分也被命令換算成大米，全部按照石高來進行申報。
檢地，其實是一項極為耗時、耗力的大工程，並不是每一年都能順利實施的。如果一名領主想要增加自己的農業收入，就只能選擇在主家承認的領地範圍之內，進行開墾新田、興修水利等，以此來提高農作物的產量。當主家無法及時統計的產出，則是被稱之為‘實高’。
天文七年，五月一日。
經過指出檢地，以及透過尺、繩、竹竿等工具進行實際檢地後，上條領的石高達十七萬五千六百石。其中，還包括了柿崎景家、大熊朝秀、平子房政、福島政為、金子尚綱、發智長芳、榆井治部少輔、市河賴房、北條高定等人的領地。
至於山本寺定長、安田景元、福王寺孝重、長尾房景、長尾為重、本莊實乃、齋藤定信、直江景綱等人，以及揚北眾諸將的領地，上條家目前還沒有餘力去進行檢地。