其下轄三千營、神機營、五軍營等親軍精銳。
三千營為三千騎兵營。
按照朱存梧的規劃，往後三千營所乘的戰馬，將是能修為強大的妖獸，不過目前只能用鬥羅世界的魂獸湊活；
神機營為機關術部隊，目前也在待建中。
朱存梧的規劃目標是，神機營擁有上千兵魔神及大型機關獸，以及各種機關戰車和浮空戰艦，暫時人員三千。
想來有了墨子和魯班孫臏等人的加入，建設進度會加快不少。
五軍營，分中軍營、左軍營、右軍營、前軍營、後軍營五大營，各統率三千已經修煉的修士士卒，合計一萬五千人。
三千營和神機營、以及五軍營下屬的五大營，各設指揮使一人，位正四品，列前將軍；
此外，五軍營還另設五軍鎮撫使一人，位從三品，列右將軍，負責節制五軍營，也是為制衡中鎮撫使所設。
目前中鎮撫司下轄兩萬一千兵馬，有兩個鎮撫使和七個指揮使，實力雄厚，也是整個錦衣衛的重要依仗。
東鎮撫司，也是新設的情報司，專司負責對外的情報偵察，為軍事政治行動提供重要的支援，目前在幾個異世界以及主世界本土周邊國家活動。
南鎮撫司，和以前一樣，負責監察錦衣衛內部，掌管錦衣衛中下人事任命。
西鎮撫司，是從以前的上中所、上前所等六所改制，專司刑獄，負責審理案件，執掌詔獄，擁有審訊權。
北鎮撫司，和以前一樣，負責監察地方和軍隊。
於五京二十一省各設檢校局，各府郡設巡檢所，擁有監察權、抓捕權，但是沒有審訊權，涉案人員抓捕後，都要移交給西鎮撫司來審查。
西鎮撫司的設立，也是對北鎮撫司權力的制衡。
至於負責御馬屯田等事務的訓象、屯田、馬軍三所，則直接廢除，相關事務也移交到太僕寺、農部等機構。
如此一來，六大鎮撫司分別擁有護衛、軍事、情報、人事、審訊、監察抓捕等許可權，讓整個錦衣衛的權勢更上一層樓。
而六大鎮撫司之下，則是錦衣衛的基層機構以及編制了。
由於泰武皇帝對千戶、百戶兩詞感到膈應，所以將千戶改為了檢校，百戶改為巡檢。
也因此，以前的千戶所改成了檢校局，千戶改為檢校，位正五品，列左中郎將；副千戶改為副檢校，位從五品，列右中郎將。
百戶所改成了巡檢所，百戶改為巡檢，位正六品，列前中郎將；試百戶改為副巡檢，位從六品，列後中郎將。
總旗改為武威校尉，位正七品，列上尉銜；小旗改為武德校尉，位從七品，列中尉銜。
其餘的大漢將軍、校尉、力士以及緹騎等，一律改為錦衣校尉，與武德校尉、武威校尉一起共列六等，其下分別是：
武略校尉，位正八品，列左尉銜；
武節校尉，位從八品，列右尉銜；
武毅校尉，位正九品，列前尉銜；
武顯校尉，位從九品，列後尉銜。
而關於錦衣衛的制服，同樣做了整改。
都指揮使和左右副都指揮使三人賜穿蟒服；
指揮僉事、鎮撫使、指揮使等人，賜穿飛魚服；
檢校、巡檢等人，賜穿鬥牛服；
武威校尉和上三親軍校尉，則賜穿麒麟服；
其餘鎮撫司的五等校尉，皆穿戴五色錦衣。
經過整改之後，錦衣衛的小卒子也有從九品的官身，且有機會穿戴尋常四五品官員都少有賞賜的麒麟服，讓宗室勳貴、以及軍中士卒眼紅不已，紛紛想要加入錦衣衛。