長門一家人所在的雨之國村莊外，一行神秘人突然出現在樹林之中。
“根據我們收集到的資訊，那雙眼睛出現在了這座村莊裡。”
其中一名領頭人拿出了事先收集到的情報，在確認無誤後，朝著身後的一行人說道。
“聽團藏大人說，那雙眼睛具有比寫輪眼更加強大的力量，需要我們將那一雙眼睛完整的帶回去，恐怕沒那麼容易。”
另一名同行人回應道。
原來這些人都是志村團藏手下的暗部成員，每一名成員都佩戴著各式各樣的面具，身穿著灰黑色的忍者作戰服裝，並且在原地停留的時候也保持著完整的隊形，還有幾人在周圍隱蔽、警戒，儼然是一隊精英級別的作戰部隊。
“容易的話，就不會輪到我們來做了。”那名領頭的忍者說道。
“不過既然是團藏大人安排的任務，我們就要拼盡全力完成，沒有任何退路。”
這句話在場的眾人都十分認同，志村團藏對於手下的根部實行了鐵血手段的統治，任務失敗的後果，在場的眾人都知道。
“既然已經找到了目標，那麼就開始執行任務吧。”
在領頭忍者的帶領下，一行人迅速殺向了眼前安靜、祥和的村莊。
“外面是什麼聲音？”
根部在村子裡肆意屠殺的聲音傳到了長門一家人所在的木屋內，驚動了屋內的四人。
“不好。”長門心中暗道，他太清楚了那是戰鬥傳來的聲音。
“是外國忍者進攻了雨之國嗎？還是其他的人員？”幾個念頭在長門心中閃過，他也無法判斷出外面的局勢。
不過為了父母的安全，他還是準備先行撤退。
“父親、母親，我先帶著你們離開。”
“長門伯伯，外面究竟是怎麼了？”才幾歲的小晴還沒有經歷過戰爭，正縮在門口，緊張兮兮地打量著外面的動靜。
長門不忍地看著眼前的小姑娘，猶豫片刻終究還是說出了事實。
“應該是有忍者進攻了村子，我準備帶著父母先行離開，你要和我們一起嗎？”
如果小晴願意的話，長門也不會對於這個小姑娘坐視不管，也會帶上她一起撤離。
“可是、可是我的爸爸媽媽還在村子裡面。”小姑娘雖然十分緊張、害怕，卻仍然記得自己的父母還在村子裡，她捨不得獨自離開而丟下自己的父母。
“要不，長門伯伯你們先走吧，我、我要回去找我的爸爸媽媽。”小姑娘雖然一臉的糾結，但還是做出了自己的選擇。
說完，小晴就準備向外跑去。
“等一等。”就在此刻，長門攔住了小晴。
“通靈之術。”長門直接使用出了通靈術，召喚出來了變色龍，隨後面對自己的父母說道。
“父親、母親，我先讓我的夥伴帶著你們離開。我自己會陪著小晴去找到她的父母，然後一起離開來追上你們。”
最終，長門還是沒有忍心放任小晴這個相處了三個月的小姑娘一個人去送死，更不忍心看到小晴獨自去面對一個悲慘的結局。
“你、你們去吧，我和你父親都會一直等著你回來。還有，萬事要小心，不要強求。”
長門的父母也不忍將長門強行留下來，善良的他們也不能做到見死不救。
“我會的，母親。”話剛說完，長門便帶著小晴朝著她家的方向趕去。
剛一出門，長門就注意到外面的情況要比他想象中更加嚴重，不遠處的村落中火光沖天，哭喊聲與哀嚎聲隱隱傳來。
也就是因為長門的家位處在村子的偏遠處、所以還沒有遭受到波及。
而小晴的家則處在村子的邊緣，雖然不用深入村子中心，卻也承擔著不小的風險。
“長門伯伯，我、我害怕。”
跟在長門身邊的小晴何曾見到過這種場面，已經被嚇得六神無主。
“沒事我會保護你的，現在我們趕緊朝你們家的方向趕去。”說罷長門便牽起小晴冰涼的小手，朝著一個方向趕去，他記得小晴的家所在的方位。
只是由於長門身體虛弱，小晴又還太小，所以兩人趕路的速度並不算快。
長門本想通靈出地獄犬或者是鐵犀牛載著自己和小晴趕路的，卻又擔心目標太大會吸引敵人的注意力，所以兩人只得步行趕路。
當長門和小晴趕到時，就已經可以看到小晴的家中同樣有火光傳來。
“爸爸媽媽！”
此刻小晴對父母的關心戰勝了恐懼，瘦小的身影朝著自己家跑去。
見此情景，長門也只得快步跟上，並做好了隨時戰鬥的準備。
“啊啊啊啊！”
小晴的驚叫聲突然爆發，在她的瞳孔中倒映出來的，是倒在血泊中的小晴父母。
根部的做事風格一成不變，寧可殺錯，絕不放過。小晴的父母都被根部的忍者割開了喉嚨，早就氣絕身亡了。
《陣之書》原文記載，志村團藏為了實現自己對忍者的理想的需要，成立了暗部養成部門。
這個組織位於木葉的影子底下，將樹根深深扎進黑暗裡，最大的目的就是在暗中消滅會妨礙村子繁榮的障礙。為此，他們執行任務時不擇手段，這正象徵著團藏的“忍之黑暗”，是一個無情且殘酷的組織。
由於猿飛日斬在繼任火影后沒能有效延續二代目火影·千手扉間治理宇智波一族的基本方針，導致讓團藏揹負起了村子的黑暗，團藏由此獲得以暗部培訓部的名義成立了隸屬於自己的獨立組織“根”的權利。
在《疾風傳·卡卡西暗部篇》中，“根”成員曾奉團藏之命，組建十人隊伍執行對在九尾之亂結束後重新上任的三代目火影實行暗殺，但由於曾被拉攏的旗木卡卡西的倒戈而失敗。
在宇智波滅族事件之後，猿飛日斬下令解除團藏“火影輔佐”的職務，並讓團藏將“根”解散。
雖然“根”在宇智波滅族事件後就已經解散，但仍有不少成員繼續在暗部任職，甚至繼續效忠於“根”。若干年後，該組織因得到了木葉兩大顧問水戶門炎和轉寢小春的支援而重新恢復建立。
《陣之書》原文記載，根的隊員是由團藏直接招募組成，團藏選擇的物件是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等。
隊員需要接受“消滅自我“的訓練，為了守密，也會對他們施加咒印，團藏徹底將他們培養成完全執行任務的棋子。
所謂“根”之人，沒有名字、亦無感情。沒有過去，無未來。心中只有任務，在背後支撐起木葉村這棵大樹的是深扎於大地之中的“根”的意志。
“根”成員佩戴的面具比火影直屬暗部的面具要更加豐富多彩，並不只限於仿照動物的面部。
“果然就是志村團藏手下的根組織。”
長門一眼便認出了對方的身份，推測出應該是團藏在上次交手撤離後，派來尋找自己的。
而這些村民，包括小晴的父母，都是被自己牽連住的犧牲者。
為此，長門心中慚愧。他一把將小晴拉回身邊，擋在了身後。小晴剛剛的叫聲，也驚動了前方的兩名根部忍者。
“那邊，還有兩個漏網之魚。”
兩名佩戴著面具的面具的根部忍者轉身朝著長門和小晴的方向殺來。
“嗖嗖嗖嗖！”
四隻苦無朝著長門和小晴的方向飛來，在這兩名根部忍者眼中，解決掉長門和小晴這兩個孩童就像踩死一隻螞蟻那樣簡單。
“不對，那雙眼睛是？”
忽然其中一名根部忍者發現了長門眼眶中那一雙淡紫色的眼睛。
“那就是團藏大人要找的輪迴眼？”
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