在清廷與沙俄簽署的《清俄密約》中，除了西北的部分路權、礦權，沙俄還獲得了在東北建立教堂，自由傳教的權利，嚴重的傷害了中國主權和當地百姓權利。
為了應付沙俄這種深入基層的侵略，靠近東南防區的北方邊界江濱，在邊防軍的主導下建立了鋤社、屯堡等半軍事組織，透過軍事化手段把民眾團結起來。
而對於東北內地的百姓來說，只能自發的抱團，組成義和拳等組織。
在中華內亂之後，沙俄對於東北的侵略愈發的明顯，短短兩個月，沙俄就在黑吉兩省新建了四座大教堂，民間鄉鎮的小教堂更是不計其數。
在此刺激之下，早已經處於爆發邊緣的東北百姓開始在義和拳的團結下，開始對沙俄的教堂進行打砸搶燒，並且愈演愈烈，向著俄國人開設的店鋪、僑民區蔓延。
這一訊息傳回聖彼得堡，令沙皇尼古拉二世十分惱怒，震怒之餘，尼古拉也將中國的亂局視作一場機遇，他手下的權臣們也把這當做是擴大沙俄在東北的利益，甚至一舉奪佔整個東北的“大好機會”。
因此，沙皇下令要求遠東“對中國人進行斯拉夫式的報復”。
所謂的斯拉夫式的報復非常簡單，就是屠殺。
大批沙俄軍隊被紛紛調往遠東地區，到6月初，陸續到達東北邊界的沙俄軍隊已達到八萬人之多。
同時，沙俄開始在阿穆爾軍區和西伯利亞軍區分別徵召一萬六千八百五十五名和九千五百一十五名預備役兵員入伍，在短時間內完成了軍事動員，分別前往伯力和雙城子。
在軍事動員的過程中，阿穆爾省針對華人的犯罪和迫害也在飛速增長。
1900年7月15日，前往支援“準備進攻哈爾濱”的俄軍的兩艘俄軍兵輪“米哈依爾號”與“色楞格號”駛抵璦琿江面。
駐守璦琿的邊防軍將士立即做出反應，派出軍隊乘船阻攔，警告沙俄勿要越界。
面對邊防軍的勸阻，“色楞格號”毫不領情，當即開炮射擊，造成一艘舢板側翻，一人中彈身亡，兩人受傷。
面對俄軍的攻擊，邊防軍立即使用城頭的兩門75mm速射艦炮還擊，擊傷“色楞格號”，重創“米哈依爾號”，擊斃擊傷俄官兵十二人。
“米哈伊爾號”返回途中因損管不力，選擇在江邊擱淺。
對此，沙俄阿穆爾省軍管省長格里布斯基立即率騎、步、炮兵趕到璦琿對岸的俄軍哨所，炮擊璦琿城。
由於東北的資訊較為閉塞，駐守當地的邊防軍和黑河屯駐軍以為俄軍發起全面進攻，開始回擊海蘭泡，“黑龍江事件”正式爆發。
面對邊防軍的進攻，海蘭泡城中的沙俄軍隊一面反擊，一面對城內的華人大肆搜捕，僅第一天就殺害了近六百人。
聞此訊息，駐璦琿邊防軍司令，第十一師師長龔文堯一面派出人員前往交涉，一面調集軍隊，做好猛攻海蘭泡的準備。
海蘭泡中居住了1.5萬的中國人，其當地治權歸屬中國，主權歸屬俄國，在這一個月中，已有數千人逃離海蘭泡，渡江前往璦琿等地尋求庇護。
對於逃亡的華人，俄軍派出起兵衝擊渡江人群，扣押渡船，射殺試圖鳧水渡江的民眾
在渡船被俄軍扣留之後，邊防軍派出兵輪黑甲二、黑乙一、二號前往俄邊交涉，強行運回邊民一千餘人，另有數百餘人趁夜色鳧水渡江，死傷不明，上岸者僅四百餘人。
在沙俄開始搜捕華人之後，又有一千餘人逃出城外，其中六百多人跑的較遠的被邊防軍解救，剩餘人被俄軍追回。
前往交涉的兩名邊防軍軍官和二十餘名士兵均被沙俄囚禁，當地中國居民代表也被沙俄哄騙。
第二天，沙俄再度進行了一次大屠殺，將一千餘老弱病殘，甚至包括四十多名一歲不到的嬰兒，拉到城頭，藉此威脅邊防軍撤軍。
由於在海蘭泡的兵力不佔優勢，邊防軍也屬意透過談判解決問題。
俄軍假意同意中方的要求，開始安排人員與邊防軍交接。
1900年7月17日，俄軍給數十名哥薩克套上軍裝，不攜帶武器，要求中方也不攜帶武器，雙方在江邊交換人質。
當四千餘名當地百姓抵達江邊，開始登船後，俄軍炮兵突然開炮，向包括哥薩克在內的所有人覆蓋火力。
由於談判中雙方同意不使用軍艦運載平民，因此前來渡江的船隻均為木船，很快就被俄軍的炮火擊沉。
在持續了一個多小時的炮擊中，近千人因炮擊、溺水和踩踏身亡，數百人失蹤。