從葉一凡迴歸GUTS後，TPC也開始了重新運作，TPC遠東總部基地從最高警戒狀態中解除，重新恢復了往日的秩序與忙碌。
克里特斯殲滅戰的硝煙已經散盡，新開發區的損傷也開始了緊急修復，而在這之後，也陸陸續續出現過幾次怪獸襲擊事件。首先是為了追殺附身在新城身上的宇宙人而來到地球的那坦星人，其次是因吞噬地下廢物發生變異的怪獸莫拉特王。
這兩起事件在葉一凡的指揮下完美解決，畢竟身為未來人，也是未來Neo-GUTS的隊員，現在作為GUTS副隊長，他對每個隊員的特點和狀態都瞭然於心，既能清晰下達指令，又能敏銳的察覺到他們的情緒波動。
那坦星人在大古的活躍下被哉佩利敖光線消滅，宇宙人瑪雅在GUTS眾人的配合下選擇繼續在地球生活。莫拉特王被迪迦的細胞轉化光線安撫，自身所有的細胞按同比例縮小還原成莫拉特鼠，在動物園的牛棚中被麗娜取名為小莫拉，最後由動物園的飼養員山本大叔所飼養。
但莫拉特王的事件，和克里特斯一樣，也是人類對地球影響所造成的悲劇，但這樣的悲劇不止發生過這兩次。
西利贊、雷伊洛斯、立特瑪魯斯、加佐特、莫拉特王......這幾隻因人類影響而出現的怪獸，已經為人類敲響了警鐘，於是TPC召開了一次人類活動與地球環境的高層會議，探討因人類發展造成的地球怪獸問題。
會議上，吉岡局長一派還是強調發展武力以應對威脅的現實性，他認為這就和克里特斯殲滅戰一樣，人類無法改變現有的狀況，只能以手中的武器去維護屬於人類自我的利益。
而居間隊長還是覺得，應該先關注人類歷史活動中對地球生物造成的影響，以及探索非毀滅性的解決方案。
最後TPC決議，全面評估現有主要技術對地球生態圈及潛在地外感知的長期影響，同時建立全球性的異常現象資料庫，優先嚐試防範而非毀滅。
但對於怪獸日益造成的破壞，吉岡局長的提議並沒有被完全否定，以WING系統開發者樫村博士為代表，GUTS計劃從飛燕二號為主，以飛燕一號為輔，開發一種新的GUTS戰鬥機種。
飛燕號本來不是為了戰鬥而生，但對於出現的巨大怪獸，葉一凡也認為應該先提升GUTS的戰鬥力，於是GUTS飛燕EX-J號的建造計劃啟動，去除原先GUTS飛燕二號的德克薩斯炮，EX-J號被設計成機首擁有小型子機的合體機型，在距現場較遠處兩機合體，而在現場兩機分離，因此可以利用兩架飛機的機動能力進行交叉火力攻擊。
這也是後面GUTS神鷹號和GUTS飛燕US-J號的雛形。
會議結束後，又發生了智慧生命體比佐摩的襲擊，不過GUTS也很順利的解決，之後又是怪鳥茜拉與滋爾達氣體的事件。
滋爾達事件，讓TPC又一次反思怪獸與人類的關係，新城第一次真切意識到並非所有怪獸都是純粹的破壞者，它們的存在本身，有時就是人類罪孽的映照。
接著而來的就是吸血鬼休拉諾斯的事件，不過這事件在葉一凡的指揮，以及記者小野寺的活躍下被解決，時間也從2008年徹底進入到2009年。
這一年，對葉一凡來說蘊含著遠超尋常的意義。
據他所知的資訊，時空將在今年被撕裂，時空怪獸戈爾德拉斯就是這一年到來的，那或許是他唯一能重返自己時代的機會。然而未來的陰影也如影隨形，畢竟2009年之後，便是2010年......那個被舊日支配者加坦傑厄的終極黑暗所籠罩的年份。
之後在2009年的某天，澤井總監同秘書官乘坐的TPC-1運輸機與司令室的通訊中斷了，GUTS司令室內眾人開始討論起澤井總監的安危。
“隊長，你也不知道總監去哪了嗎？”
司令室內，眾人擔憂的話語傳入居間惠耳中，對於TPC最高人的失蹤，居間惠同樣擔憂但她也搖頭說：“我只是聽說他要去參加一個絕密會議。”
野瑞看著搜尋到的畫面說：“可是在那一帶，只有克里莫斯諸島啊。”
說到克里莫斯諸島，居間惠瞪大了眼睛，彷彿是想起了什麼往事，而葉一凡注意到則問：“怎麼了？”
“我聽說過，當年防衛軍移至地球和平聯合軍組織的時候，在南方島上的秘密基地，各國首腦曾經舉行過高峰會議。”
說到這個，居間惠回憶起TPC還未建立時候的故事。當時國際上透過了第一個允許各國使用武力的決議，美國等多國部隊進入了戰爭狀態，但蘇聯剛剛解體，曠日持久的冷戰終於走向了終結，但隨之而來的是新的戰火。
在那個年代，和平並沒有真正確立，聯合國一直被各種大國所支配著，但來自地球外部的威脅已經不能讓人類停留在內部的糾紛上了。
澤井總監本來想在聯合國內部設立處理外星人事件的機制，但這提議最終被否決，最終澤井總監以聯合國為舞臺，一步一步推動著各國合作而奔走，其中克里莫斯諸島就是澤井舉行會議的地點之一。
那時澤井想要實現的目標是何等艱難，即使是現在的大古也很容易想象到，為了這位提拔他的伯樂，大古打破了原有的淡定說：“不能再等了！隊長！讓我也參加搜尋行動吧！”
居間隊長看向這個青年，想到了第一次見他時候的場景......她知道澤井總監對這位隊員的意義不止是一位領導，但對於TPC的政策，居間惠還是搖了搖頭。
新城和麗娜在一個小時前已經駕駛GUTS飛燕二號前去搜尋了，居間惠想等到他們的下一步訊息再說，但就在此時，司令室無線電中麗娜的叫聲。
眾人抬頭望去，看到了一種難以置信的東西。
螢幕上，翠綠島嶼輪廓正被一種巨大而詭異的紅色光暈完全籠罩。這光芒並非來自天際，更像是從島嶼本身蒸騰而起，形成一片流動的赤色光海，覆蓋了整片海域。
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