消滅一個同層次文明確實非常困難，更何況像普多拉德文明這樣戰力超群的文明。
不過最終還是被銀河大遠航組織消滅了。
擔心普多拉德文明還一些達成其個體生命隱藏星空之上，銀河大遠航組織以銀心文明為首特別探測隊伍在數千年內不間斷巡邏，在數以億萬計的探測器支援下，可以說是對整個後啟星河系進行地毯式搜尋。
但凡發現一些相關普多拉德文明的蛛絲馬跡，大遠航組織便立刻出動艦隊進行圍剿。
曾經有過這樣的事。
大約在兩千年前，銀心文明一個探測小隊在搜尋過程中發現，有一處暗物質礦豐富的虛無空間內，存在一支大概由一百多艘艦船組成的小艦隊，他們在通訊靜默狀態對暗物質礦進行開發利用。
之後發現，那是一個在逃普多拉德文明小艦隊，艦隊裡頭大概有幾百萬普多拉德人，他們打算悄咪咪在虛空中發展恢復。
最後當然被銀心文明摧毀了。
還有許多差不多的情況，不過地點不盡相同。
有在某個恆星系的偏僻星系上發現據點的，有在行星地下躲起來的，前者比較容易發現，後者就困難得多了，若是尋常巡邏掃描，只要那些地下設施處於靜默維持狀態基本發現不了，只有在他們開啟裝置發展的時候，才會被中微子掃描探測到。
一旦這些隱藏在星球地下的基地被探測到，便會被摧毀。不是派遣軍隊進行登陸發起地面戰爭，而是直接在星空中給那顆星球來一發殲星炮，銀河大遠航組織稱之為高效。
也正是因為在打敗普多拉德文明之後進行的這場大掃蕩，讓整個後啟星河系都聽到了銀河大遠航組織的威名。
這座星河系除了黑影聯盟的老大和一眾手下文明，還是有一些六級文明的，只不過之前迫於黑影聯盟壓力選擇苟了起來，這些文明不想加入黑影聯盟，也不想被普多拉德文明收割，故而一直苟著。
有一些文明已經因為苟得太久，出現了科技倒退的情況，甚至有的已經變成墮落文明。
這些文明不想被普多拉德文明收割也不想加入黑影聯盟，自然也不想在銀河大遠航組織活躍的時候跳出來，不過還是有幾個墮落文明被找到了，倒是讓喚醒者歡喜了一陣子。
至於黑影聯盟本身，則已經在之前普多拉德文明和銀心文明聯手下被打散，主艦隊被消滅，許多個文明的主體被兩個文明俘獲，反而是黑影文明在戰敗之後，趁著當年普多拉德號暗算星河號的混亂歲月，成功跑掉了，現在還不知道藏在星空的哪個角落瑟瑟發抖。
就連許多五級文明都從某些隻言片語的資訊中感受到了來自星空的壓迫，他們偶爾會遇到巡邏的銀河大遠航組織探測飛船，並接受盤查問話，主要是瞭解他們是否遇到什麼高階文明飛船。
可以說，在這萬年時間裡，基本上能接觸到宇宙高階文明層次的文明或多或少都知道星空到底出了什麼事，萬年間整個後啟星河系可謂風聲鶴唳，很多原本已經在進行某些暗物質暗反物質實驗的五級文明甚至都停下了實驗，生怕成功晉升成為六級文明之後被收割。
銀心文明對他們確實很感興趣，但礙於大遠航組織的規矩並未對這些低階文明動手，再者說，已經有普多拉德文明諸多科技，銀心文明也沒有必要那麼做了。