而且，徐光啟和周嘉謨同屬東林黨。沈是現任內閣首輔方從哲的同鄉，是靠著方從哲的學生、齊黨領袖亓詩教的會推，才得以進入內閣的遞補名單。也就是說，邀請耶穌會進京的徐光啟，和把耶穌會驅逐到澳門去的周嘉謨是一黨的人。發起南京教案沈是反東林黨聯盟那一邊兒的，但在教案這件事上，他又在客觀上與東林黨的周嘉謨有過合作。
陳邦瞻拿著函件想了半天，愣是沒想通朝廷裡發生了什麼。看起來，徐光啟任禮部尚書並邀請耶穌會進京，是東林黨人得勢的一個側面體現。但隨著這份函件一起到廣州的，還有朝廷的邸報。
邸報上顯示，東林黨的“薦官疏”並沒有被透過。在遞補天下缺官這件事上，皇上選擇採納內首輔方從哲、吏部尚書周嘉謨、刑部尚書黃克瓚聯署的諫言，命令各州縣現任最高階官員暫代主官，並宣佈於泰昌元年新開恩科。
這則邸報直接把陳邦瞻的腦子給搞宕機了。負責恩科的是禮部與吏部，兩部的官員都是東林黨人，這很正常，但恩科的前提是東林黨的“薦官疏”被否決。
而否決此疏的基礎，春闈，又是東林黨的周嘉謨、浙黨的方從哲，以及無黨的黃克瓚聯合提出的。
這.這在幹嘛啊？在宦海沉浮多年的陳邦瞻第一次覺得朝局如此迷幻。
其實也不怪陳邦瞻胡思亂想，因為自萬曆十年張居正病逝之後，神宗朝就開始了各種各樣的鬥爭。
“倒張、倒馮案”將文官群體生生地撕成了“保張”和“反張”兩個截然對立的派別。
之後，圍繞皇位繼承問題的“爭國本”“爭冊立”“爭三王並封”又搞得內外兩廷烏煙瘴氣。
最後，標誌著鄭貴妃和皇太子朱常洛之間的鬥爭進入白熱化的“梃擊案”與“妖書案”，更是讓朝廷幾乎陷入了癱瘓的狀態。
中央鬥得不可開交，地方也是戰戰兢兢。生怕哪件事情被敵黨抓住，然後成為攻擊本黨的把柄。不過，萬曆皇帝也有一點兒好，就是遞上去的奏疏他基本不回，不管是舉薦還是彈劾，皇帝陛下一概留中不發。
幸虧胡思亂想並沒有影響陳邦瞻的例行工作。他以廣東巡撫的身份命令香山縣縣衙向澳門耶穌會傳達朝廷的意志，要求縣衙在送出邀請函的同時，用命令而非請求的口吻讓耶穌會立刻進京。
陳邦瞻有如此態度，是因為在明代，旅居澳門的外國人沒有這一隅之地的主權，葡萄牙只是租客，不是主人。
同時，朝廷對澳門實行“建城設官而縣治之”的管理方式。也就是說，澳門屬於香山縣管轄，香山縣派駐官差，設定提調、備倭和巡緝等三個行署，同時指派海防同知和市舶提舉進駐澳門，管束葡萄牙人的商業及陸上行為。
在陳邦瞻看來，澳門的色目人和朝鮮這樣的藩屬國臣民無異。如果朝廷要他們進京，只需要像徵發徭役一樣，給個命令讓下面的縣衙去執行就是了。徐光啟以禮部的名義向他們發出“邀請”，這顯然是過於抬舉他們了。
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