時值足利幕府掌權，但此時已經非常混亂，有戰國氣象。
原因始於“應仁之亂”，一場政治鬥爭引發的戰爭。
1464年，第8代將軍足利義政已經30歲，及與日野富子結婚已過十年而尚未有子嗣，義政便決定讓自己已經出家的弟弟義尋還俗，改名足利義視，收義視為養子並讓他做自己的繼承人。沒想到就在第二年，富子竟生下一個兒子，即義尚。
義政與富子既然已經有親生的兒子，自然就希望讓親生兒子繼承將軍之位。富子拉攏有力的守護大名山名持豐，試圖讓足利義尚成為繼承人。
這引來義視的不滿，足利義視以管領細川勝元為後盾，兩派為了爭奪將軍繼承人之位發生了嚴重的對立。
以將軍家的繼承問題為原因之一，再加上幕府的重臣畠山氏和斯波氏也有家督繼承問題，終在1467年造成了長達十年之久的應仁之亂，徹底進入了日本戰國時代。
最終，經過一系列鬥爭，足利義政將將軍職讓給了年僅九歲的義尚，足利義尚成為室町幕府第9代將軍。
孔子曾說：“始作俑者，其無後乎？”
“應仁之亂”促使了將軍與守護大名的沒落，真正擁有實力者的身份日漸上升。
這種稱為“下克上”的效應不斷在全國擴散，家臣起兵反對主君，守護大名也拒絕服從幕府將軍的統治，守護大名們逐漸轉化為戰國大名，日本的室町時代步入戰亂期，殘存下來的莊園制度等舊制度開始迅速崩壞、持新的價值觀的勢力開始登場。
舊勢力的沒落伴隨著新興勢力的抬頭，幕府將軍、守護大名和莊園領主貴族的力量更加衰弱，幕府更由於受到京畿地區農民起義的連續打擊，完全喪失元氣。
甚至連京都的治安都維持不了。京都計程車倉等高利貸商人只好自行組織，僱傭浪人，收買守護、地侍自衛。
緋村心太在這種情況下出山，成為一名浪人武士，僱傭於各個組織之間，他要用自己的目光去追尋“守護”的道路。
因劍術出眾而作為專門暗殺幕府要員，殘暴的守護大名的劊子手。後因其劍術使一些組織首腦聞風喪膽，加上精於拔刀術而被冠上劊子手拔刀齋之名。
只是仇恨一旦開始，就會源源不絕，斬不斷，理還亂。
那些敵對一方奈何不了居無定所、四處飄蕩的緋村心太，但是在知道他的師承之後，一幫人集結起來，找到了他的師父比古清十郎的隱居之地。
先是下毒，再是弓箭輪射，比古清十郎終究是人身，也會有疲勞的時候，最終飲恨而死。
之後特地放出訊息，果然，緋村心太在知道師父的死訊後，一人一劍殺上門來。
卻沒想到對方早已做好準備，一幫浪人武士組成御庭番眾進行圍殺。緋村心太是在戰場上出沒過的遊擊劍士，深知他們的作戰風格。
經過艱苦的追逐戰，在擊殺了大量御庭番眾成員後，終於殺死了幕後之人，但自己也是傷痕累累了。
報仇之後，緋村心太有些厭倦了，於是漂洋過海來到大明的沿海，打算隱居於此，了此一生。
時日一久，結識了獵戶一家，相處一段時間，其質樸敦厚的待人方式讓緋村心太感受到了安寧，雙方的交情日益深厚。
沒想到又遇上殘存的御庭番眾的成員，這次他們知道緋村心太的厲害，所以不停地把目標放在獵戶身上，讓緋村心太無法照顧到全部人，縱然劍術凌厲，但就像被無形蛛絲束縛，不得全功。
就在落入死局之時，遇到了太淵和林平之。