一個圍繞著轉生眼與大筒木之力的龐大工程，代號為神之階梯的終極計劃正式啟動。
【一號科研分身，基因破譯組】
他的任務被提升到了最高優先順序，之前對初代細胞的研究不再是單純地為了解析木遁，而是為了從堪稱神之造物的細胞中，分離提純並破譯出屬於六道仙人長子大筒木因陀羅的最原始的查克拉基因序列。
【二號科研分身，血脈融合組】
他將以日向雛田和寧次的血液樣本為基礎，結合剛剛從禁忌書庫中得到的關於白眼起源的古老文獻，開始進行一項瘋狂的實驗，在虛擬環境中模擬白眼與大筒木查克拉的融合過程，推演出開啟轉生眼最安全、最高效的理論路徑。
【三號工兵分身，時空道標組】
飛雷神之術的量產工作仍在繼續，但他的研究方向多了一個全新的課題，超遠距離空間傳送。凌軒的目標是在未來的某一天能不借助任何外力，僅憑自己的力量撕開空間，抵達漂浮在地球之外的月亮。
【四號情報分身，遺蹟搜尋組】
他透過波之國的地下網路向再不斬與白下達全最高階別的全新任務，動用一切力量在整個忍界搜尋一切與六道仙人、大筒木一族、神樹等相關的古代遺蹟、傳說、或文獻。
凌軒需要更多的歷史資料，來補全自己對這個世界本源的認知。
【五號戰鬥分身，實戰推演組】
他的模擬戰鬥物件不再是大蛇丸或藥師兜，而是兩個更加強大的虛擬敵人。
一個是擁有著完整輪迴眼的六道仙人，另一個則是擁有著完整轉生眼的大筒木羽村。
凌軒正在用他自己的方式，來挑戰這個世界的神，雖然模擬戰鬥強度遠比不上真人，卻還是能不斷提升自身，起碼在遇到其他忍者時，能擁有更乾淨利落的對局。
當凌軒的神之階梯計劃在黑暗中有條不紊地瘋狂推進時，木葉村也迎來了一段難得的充滿希望與活力的和平時期。
第五代火影綱手的上任，讓整個村子從三代目戰死的悲痛中迅速地振作了起來，她大刀闊斧地改革了醫療體系，建立了全新的忍者培訓與任務分配製度，並以其強大的個人魅力與雷厲風行以及恐怖的怪力，迅速地整合了村子內部的各個派系。
就連志村團藏在幾次試探性的權力交鋒，都被綱手用更強硬的手段給懟回去之後，也暫時選擇了蟄伏，等待著下一次的機會。
而木葉的十二小強也在這段和平時期，迎來了各自的飛速成長期。
鳴人在自來也的指導下不僅完美地掌握了螺旋丸，他渴望被認可的心也正在漸漸地被名為責任的東西所填滿。
佐助則在卡卡西的監督下瘋狂地壓榨著自己的潛力，千鳥的雷光在他的手中變得越來越璀璨，越來越致命。
寧次則成為了整個木葉最令人矚目，一顆冉冉升起的新星。