顧九思這版本的《倚天屠龍記之魔教教主》相比王京那版劇情其實改動不算太大，
依舊是張無忌年幼時被玄冥神掌所傷，而張翠山和殷素素在張無忌面前被逼自殺，從此張無忌心中就埋下了復仇的種子。
身受玄冥神掌之毒的張無忌不能練習武功，靠張三丰每日用真氣抑制毒性才得以活下來。
以宋青書為首的武當弟子經常欺負張無忌，而張無忌一直隱忍不發。
同樣是周芷若來到武當山，配合宋青書構陷張無忌，
張無忌和小昭一同被逼掉下懸崖，
然後遇到了火工頭陀，治好了體內的寒毒並學會了九層九陽神功。
之後張無忌功成出山，
恰逢六大派圍攻光明頂，
在小昭的幫助下，張無忌練成了明教鎮教神功《乾坤大挪移》，
橫空出世，擊退六大派，
成為了明教新任教主。
此時趙敏也開始肆虐江湖，
捉了六大派不少人，並且暗算了明教一行，在張無忌找趙敏要解藥的時候，趙敏故意透露給了滅絕師太訊息，
峨眉弟子包圍了明教教眾，準備將明教一網打盡。
劇情到這裡發生了改變。
原版《倚天屠龍記之魔教教主》中，此時是小昭挺身而出，受了滅絕三掌，為明教眾人爭取了時間，等到了張無忌回援。
但顧九思改的這版則把功勞給了周芷若。
上面說過。
想要周芷若黨、趙敏黨以及小昭黨旗鼓相當，就必須洗白周芷若。
沒辦法。
王京在《倚天屠龍記之魔教教主》把周芷若描繪得太渣了。
至於怎麼洗白。
很簡單——反水。
在滅絕準備對明教一行人痛下殺手的時候。
周芷若反水控制了滅絕。
帶領峨眉弟子站在了明教這邊。
這裡顧九思加了個設定，那就是她早已經暗中架空了滅絕，掌控了峨眉。
這個設定邏輯上並沒有問題。
畢竟滅絕常年不管峨眉的事，峨眉大小事宜都是周芷若在操辦。
對於這個結果，滅絕自然是驚怒交加，發瘋似的質問周芷若。
得到的結果自然是周芷若和張無忌幼年便已經相識，早已經暗生情愫。
至於武當山為什麼會配合宋青書一起欺負張無忌。
自然是張無忌要求的。
理由也很簡單。
因為張無忌已經從張三丰那裡得知山崖下有火工頭陀的存在，
而火工頭陀修煉的《九陽神功》是唯一可以解他玄冥神掌之毒的功法。
周芷若勸張無忌不要冒險，
但張無忌身負血海深仇，又常年被以宋青書為首的武當弟子欺負，早就已經受夠了這種日子。
他決定賭一把，不成功便成仁。
張無忌堅持，
周芷若便配合張無忌演了一齣戲，從此張無忌潛龍出淵。
包括在光明頂上，
眾目睽睽之下，她故意擊傷張無忌，也是兩人的默契。
張無忌橫空出世，打敗六大派高手後，聲望已經達到了頂峰。
而她若是能傷到張無忌，在正道武林和峨眉的地位也肯定會水漲船高。
張無忌在明教，周芷若在正道，
一正一邪，雙方聯手，
便可制霸整個武林。