當路易.查理率領的法國分艦隊展開對太子港的進攻時，差不多也是多明尼加率領艦隊攻擊聖多明哥城的時候。
多明尼加中規中矩的以火炮覆蓋射擊著聖多明哥城，在付出兩艘軍艦被重傷的代價後，法國分艦隊終於幹掉了守衛聖多明哥城港口的炮臺。
城內原本就對海地叛軍不滿的多明尼加人，在多明尼加南部自治政府的聯絡下，再次倒戈了。
1萬5千名海地叛軍撤出聖多明哥城時還不到8千人，而協助海地叛軍的7千多城內黑人也追隨叛軍離去了。
聖多明哥城收復後，混血人和白人展開了對留在城內黑人的報復性殺戮。城內還剩下的1萬餘黑人，屠殺後只剩下了不到2千人，這時多明尼加才代表法國遠征軍阻止了殺戮。
至此海地黑人和多明尼加人之間的仇恨開始結下了，穆瓦茲在南下的法國遠征軍和北上的多明尼加自治軍的攻擊下，準備向南部的多明尼加自治軍投降。但是聖多明哥城大屠殺的訊息傳來後，穆瓦茲迅速轉向了法國遠征軍。
得到多明尼加混血人、土生白人的支援下，法國遠征軍連續擊敗了杜桑·盧維圖爾的叛軍。杜桑·盧維圖爾不得不拋棄了黑人追隨者，只帶走叛軍的青壯從聖何塞-德奧科阿往中科迪勒拉山脈方向撤退。
被拋棄的黑人老弱將近3萬人聚集在聖何塞-德奧科阿城中，他們絕望的等待末日的到來。
7月29日，路易.查理帶領分艦隊在多明尼加靠近海地的南方港口小城阿蘇阿，和多明尼加帶領的分艦隊會合了。
路易.查理仔細研究了多明尼加人口數量分佈圖後，決定對多明尼加的黑人和印第安人進行庇護。他在阿蘇阿和薩馬納兩個城市區域內劃出了黑人自治區，阿爾塔格拉西亞鎮、科圖伊、康賽普西三座城市圍住的三角地帶被劃給了島上的土著印第安人。而島的南北兩端各成立一個自治政府。
在法國遠征軍的強力壓迫下，和多明尼加的黑人、印第安人和北部人口的支援下，多明尼加自治政府宣佈接受這個方案，並加入法國主導的關稅同盟。
被法國遠征軍在正面戰場的連續打擊下，海地叛軍被迫放棄了所有沿海地區，撤退到內陸中科迪勒拉山脈中，叛軍試圖和法軍開展游擊戰。杜桑·盧維圖爾把叛軍分成小隊，混到山腳下的村子中，對法軍的水源下毒，或是對野外落單的法軍小隊採取打一槍就跑的策略。
很快法軍在陌生地方有水不敢喝，佔據城鎮後就不敢分兵進入鄉村的情形就反饋到了路易.查理手中。
“我們應該絞死那些和叛軍勾結的黑人賤種，這三天我手下計程車兵因為喝了被下毒的水、被冷槍襲擊，因此減員的數量已經快趕上攻擊一座城鎮損失計程車兵了。”貝西埃爾怒氣衝衝的在軍事會議上抱怨道。
法國遠征軍的軍官們對路易.查理約束自己不得騷亂當地居民的命令諸多抱怨。在他們看來，如果不是首席執政官的過於仁慈，在強大的遠征軍的武力壓迫下，給海地黑人進行一次鑑別行動，或許叛軍早就投降了。
看著遠征軍軍官們紛紛支援貝西埃爾將軍對海地來一次屠殺行動。坐在會議室另一邊的海地人，混血人佩蒂翁、黑人穆瓦茲等人噤若寒蟬，一些黑人眼中露出了憤憤不平的神色。
路易.查理待會議室內的軍官議論的聲音小下來後，開始說道：“我們來到這裡是為了讓海地迴歸法國，不是來這裡尋找敵人的。這種毫無意義的屠殺，不僅不能消滅海地的叛軍，反而正中我們的敵人的算計。杜桑·盧維圖爾正是期待遠征軍對海地人民來一次大屠殺，好讓海地人因為仇恨我們，而去加入叛軍。”
路易.查理的話，終於讓那些叫囂著要對海地人進行報復的軍官們安靜了下來。