在艦隊過了里斯本後，在非洲西北洋麵，路易.查理率領的6艘新式戰艦和7艘舊式戰艦和東方貿易船隊分手了。布呂埃斯被升職為海軍上將，並且被任命為法國大西洋艦隊司令官，監視英國海軍的動向。
9月1日，路易.查理率領的法國地中海艦隊到達馬賽。修整三天後，路易.查理帶著補充後的17艘戰艦，25艘運輸船，還帶上了第三近衛師出發了。
9月15日，法軍在馬耳他島登陸，馬耳他騎士團的大統領驚慌失措向法軍先發起了進攻，4小時後，馬耳他宣佈投降。
路易.查理隨即以馬耳他作為法國艦隊基地，留下來3艘戰艦守衛馬耳他。又有3艘軍艦護衛著15艘運輸船，搜刮了島上騎士團從中世紀就開始積蓄的財富後，返回法國。而路易.查理並沒有在島上多做停留，他率領11艘軍艦和第三近衛師近8成的兵力直撲俄軍在地中海的後勤基地科孚島。
法國艦隊抵達科孚島的時候，普斯托什金海軍少將指揮的第2艦艇中隊(戰列艦3艘、巡航艦4艘、輕巡航艦1艘)此時正在克基拉新港修整。當法軍艦隊出現在港口前時，烏沙科夫海軍中將立刻命令守衛克基拉新港的炮臺封鎖港口，讓普斯托什金海軍少將登上軍艦待命。
看著眼前港口內手忙腳亂的俄軍，路易.查理對著眼前被抓的當地漁民問道：“克基拉城就這個港口可以登陸嗎？”“不，大人，從這裡再往北方一點還有一個老港，那裡也能登陸，但是面積比較小。”中年漁民老實的回答道。
路易.查理從懷中掏出幾個金幣賞賜給面前的漁民後，說道：“你願意帶我的艦隊去老港嗎？只要能夠登陸，我再給你100個金幣。”“當然，大人，我對這裡的水道熟悉的很，我保證大人的艦隊可以安全的登陸。”
路易.查理下令多米尼克率領6艘新式戰艦封鎖新港內的俄國船隻，他自己帶著5艘風帆戰列艦掩護運輸船隊登陸老港。
老港前沒有俄軍的炮臺，法國軍艦上的火炮輕鬆的驅散了守衛老港的一營俄國陸軍。在軍艦火炮的掩護下，第三近衛師輕鬆奪取了老港，並控制了整個老港區域。
第三近衛師登陸後，稍稍修整了隊形，就立刻向克基拉城開始牽制進攻。
俄軍的注意力被吸引住後，守衛新港最重要的一座炮臺被近衛師官兵奪取了。在軍艦和炮臺的雙重打擊下，普斯托什金海軍少將指揮的第2艦艇中隊全軍覆滅。
失去了海軍軍艦的掩護，克基拉城內的俄軍腹背受敵之下，趁著夜幕降臨，逃出了克基拉城。
由於俄軍失敗的太快，甚至來不及縱火焚燒物資。因此俄軍在克基拉囤積的軍資全部落入了路易.查理手裡。烏沙科夫海軍中將帶著殘餘俄軍退入了科孚島內陸直到戰爭結束。
留下近衛師守衛克基拉城後，法國地中海艦隊再次出擊。9月22日，路易.查理帶著11艘戰艦出現在安科納要塞外海，擊敗了圍攻要塞的俄國海軍中校沃伊諾維奇帶領的俄國海軍中隊。要塞內的法軍在獲得路易.查理的軍艦支援下，一舉擊破圍困要塞的俄國陸軍。
威尼斯共和國得知路易.查理率領法國海軍解了安科納要塞之圍後，威尼斯政府派出9艘軍艦及5艘運輸艦，前來和法國地中海艦隊會合。獲得了威尼斯海軍支援後，法國地中海艦隊實力大漲。
路易.查理在安科納要塞留下少數軍艦外，帶領主力艦隊開始返回掃蕩七島上的俄國軍隊。9月中旬，在義大利南部沿海地區執行騷擾任務的，索羅金指揮的俄國艦艇中隊被駐守馬耳他島的法國海軍留守艦隊擊敗。
10月初，地中海上的俄國海軍勢力已經全部肅清，七島共和國再度落入法國統治之下。路易.查理以不取消七島共和國的半獨立地位為條件，逼迫七島共和國放逐了反法分子，七島共和國宣佈加入法國的關稅同盟。
被拿破崙率軍擋在曼圖亞要塞之外的蘇沃洛夫，在失去俄國海軍的後勤支援後，並未慌亂。他安撫了來自那不勒斯的義大利聯軍後，決定帶領聯軍先擊破威脅自己後方的安科納要塞，再尋求擊敗拿破崙率領的義大利方面軍的機會。
路易.查理的海軍艦隊奪取安科納要塞後，並沒有以要塞為基地出兵攻擊反法聯軍後方的計劃。他反而下令海軍搬空了安科納要塞及附近城鎮囤積的物資，在得到蘇沃洛夫率領反法聯軍向安科納要塞進攻的訊息後，路易.查理拒絕了拿破崙提出的堅守要塞，等待義大利方面軍和近衛師在要塞下會師的作戰計劃。
在安科納要塞內，路易.查理對法國陸海軍軍官們提出了放棄安科納要塞的提議。
“我反對，執政官閣下。有了海軍艦炮的支援，聯軍是沒有可能從陸地上攻下安科納要塞的。只要我們堅守要塞，聯軍久攻不下士氣就會迅速瓦解，波拿巴將軍率領的軍隊就能從聯軍後方狠狠的給俄國人來一下，我們就能取得勝利。”守衛要塞的義大利方面軍指揮官站起說道。
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