英國地中海艦隊的軍官如此告訴倫敦的海軍部，如果要繼續和法國艦隊作戰，就必須從英國本土抽調軍艦到里斯本支援；如果要儲存實力，就讓英國地中海艦隊儘快撤回普利茅斯軍港，守衛英國本土，不能讓法國艦隊把英國地中海艦隊剩下的軍艦封鎖在里斯本港口。
另一邊，和西班牙海軍在加的斯港口會師的法國艦隊，仔細的對新式軍艦的蒸汽機和後膛火炮進行了檢查，發覺一切狀況都很良好，這意味著新式軍艦和後膛火炮可以正式定型列裝了。
法國海軍在加的斯港，一邊修理受傷軍艦，一邊補充軍資。路易.查理以督政府的名義，獎賞了在戰鬥中英勇作戰的東方號艦長海軍准將卡薩比安卡，朔風號的艦長亞歷山大·泰夫納德、還有雷鳴號等軍艦上的海軍官兵們。
此外他也下令絞死了帶頭逃跑的約瑟夫·維爾納夫海軍少將，並把逃跑的紀堯姆·特爾號、驍勇號和巡航艦迪亞納號和尤斯提斯號共1800名海軍官兵關進了懲戒營。而這四艘軍艦分配給了被擊沉、擊傷的各艦海軍官兵們。路易.查理絞死維爾納夫海軍少將的行動，讓法國海軍官兵為之驚懼。
而英國地中海艦隊司令身負重傷的傑維斯和其他受傷的英國水兵都獲得了法國人的治療，其餘未受傷的水兵則被交給了西班牙人關進了俘虜營。法國海軍對待俘虜的紳士風度獲得了英國被俘官兵的稱讚。
路易.查理一邊讓西班牙政府準備陸軍，一邊偵查英國地中海艦隊的動向，最後得知地中海艦隊得到納爾遜的增援後既沒有準備向加的斯再度進攻，也沒有撤回英國本土的跡象。
路易.查理決定先和西班牙陸軍聯合把自己身後的直布羅陀要塞先拔除掉。1798年2月10日，路易.查理帶著4艘新式戰艦和西班牙6艘舊式戰列艦，20艘運輸艦，8000名西班牙陸軍和1800名懲戒營內的法國水兵向直布羅陀要塞行駛過去。
一天後，聯合艦隊抵達直布羅陀。兩天後西班牙陸軍及火炮被運至要塞城下。第三天開始試探攻擊， 路易.查理下令讓西班牙陸軍和海軍先行攻擊。這一天的攻擊中，西班牙陸海軍用自己的傷亡，讓法國艦隊記錄下了直布羅陀要塞的各個火力點。
第四天，懲戒營的法國水兵在督戰隊的威脅下，向直布羅陀要塞發起了數次勇猛的攻擊，而法國軍艦則好整以暇的一個個敲掉了直布羅陀要塞暴露的火力點。
當天下午5點，防守直布羅陀要塞的英國軍隊掛起了白旗向法西聯合艦隊投降。根據協議，法軍把直布羅陀要塞交給了西班牙，然後返回加的斯港，而懲戒營內的法國水兵只剩下了978人。
3月12日，修整完畢的法國艦隊和西班牙艦隊組成法西聯合艦隊向里斯本進發。而在此之前的3月11日，英國地中海艦隊終於得到撤退回普利茅斯軍港修整的命令。此時聯合艦隊中，法國軍艦有16艘，西班牙軍艦14艘，運輸船隻15艘。
3月15日，法西聯合艦隊炮轟里斯本，在連續三天的炮擊和聯軍陸軍登陸的情況下，葡萄牙宣佈投降。法葡簽訂和約，法國商人在葡萄牙殖民地享有自由經商、勘測、開礦的權利，法國商品在葡萄牙屬地享受最惠國待遇，葡萄牙賠償法國1億5千萬法郎的戰爭賠款，葡萄牙還必須賠償西班牙5千萬法郎的賠款。
4月5日，法西聯合艦隊向法國南特出發，意圖在南特會合法國大西洋艦隊，和補充物資後向英國本土進攻。
加的斯海戰和里斯本和約傳回巴黎後，法國人民興奮莫名，為路易.查理戰勝英國海軍而歡呼雀躍。一時之間，路易.查理威望超過了橫掃義大利戰場的拿破崙將軍。一度反對路易.查理的軍隊將領和議員們暫時沉默了。
4月的某個晚上，塔裡安府上，依舊是那個小房間，但卻只剩下了四個人。“富歇還是不肯來參加聚會嗎？”西哀耶斯不動聲色的問道。“是的，他最近以事務太繁忙，推脫了我好幾次邀請了。”一向以美麗優雅的風度示人的塔裡安夫人神情不安的說道。
巴拉斯憤怒的說道：“這條喂不熟的狗，我們塞給他這麼多好處，他連招呼都不打一個，就想甩開我們了嗎！”塔裡安面色慘白的說道：“他該不會向那個暴君告密去了吧。”
西哀耶斯打斷了塔裡安的話：“不會，富歇是個很會保護自己的聰明人，他怎麼會把自己參與推翻督政府的陰謀告訴首席執政官。”
巴拉斯用雙手揪著自己的頭髮說道：“完了，全完了。該死的英國佬居然連個學童率領的艦隊都打不過。那些之前說要支援我們的議員和軍官現在都裝不認識我了。”
西哀耶斯依舊平靜的說道：“事情還沒這麼絕望。塔裡安夫人，約瑟芬和波拿巴將軍聯絡的如何了？”
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