接下來的日子，基多拉操起數百年前的老本行，開始一頭頭的狩獵地球上落單的泰坦巨獸。
以一敵百基多拉做不到，但獵殺單個泰坦還是可以的。
在這個地球上，一對一沒有誰會是基多拉的對手，他比先驅者文明更加難纏和危險。
因為面對先驅者文明的開菊獸，泰坦巨獸能依靠地形和實力，將戰爭範圍侷限在太平洋附近，依靠數目優勢一點點消滅。
面對基多拉時，情況則反過來。
基多拉不僅實力比泰坦們強，而且速度快，反應靈活，還能隨時衝入太空，沒有誰能束縛他。
基多拉將整個地球當成自己的狩獵場，肆意獵殺泰坦巨獸，吸收他們體內的能量，泰坦巨獸卻拿他一點辦法都沒有。
隨著時間推移，經歷戰爭原本就稀少的泰坦巨獸數目又開始變少，短短几個月的時間，基多拉就獵殺了兩百頭泰坦。
無奈下，地球的泰坦巨獸們再一次摒棄前嫌，聯合起來對抗基多拉的獵殺。
畢竟基多拉這個外來者可不在乎他們誰是毀滅者陣營，誰是守護者陣營，每一頭泰坦巨獸、甚至普通巨獸都是他的獵物。
面對這樣的情況，大多數一階二階，如戰爭蝙蝠、地獄之鷹、伊卡洛斯之翼等體型較小的普通巨獸，只能逃向地底世界，依靠地形和數目優勢抵抗基多拉的獵殺。
而哥斯拉、摩斯拉、拉頓等三階泰坦，則繼續留在地表追殺基多拉，不過大多時候都是幾頭泰坦一起行動，防止落單被基多拉抓住機會獵殺。
就算偶爾單獨行動，也要在距離其他泰坦較近的地方，讓後者能夠在最短的時間支援，不至於被基多拉抓單。
一時間，巨獸的蹤跡在地表大幅減少，這也導致基多拉在地表的行動更加肆無忌憚，分佈地球各大洲的原始人類和普通動植物因此死傷慘重。
基多拉也曾進入過骷髏島區域，想要再一次透過這裡的地心通道前往地底世界，但卻遭遇了被放逐在此地的金剛一族。
在這幾百年的時間，金剛一族因常年吸收不到足夠的輻射能量，體型和實力下降不少。
但是因為被驅逐，他們沒有參加持續五百多年的星球戰爭，所以他們的數目因此沒有減少，族群保留的較好。
當他們看到基多拉這個吞噬神樹、導致他們族群被驅逐的罪魁禍首出現在骷髏島，當即暴怒無比。
金剛一族上下不論老幼婦孺，上百頭金剛泰坦在通道周圍與基多拉展開了一場慘烈戰鬥，
這一次基多拉鎩羽而歸，左首再一次被斬首，被金剛一族合力趕出了骷髏島。
重傷的基多拉一怒之下，將骷髏島周圍的磁場擾亂，製造出一個終年不息的巨型風暴籠罩住骷髏島。
生活在骷髏島的原始人類也因此徹底和外界隔絕，成為後世的伊維族。
……
亞特蘭蒂斯大陸，哥斯拉巢穴外。
這一天，狀態恢復如初的基多拉突然降臨，想要獵殺故意落單的哥斯拉。
但哥斯拉作為最早的泰坦之一，加上皮糙肉厚，實力比起基多拉也就差上一線，相當於山海界的三階七重境、八重境。
所以基多拉一時間也無法將哥斯拉擊殺。
而這時，隱藏在亞特蘭蒂斯大陸的摩斯拉、拉頓和甲龍類泰坦巨獸‘安吉拉斯’，向和哥斯拉纏鬥的基多拉圍了上來。
看著前來支援的三頭泰坦巨獸，基多拉思慮片刻，覺得自己的實力能夠應付四頭巨獸，也就沒有立刻飛走，而是尋找機會看看能不能滅殺一兩頭泰坦。
大戰一觸即發，天空兩頭、地面兩頭，共計四頭萬噸級別的泰坦咆哮著向基多拉殺來。
基多拉絲毫不慫，三隻龍首昂首呼嘯，龍翼上釋放出無數金色雷霆，蔓延大片區域，讓哥斯拉巢穴周圍寸草不生。
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