在朱勝機調動澳明艦隊前來南京的同時，馬士英也在忙著調兵遣將，整軍備戰。
正如朱勝機所料，馬士英等人在逃離南京之後，果然是去了鳳陽，而敵軍的兵力情況，也與朱勝機預估的大差不差。
馬士英麾下的鳳陽、廬州二府總計兵馬有近二十萬，江北四鎮的高傑、黃得功、劉澤清、劉良佐麾下兵馬也各有四五萬，另外還有誠意伯劉孔炤，他領南京右府提督操江兼巡江防，麾下有江防水軍近十萬，大小戰船近千艘。
粗略一算，敵軍的總兵力少說也有四五十萬了，可以說，幾乎整個南直隸的明軍部隊，都被控制在馬士英等人手中。
那麼既然他們掌控著幾乎整個南直隸的所有軍隊，他們當時為何還要逃跑呢？
他們選擇逃跑，自然不是因為“慫”，而是當時他們除了逃跑之外，別無選擇。
他們雖然個個手握重兵，卻也不可能隨時都把軍隊帶在身邊，此次他們秘密將福王朱由崧迎入南京，為了趕在要擁立潞王朱常淓的史可法和東林黨之前，他們自然是輕裝簡行，各自只帶了小股兵馬。
而且，如今北邊和西邊的局勢不穩，他們也不敢輕易將手下的部隊調離駐地。
南京城外有諸府環衛，又有長江天險，可謂固若金湯，可他們千防萬防，卻沒想到會有朱勝機這樣一個強敵，從長江走水路而來，突然出現在南京城外！
而後，朱勝機突然攻城，以區區千人便輕易擊潰了史可法所率的上萬明軍，如此恐怖的實力令人驚懼，他們自知依靠手頭兒的這點兒兵馬難以守住南京，甚至都未必能夠撐到援兵趕到，故而才不得不逃。
不過，他們雖然逃了，但卻並沒有認慫，更不認為是自己輸了，畢竟手裡握著幾十萬兵馬，又怎會把朱勝機那千八百人放在眼裡？
在他們看來，朱勝機即便暫時佔領了南京城，就憑那千八百人也是守不住的，奪回南京城對他們而言輕而易舉。
朱勝機手底下的部隊就算再怎麼厲害，也不過只有千人，便是天兵下凡，幾十萬人一人一口唾沫也夠把他們淹死了！
因此，馬士英一到鳳陽，便馬上開始調兵遣將，整軍備戰，準備奪回南京，尤其是在聽說朱勝機在錢謙益等人的擁立之下已經就任監國，馬士英更是怒不可遏，揚言要即刻出師討逆，攻打南京。
江北四鎮紛紛響應，此時的高傑、黃得功、劉澤清、劉良佐四人都唯馬士英馬首是瞻，同時也都希望在攻打南京一戰中搶佔頭功，以為自己爭取更多的政治資本，將來在福王朱由崧繼位之後，能夠獲取更高的權力地位。
可雖然此時南京城外有數十萬大軍磨刀霍霍，但南京城內的文武百官卻好似沒有嗅到一點兒危險的氣息，一個個眼睛都死死地盯在官帽上，只想著投機鑽營以謀取晉升，沒有半點兒危機感。
不過這樣的情況對於朱勝機而言倒也是件好事，畢竟便是這些酒囊飯袋們能夠意識到如今南京城的危險處境又能如何？他們不僅幫不上一點兒忙，相反還會因為恐慌給自己添亂惹麻煩！
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