新修煉體系的普及，讓斗羅大陸唐三時代的魂師得到進一步提升。
伴隨著斗羅大陸精英魂師大賽開始，主角利用小院能連線三個世界的特性，讓斗羅大陸霍雨浩時期和唐舞麟時期的魂師進行大賽。
最終勝利者為唐舞麟帶領的戰隊。
他們身為兩萬年後新生代，瞭解一代二代的弱點。
其中唐舞麟的金龍王核心，更讓他在比賽中擁有無可匹敵的戰力。
伴著比賽結束，一場更大的陰謀暗流湧動。
斗羅大陸霍雨浩時代，以及唐舞麟時代的魂師知道萬年的事情。
邪魂師準備暗殺、覆滅唐三一群人。
而史萊克學院準備拯救先祖。
雙方賄賂主角，希望能夠透過主角的小院，改變唐三時代的戰局，扭轉乾坤。
但主角只答應正道魂師的賄賂。
邪魂師憤恨，於是想了一個招。
斗羅大陸唐舞麟時代的邪魂師與深淵位面達成協議，利用超神器裂淵戟強行破開時空，將深淵生物，以及邪魂師強行橫渡到斗羅大陸唐三時代。
一時間，斗羅大陸暗流湧動。
所有人都在為未來極可能發生的雙神大戰做準備。
史萊克不斷給唐三等主角團輸送資源，並且斗羅大陸霍雨浩時代的史萊克學院，強行溝通所在時空的唐三，在得知主角原來是連線三個時空的關鍵所在後，教唆五大神王溝通斗羅大陸唐三時代的神界，決定干涉，掰正扭曲的時間線。
除此之外，
還有魂獸一族。
古月娜聯手三個時空的自己，謀劃混亂三個時空，甚至想擊殺唐舞麟吞噬金龍王核心。
天下亂象將起。
主角本不想幹預三個時空混戰，但是在之前賜下神祇之位，和接受賄賂後，沾染了因果，逼不得已捲入混亂漩渦。
主角主要以中立為主。
倒賣物品、資訊賺錢。
而在這種局勢下，斗羅大陸唐三陷入前所未有的高峰。
武魂殿在深淵位面以及眾多邪魂師、日月大陸支援下誕生三尊神祇。
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