當時的呂大器剛接任，部下人頭都還沒點清呢，那裡來得及調查，為了安撫諸將只得先把捷報上奏。
但是捷報才剛剛上奏，張獻忠的起義軍又攻陷了上高、萬載等地，這對呂大器來說，實在是太臥槽了。
得知情況的崇禎啪啪被打臉，趕緊又讓袁繼鹹替換了呂大器。
袁繼鹹復任總督後，立即派兵遣將，收復失地。
但此時袁繼鹹手中並無像樣的兵力，唯有郭雲鳳剛招的三千新兵，沒辦法只能派其出戰。
但郭雲鳳這傢伙貪生怕死，故意誇大敵方兵勢，就是龜縮不出戰。
好在這時鄧林奇、郝效忠率兵前來支援，袁繼鹹馬上將他們合兵一處，包圍了那些農民軍。
為瓦解敵方軍心，袁繼鹹暗中派出人去賊營收買了一些人，然後讓他們鼓動更多的人投降，並表示只誅首惡，其他人可以回家自新，這些殘兵走投無路，紛紛繳械投降。
最後誅殺農民軍首領盧南陽數人，遣散其他人歸農。
在這次戰役中，袁繼鹹得知郭雲鳳這支部隊實力不強卻驕橫跋扈，尤其是他的部將甘啟明等指良為賊，濫殺無辜，探得實情後，果斷地將甘啟明等斬首繩之以法。
不久過後，李自成攻陷北京，北直隸明王朝被推翻，朱由崧在應天府稱帝。
朱由崧剛即位，袁繼鹹便向他提出了恢復中原的戰略方針，即“致治守邦大計”。
大止內容為：金陵之界限在大江，而淮南、江北為之遮蔽。金陵之咽喉在潯陽，而湖南襄樊為之門戶。今淮南、江北無恙也，叛將潰兵盤踞其間；小民囂然，喪其樂生之心：此可不加意措置？湖南新經賊亂，千里蒿萊；宜簡重臣撫治其地，選補廉吏，緝和難民，招徠商賈，通巴蜀、黔、粵之貨。襄陽為古今必爭之地，必設重鎮。重鎮必宿兵，宿兵必責餉、修城、置器，諸費不貲，皆不可不早計也。夫樊、襄守，則可由宛葉以圖關中；淮南、江北守，則可由歸德以圖河南，亦可由彭城以圖河北。攻守之大勢如此。
袁繼鹹在奏疏中全面分析了應天府的戰略形勢。
袁繼鹹提出的方針，可以說是相當全面了，而且是非常具有戰略意義性的。
這時袁繼鹹聽說左良玉起兵造反，趕緊就要命人準備佈防九江。
那個叫郭雲的錦衣衛卻叫住了袁繼鹹：
“袁總督，且慢！”
“嗯，你還有什麼事？”
錦衣衛郭雲恭敬的說道：“我曾奉陛下密旨，如若左良玉叛亂，請袁總督不宜與亂賊直面交鋒，暫且放棄九江城，避賊鋒芒，留存己身。”
“這不胡扯嗎！這是誰給陛下的建議，九江乃贛湘咽喉門戶，豈能輕易放棄。”
袁繼鹹斷然拒絕了這個毫無道理的建議。
郭雲也低著頭不敢再多說，其實他也想不通為什麼陛下會下達這樣的密旨。
在這裡朱由崧犯了一個錯誤，袁繼鹹等人怎麼會知道左良玉活不久。
對他們來說，放棄九江這個戰略要地，實在是不可理喻。
派一個小小的錦衣衛總旗就想勸袁繼鹹退出九江城，顯然是不現實的。