就這樣凌駉在山東得以開闢了一塊敵後根據地，利用游擊戰術，不時騷擾一下大順軍，慢慢的鞏固著山東地方的明軍實力。
後來凌駉聽說朱由崧在南京登基為弘光帝，馬上派人上疏與南明朝廷建立了聯絡。
當時的弘光朝廷也覺得凌駉是個人才，給他升職加薪，升任凌駉為浙江道監察御使，並命他巡按山東。
這時清軍入駐北京，凌駉意識到事態的嚴重性，上奏南明朝弘光帝，請求朝廷派出一支軍隊配合自己守住山東戰略要地。
凌駉提出明為“權通北好，合兵討賊”表面文章，實則拖延時間“名為西伐，實作東防。”
凌駉的策略就是要迷惑滿清，暗中積蓄力量保衛明朝在山東的力量，可惜他的這個建議雖有可取之處，卻沒有得到弘光朝廷支援。
這時南明朝廷內部朝臣表示，沒看到我們現在忙得很。
派兵山東？
沒空。
南明朝臣在忙什麼？忙於內部鬥爭，一直沒有派一個兵來固守山東戰略要地。
最後等到崇禎十七年九月，清兵南下攻略山東的時候，凌駉堅持不住，不得不放棄山東這個根據地，準備前往南京。
滿清得知凌駉是個人才，找人拿著兵部給事中的官印文書去招降凌駉。
但人家凌駉對滿清的賞識一點也沒興趣，他把滿清的官印懸掛在陳橋驛的房間裡，自己悄悄的去了南京。
凌駉逃回南京後，有幸第一次拜見了弘光帝，被朝廷派去巡按河南，駐守歸德府。
接下來如果按照歷史走向，凌駉在歸德府就會馬上碰上南下的多鐸。
多鐸為了顯示大清廣納人才的誠意，會派人勸降凌駉。
但是凌駉一點也不給多鐸面子，直接把勸降的人斬了（駉斬之以徇。）
兩國交兵不斬來使，你個讀書人還這麼不講道理，所以多鐸很憤怒，下令全軍包圍歸德城，不能讓一個人逃跑。
多鐸表示：老子一定要抓住你，讓你跪在老子面前唱征服。
但是多鐸太小看人家凌駉了，人家凌駉非但沒想著逃跑，他還準備化被動為主動，決定次日率兵出西門劫營清軍。
凌駉按照原定計劃，自己親率一支敢死隊悄悄從西門出發，準備給清軍來個出其不意。
然而凌駉沒有料到的是，在他命人開啟西門出城的同時，東門卻被總兵王之剛命人開啟了，把清軍迎入城內。
這下好了，凌駉前腳剛出歸德城，家卻被人偷了。最後凌駉被俘寧死不屈，英勇就義。
凌駉自崇禎十五年進京趕考成為進士至英勇就義犧牲，三年多的時間一直奔波在各地，沒有再和家人見過面，他臨死前連自己出生的孩子都不曾見上一面。
“臣河南巡按凌駉參見皇帝陛下，萬福聖安。”
這時有個聲音打斷了低頭沉思的朱由崧。
朱由崧抬起頭，面露微笑，“凌卿來了，快快平身。”