南司房是負責錦衣衛內部的機構，是朱由檢改革衛所制的嘗試。
但是錦衣衛作為皇帝的耳目，怎麼可能只需要做好內部管理呢？
在將南鎮撫司改為南司房之後，朱由檢又對錦衣衛最重要的對外機構北鎮撫司進行調整：“北鎮撫司專理詔獄職責不變，以後改為刑獄司，仍舊獨立辦公。”
“刑獄司設獄政處、理刑處、偵查處、教育處、衛生處等部門，要全面改善形象，不要再酷刑殺人。”
“衛生處負責詔獄的醫療衛生工作，以後詔獄的衛生狀況要不定期檢查。犯人若是死亡，要查清楚原因、追究相關責任。死刑由大理寺複核，不得在詔獄妄殺。”
“教育處負責犯人的文化需求，詔獄的犯人大多是官員，要讓他們接受教育，認識到自己的錯誤。如果有人想寫什麼，也可以讓他們寫，審查後再做處理。”
“偵查處負責偵查獄內案件、排查安全隱患，防止有人在獄內作案。如果有犯人提供新證據、新線索，也要即使聯絡偵緝總隊進行偵查，酌情優待犯人。”
“理刑處負責刑獄懲罰，儘量使用關禁閉等非肉體懲罰，不得隨意傷殘犯人肢體，不得長時間連續懲罰。衛生處要定期對犯人體檢，檢視傷病情況，追究傷病原因。”
“獄政處負責犯人管理，罪犯收押、釋放、探視、移交等等，都歸獄政處負責。”
“最後再設個辦公室，負責刑獄司的公文、檔案、財務等日常事務。”
設定好了部門，朱由檢又吩咐道：
“南司房把這些記下來，人事廳負責詔獄編制調整。讓劉僑儘快上任，對詔獄進行整頓。”
“尤其是要查清詔獄情況，把不該由詔獄羈押的罪犯，全部移交刑部和大理寺，不要一直放在詔獄裡。”
“詔獄要全面清理，徹底清查舊案，該殺頭的就殺頭，該流放的就流放，爭取把詔獄完全清空，打掃整修一遍。”
清空詔獄是會被人誇讚為明君的舉措，朱由檢要奪回錦衣衛的控制權，不能不做好形象工作。
戚昌國、李順祖領命，又對北鎮撫司只設定五個處有些不敢相信，詢問道：“刑獄司下直接設處，應該定為幾品？”
朱由檢明確回應：
“司是正五品，處是正七品，下面是否設科股要看具體需要。”
“司長、處長的品級，可以透過加銜提升。”
這下眾人都明白了，皇帝在把南鎮撫司提升為南司房後，沒有把北鎮撫司同樣提升為北司房，實際是做了降級。
南司房下轄的廳是正六品，刑獄司下轄的處只是正七品。而且南司房提督是指揮，刑獄司是否由指揮提督還不一定，以後可能只是個普通的五品部門。
由此可見，皇帝並不重視詔獄，沒打算用詔獄實現什麼目的。
這讓一些錦衣衛官員心中哀嘆，知道碰上了一個不重視詔獄的皇帝。
也有一些人心中高興，知道這樣就不用和文官產生劇烈衝突，能夠平平安安。
朱由檢不管他們怎麼想，他是沒打算隨便殺人的。每個官員在他看來都有用處，只要不犯下必死的罪過，流放去海外當軍戶也能產生價值，完全沒必要殺。
詔獄以後的用途，並不是酷刑殺人，而是羈押外廷沒資格處理的官員，迴歸最初職能。
相對來說，朱由檢更擔心詔獄的獄卒胡來，敗壞自己形象。
所以他對北鎮撫司做出的安排，主要是改善管理，改善對外形象。不能讓人一提起錦衣衛，就想到北鎮撫司酷刑。
因為這個，他連北鎮撫司的名字都改了，以後就成了刑獄司。
從此以後，錦衣衛要轉變職能，和以前的形象說再見！除了詔獄之外，錦衣衛最重要的工作就是侍衛。朱由檢簡單分為宮內侍衛司和侍衛總隊、宮外警衛司和警衛總隊，負責不同的護衛工作。以後從勳貴和世官中，挑選信任的人提督。
如此一來，錦衣衛就有了四大總隊：侍衛司侍衛總隊、警衛司警衛總隊、東司房偵緝總隊、西司房巡捕總隊，一共四支武裝。
對這些武裝力量的編制，朱由檢同樣做出調整：
“小旗上面設小隊，再往上設中隊、大隊。每個上級編制下轄三到五個下級編制。”
“每個小旗是十人，小隊三十人左右，中隊百人左右，大隊三百人到五百人。”
“總隊根據需要統轄不同的大隊，如果人數過多、任務過重，可以分出獨立的分隊、支隊。”
“總隊負責行動，各司可根據需要設定辦公室、指揮處、行動處等部門，負責日常管理和行動指揮。”在這裡只是簡單提及，朱由檢打算親手做出調整。畢竟是京城的武裝力量，關係到自己安全，再怎麼重視都不為過。