京城巡捕營、五城兵馬司等機構，他也同樣想做出改變。
這些以後再提，接下來就是最重要的機構，也是朱由檢規劃的錦衣衛重點工作方向。他對此早有規劃，此時一口氣說出來：“設立北司房情報中心，以錦衣衛指揮提督，單獨鑄造關防大印。”
“設定統計司，統計各種資料，例如文武官員數量、每年需要的俸祿數量、稅收數量、糧食產量、百姓戶口數量、百姓所擁有的田畝數量等等，都要統計出來。資料來源包括官府的公開資料和錦衣衛自己蒐集的資料，每年編撰統計年鑑，經過保密處理後發行。”
“設定保密司，負責保密通訊。保密一廳負責秘密通訊，例如銀章密奏在宮外的傳遞，在各驛站規劃好傳遞路線，劃分保密級別和加急級別，以及緊急情報需要採用的飛鴿傳書等方式；保密二廳負責朝堂公文保密，為朝堂公文劃分不同的保密級別，監督官員執行；保密三廳負責密碼暗語的制定和破譯；保密四廳負責錦衣衛內部工作保密；保密五廳負責衛所情況、軍隊編制等軍事機密保密；保密六廳負責審查民間書籍、文字，向相關部門提議收繳涉密文書，避免被內外敵人獲取。”
“設定軍事情報司簡稱軍情司，負責軍事情報。軍情司要配合保密司做好軍事保密，並監督各地衛所、軍隊動向，防止有人非法調動軍隊。文武官員和勳貴涉及軍事的，軍情司也可監督。軍情司下設測繪廳、輿圖室，專門繪製地圖，包括地形、地貌、歷年氣候，以及軍隊駐紮地點、駐防關隘、己方和敵方可行軍的路線，水運、海運航道，歷年水文資訊等；戰略情報廳，負責根據情報分析敵人戰略意圖和可能戰鬥方向，掩蓋己方戰略意圖，做好戰略欺騙；戰術情報廳，分析敵人戰術、己方戰術，針對性提出建議；戰役情報廳，蒐集戰役戰鬥資訊，分析具體交戰情況，核實軍功；裝備情報廳，分析敵人裝備、己方裝備，提出裝備建議；邊防情報廳，負責邊疆防禦情報，分析外敵和可能產生的外敵，交給對外情報機構。”
“設定對外情報司簡稱外情司，專門針對外敵，蒐集外敵的一切資訊。目前主要針對後金、草原、朝鮮以及長城沿線，收集他們的人口、錢糧、物價、地理等公開資訊，以及軍隊編制、士兵數量、高層將領、軍隊調動、後勤狀況等機密資訊。同時負責收集西域、南洋和海外各國的公開情報，以後還要派出武官出使。”
“設定對內情報司簡稱內情司，專門針對內敵，蒐集各地民亂、叛亂等內部敵人資訊，蒐集有實力叛亂的土司、地方大族、流民聚集點資訊，防止他們造反。涉及到謀逆造反的案件，內情司都可以參與，其他部門配合。如果有謀逆案件未察覺，內情司要擔責。”
“設定官員貴族情報司簡稱官情司，專門針對官員貴族等有品級的人員。尤其是正三品以上文官和總兵以上武將，他們的同族、同鄉、同年、親戚、好友等關係網路，都要探查出來。各地藩王宗室動向、勳貴動向和關係網路，也由官情司負責。以公開資訊為主，必要時可派出間諜，查探機密資訊。”
“設定秘密情報司簡稱密諜司，負責秘密情報。密諜一廳負責培訓間諜人員，配合各部門需要安插專業間諜。密諜二廳負責自主安插間諜，長時間靜默、只負責重大情報。密諜三廳負責在敵人內部秘密發展間諜，做好策反工作。密諜四廳負責間諜工作改進，採用單線聯絡、加密通訊等方法，儘量保障諜報人員安全，確保不會因為間諜人員背叛，對諜報工作造成重大損失。”
“設定反間諜情報司簡稱反諜司，負責反間諜工作。配合保密司做好保密，打擊為敵人服務的間諜。對涉及機密資訊的可疑人員進行監視，尤其是外國使者商人，以及和外國有經濟貿易等利益往來、可能洩露情報的人員。”
“設定經濟技術情報司簡稱經情司，負責收集經濟貿易情報和各行業技術情報，下設農業廳、工業廳、礦業廳、商業廳、錢法廳等部門，打擊經濟犯罪，尤其是製造假幣和非法集資、非法開設銀行錢莊等行為，發現後提交給相關部門處置。”
“設定輿論情報司簡稱輿情司，負責查探輿情民意，以及各種思想動向，尤其是集會結社、宗教傳播、祥瑞災異、讖緯民謠等情況。凡是傳播量達到五百次的資訊，都要注意蒐集，分析源頭和傳播動向，並根據危害性決定是否用其它資訊混淆輿論、或者讓行動部門羈押人員阻斷資訊傳播。輿情司要秘密發行一些報刊書籍，暗中引導輿論。”
一口氣設定了十個司，甚至還直接設定了下屬的廳，朱由檢最後囑咐道：
“其它沒涉及到或新出現的情報工作，暫時由北司房情報中心負責，以後分配給各情報司或新設情報司。”
“情報中心負責收集、整理各方情報，及時傳送御前。”
“每日早晚都要有情報簡報送達，根據重要性排列先後。”
“如果朕做出批示，要進行重點偵查和後續追蹤。”
“每月還要進行情報匯總，把一些可以小範圍公開的情報傳給朝堂大臣。”
這個命令，還有之前設立的那些情報司，讓錦衣衛的高層認識到：以後的錦衣衛主要工作，要從詔獄轉向情報。
畢竟北司房下轄十個司、司下還要設廳，部門之多連擁有五個廳的南司房都遠遠比不上，更別說只有一個總隊的東司房和西司房了。
提督北司房的指揮，簡直比提督東司房的錦衣衛掌印還重要。
不過朱由檢也沒忘記東西司房，而且明確限制了北司房的權力，避免情報部門膨脹：
“北司房主要負責情報，行動工作由東司房偵緝總隊和西司房巡捕總隊負責，和朝廷部門的聯絡由相關人員出面。”
“各司要做好分工，也要做好協調。錦衣衛指揮聯絡統籌，要有大局觀念。”
“北司房提督由錦衣衛指揮使鄭士毅兼任，配合南司房做好情報中心組建，以後從各司司長選拔指揮僉事協理。”
這讓鄭士毅有些欣喜，覺得接受皇帝任命極為正確。要不然他怎麼能當上錦衣衛掌印、提督東司房和北司房：
『每日早晚上交情報簡報，意味著天天都能和陛下交流。』
『以後還需要什麼東廠，我們錦衣衛直接對陛下負責。』
正在這樣想著，朱由檢似乎想起了什麼，又下令道：
“再設定一個獨立的監察司，仿照都察院四大總署，設定廉政處、審計處、檢察處、調查處，負責錦衣衛內部監察和刑名事務。”
“朕會派太監提督監察司，派內臣在四個處常駐。”
“還有錦衣衛需要的銀錢，都要從順天銀行等內廷控制的銀行劃撥，做好保密工作。”
這個決定一出，錦衣衛高層心中哀嘆，知道錦衣衛還是要受太監監督、逃不過太監製約。
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