確定將錦衣衛的職能轉向情報，朱由檢道：
“以後北司房負責情報蒐集，南司房負責內部管理，東司房負責緝拿不法官員，西司房負責抓捕盜賊。”
“侍衛司警衛司負責護衛，監察司負責刑名，刑獄司負責詔獄。”
“都明白了沒有？”
在場錦衣衛高層齊聲回應明白，知道皇帝雖然弱化了錦衣衛詔獄職能，卻沒有棄用錦衣衛的意思。反而要對錦衣衛大用，所以完全重建。
重建完成之後，為了給外廷一個交待，朱由檢又下令道：
“以後錦衣衛的全稱是錦衣衛監，屬於內廷衙門。”
“錦衣衛指揮使是錦衣衛監掌印，指揮同知、指揮僉事是錦衣衛監提督、協理、僉書。”
“都聽明白了嗎？”
這樣做的用意，就是把錦衣衛的掌控權完全從外廷剝奪回來，眾人當然明白。
如果是之前，他們對於自己變成內廷十二監、上林苑監那樣的衙門還會產生牴觸，現在就完全不一樣了。
皇帝確定要大用錦衣衛，錦衣衛設定的那麼多機構也能獨立執行，何必再看外廷臉色。
眾人齊聲應諾，鄭士毅提出一個問題，詢問皇帝道：“陛下，錦衣衛的錢糧需要朝廷撥付。”
“錦衣衛監該如何解決？”
朱由檢早就想過這一點，說道：
“錦衣衛所有世官都轉為金吾衛寄祿，有金吾衛世職和加銜的，讓外廷發放俸祿。”
“金吾衛消耗的錢糧數量，南司房做好總結。”
這下眾人更佩服了，以為皇帝虛置金吾衛的用意。就是用外廷的錢糧，為內廷養著錦衣衛。
不過他們的想法卻不準確，朱由檢接下來又規定了各級錦衣衛官員的俸祿，規定所有在錦衣衛任職的人員，都按品級發俸。有世職或加銜的錦衣衛官員，可以說領雙俸。
這讓一些人很是迷惑，不知皇帝為何這麼大方。
卻不知在朱由檢看來，只有掌握錢糧，才能控制好錦衣衛。否則錦衣衛的錢糧一直被外廷控制著，免不了還要受到外廷制約，最終丟失控制。
金吾衛設立的用意，也遠遠不是寄祿那麼簡單。
朱由檢想的是以後朝廷錢糧緊張時，完全可以拖欠金吾衛那些寄祿人員的俸祿，降低他們的本色比例、發放半俸甚至更低。
相比他們來說，九邊的軍人才更需要錢糧，而且不能拖欠。
為九邊欠餉憂心忡忡，朱由檢想盡一切辦法搜刮錢財。
打算把節省開支的第一刀，砍向寄祿官員。
這些人有家有業，大多比較富裕。他們的俸祿比較高，只要不完全停發，就能讓他們活下去。
而且世職的存在，也讓他們不捨得脫離朝廷，會想著只要朝廷熬過困難，就能補足俸祿。
所以朱由檢很大方地給錦衣衛所有官員發放俸祿，讓他們好好幹活。免得金吾衛寄祿減少之後，他們沒幹活的心思。
錦衣衛新設定的五六品司長廳長，相比三四品的指揮，俸祿要低多了。
和外廷打好配合，能降低錦衣衛錢糧負擔。
而且以後錦衣衛錢糧完全由內廷承擔的話，應該能讓外廷接受錦衣衛脫離掌控的事實。
產生這個想法，是因為朱由檢看到錦衣衛的數量後，覺得他們的錢糧消耗實在太多——
錦衣衛有品級的官員大約兩千人，虛職寄祿的能達到三四成，大多在百戶以上。
十七千戶所一萬七千多人，加上從其它途徑招收擴充的，大概有三萬六千多人。
這三萬六千多人是需要朝廷發糧餉的，如果再算上依附錦衣衛的人員，還有地方人員，錦衣衛影響和控制的人員，總數能有十多萬人。
世宗嘉靖皇帝剛登極時，文官清理錦衣衛，革除錦衣衛冒濫軍校三萬餘人，革除錦衣衛所及監局寺廠司庫、旗校、軍士、匠役投充新設立者，共十四萬八千餘人。
這是他剛剛即位被楊廷和掌權的情況，後來陸炳執掌錦衣衛時，錦衣衛人員恢復了不少，又回到了曾經的規模。
萬曆後期曾經少了一點，天啟年間又恢復了。