其實，在上杉家的歷代家督之中，也就只有上杉清定對一向宗的態度是較為開明和包容的。
早在清定臨危受命，繼承上條上杉家的家名之時，不僅延續前任家督上條定憲的政策，繼續無視府中長尾家頒下的‘無礙光眾禁止令’，還默許一向宗在自己治下的刈羽郡進行傳教，並聯合越後的一向一揆眾，與府中長尾家進行抗爭。
等清定從其叔上杉定實手中接任越後上杉家家督之位後，更是主動邀請石山本願寺一家眾出身的高僧本誓寺超賢擔任越後頸城郡本誓寺的住持。
之後，清定為了能夠順利經略越中、佐渡、能登、飛驒等國，還主動與前任一向宗法主本願寺證如交好，並頻頻與其互贈禮物。
即便上杉軍本隊已經擊敗了毫攝寺的一向一揆眾，在清定的命令下，保持著相當的剋制，沒有對一向宗總本山石山本願寺進行攻擊。
當然，如今的石山本願寺實力早就大打折扣了。
先不說近江的江北十寺、北伊勢的長島願證寺、播磨的播磨六坊、三河的三河三寺等與一向宗總本山石山本願寺貌合神離、陽奉陰違的一向宗寺院，連毫攝寺、順興寺（枚方寺）、興正寺、願泉寺（貝塚寺）、久寶寺、等山城、攝津、河內、和泉等國被石山本願寺視為重要藩屏的分寺也被上杉家先後搗毀，大量僧兵、坊官、信徒、代官被討取。
不僅如此，八尾顯證寺、招提敬應寺、慈敬寺、教行寺等近畿諸國的一向宗有力寺院在官軍收復京都後不久，便在本誓寺超賢、本泉寺蓮悟、光教寺顯誓、七里賴周等親上杉家的一向宗住持、坊官們的輪番勸說下，紛紛倒向上杉家一方，並獲得了上杉家頒下的寺領安堵狀。
雖說清定知曉降服上杉家的一向一揆眾是不會真心實意的追隨上杉家對石山本願寺刀兵相見，但至少對石山本願寺計程車氣和戰意有著極大的打擊。
就算石山本願寺之中仍有包含信徒、僧兵、坊官、代官、僧侶等四萬餘眾堅守著，但他們已經不敢主動與上杉軍進行野戰。
遠的不說，毫攝寺的一向一揆眾就是在離開毫攝寺後遭到上杉軍的全殲。
加上清定還特意安排時任太政大臣近衛前久，讓他出面認本願寺顯如的長男本願寺教如（本願寺光壽）為猶子，並勸說本願寺顯如儘快促成石山本願寺開城。
眼見上杉家已兵臨石山本願寺外，且有著極大的誠意。本願寺顯如、慶壽院鎮永尼、如春尼、明覺寺行興、盛光寺祐心、淨照坊明春、法專坊賢勝、下間賴總、下間賴言等人在經過商議後一致同意了石山本願寺開城之事。因為，此時的石山本願寺眼下已經是到了戰既不能戰，守又守不久，完全陷入了困境，根本沒有更好的選擇。
再加上，正親町天皇之弟覺恕法親王也受清定所託，致信本願寺顯如：“在近衛太傅（太政大臣唐名之一）、上杉左僕射（左大臣唐名之一）奔走斡旋之下，將成為佛法繁榮之基礎。若貴寺退出石山御坊，則萬事合宜。此事也是天子之意，具體事由將由近衛太傅、上杉左僕射、山科內府等人告知。惶恐惶恐。”
隨著朝廷方面的主動介入，石山本願寺高層迫於形勢，只能同意石山本願寺開城。
畢竟，沒人願意看到親鸞上人以來的血脈斷絕，更不願看到一向宗法脈的斷絕。為了儘可能保全法脈的存續，以及重視朝廷權威，石山本願寺高層在萬般無奈之下不得不接受世俗權力的支配。
為了體現石山本願寺一方的誠意，本願寺顯如很快就命親族、坊官等盡數退出御影堂、阿彌陀堂，並在下令石山本願寺以及寺內町的守軍全面禁止抵抗、放下武器後，就與慶壽院鎮永尼、如春尼、明覺寺行興、盛光寺祐心、淨照坊明春、法專坊賢勝、下間賴總、下間賴言等人一同退出了石山御坊，在上杉軍的護送下前往京都。
不過，上杉軍在接管石山御坊後，清定為了避免近畿諸國的一向一揆眾再對上杉家造成威脅，就打算趁機將本願寺教團進行拆分。
於是，清定就以京都龍谷山一帶劃為本願寺的新址，讓本願寺顯如、慶壽院鎮永尼、如春尼等人入駐，仍由本願寺顯如擔任住持，是為西本願寺（龍谷山本願寺），寺領三萬五千石。
但同時，清定還劃出京都烏丸七條一帶，讓本願寺顯如的長男本願寺教如入駐並擔任住持，是為東本願寺（七條本願寺），寺領一萬五千石。
另外，清定還透過朝廷的運作，將越後頸城郡本誓寺作為北本願寺，繼續由本誓寺超賢擔任住持，負責統轄北陸道、關東八國、奧羽兩州、信濃等地的一向宗分寺。
面對上杉清定拆分本願寺教團之舉，本願寺顯如、慶壽院鎮永尼、如春尼、明覺寺行興、盛光寺祐心、淨照坊明春、法專坊賢勝、下間賴總、下間賴言等石山本願寺高層一開始並沒有作太多考慮。畢竟，石山本願寺方面僅僅只是要求上杉家確保本願寺的寺領不得低於三萬石。
此時的本願寺教如才只有三歲，並不能處理任何的寺中事務，表面上本願寺教團被上杉家進行拆分，可實際上，控制權仍在石山本願寺高層的高層手中。至於本誓寺超賢統轄北陸道、關東八國、奧羽兩州、信濃等地的一向宗分寺之事，他們也深知反對無效。
誰讓本誓寺超賢在東國之地享有盛名，加上還深受上杉清定的信賴。導致東國絕大部分的一向宗信徒、坊官、代官、僧侶等只知本誓寺超賢，不知一向宗法主。
鑑於石山本願寺高層皆沒有反對自己拆分本願寺教團之舉，清定就賜予他們每人一百兩黃金作為安撫。
而本願寺顯如在離開石山御坊後，就派遣使者前往播磨各地，號召播磨一國的一向宗信徒停止與上杉家進行對抗，否則將進行破門處置。