隨著上杉家與朝廷先後對石山本願寺方面施加壓力，成功迫使石山御坊開城，以及現任一向宗法主本願寺顯如也遵從和議的內容，率本願寺教團盡數退出石山御坊。
至此，石山御坊自一向宗中興之主本願寺蓮如以來作為一向宗總本山僅持續了二十六年的時間。
雖說近畿諸國的形勢已經不利於石山本願寺，但也還沒有到完全失敗的地步。
單單石山本願寺之中的信徒、坊官、代官、僧兵等就達到了四萬餘眾，播磨、紀伊、河內、和泉等國仍由一向一揆眾與上杉家為敵。
加上上杉家並沒有完全掌控瀨戶內海的制海權，使得石山本願寺仍然能透過海路源源不斷的獲得糧草輜重。
上杉清定鑑於前任一向宗法主本願寺證如曾經多次出面斡旋調停，使得上杉家得以順利靜謐佐渡、越中、飛驒等國，他本人並不希望以武力去征服石山本願寺，更不希望與石山本願寺之間爆發長期的戰事，所以只能選擇議和並停止戰事。
在清定看來，若是上杉家與石山本願寺之間的戰事陷入持久戰、拉鋸戰，那麼到最後只會讓毛利家、大友家等尚未降服於上杉家軍門之下的西國、九州等地大名進一步壯大。
再加上，上杉家若想真的攻滅石山本願寺，必然需要付出大量的人力、物力，且還會對經濟發達、人口稠密的攝津灣周邊地區造成極大的破壞。
為了儘可能避免這些經濟發達、人口稠密的地區遭到戰火波及，以及避免毛利家、大友家等敵對勢力坐大，清定自然是希望能儘快結束近畿諸國的戰事。
而且，朝廷方面也完全按照清定的策略、意圖去行動，以“赦免”來偷換概念，等於承認了上杉家的正當性，而將與之敵對的石山本願寺置於不義之地。
另一方面，對石山本願寺來說，他們不是遵從上杉家的命令，而是在正親町天皇的敕命之下進行停戰議和。這就讓扶桑各地的一向宗信徒、坊官、代官、僧兵等，尤其是曾以生命與上杉家相搏之人也比較好接受。勸說一向宗信徒聽從世俗權力的支配，提倡蓮如上人以來的“王法為本”。
才親政不久的本願寺顯如考慮到，若是石山本願寺繼續與上杉家對抗下去，恐怕會像加賀、三河、越前、近江等國的一向宗寺院那樣遭到上杉軍的大肆破卻，以開山祖師親鸞上人尊像為代表的各種寶物都將遭到破壞，以至法流斷絕，所以不得不選擇議和，避免事態進一步惡化。
畢竟，石山本願寺中斷與三好家之間的聯手，就是因為比叡山延歷寺之中放置的開山祖師親鸞上人木像遭到了三好軍的燒討。
然而，統轄著‘播磨六坊’的本德寺住持本德寺教什卻公然違背本願寺顯如的‘法旨’，反而號召播磨一國的一向宗信徒繼續襲擾攝津、丹波、但馬、因幡等國的境目地帶，拒不接受與上杉家進行停戰議和一事。
為此，本願寺顯如不得不致信本德寺教什的正室、自己的妹妹顯妙，要求她儘快說服本德寺教什，不要做無謂抵抗，儘快降服於上杉家的軍門之下才能獲得寺院存續，否則自首任本德寺住持本德寺空善（本願寺蓮如門弟）以來的心血將會付之東流。
但是，本德寺教什並沒有理會本願寺顯如的一片苦心，反而繼續在本德寺之中囤積糧草，做好籠城固守的準備。
之所以本德寺教什有繼續與上杉家對抗的底氣，是因為本德寺的本堂就位於英賀三木家本據英賀城的城外，寺內町也與英賀城的城下町連成一片。
可以說，英賀城與本德寺是互為犄角、唇齒相依。
得知本德寺教什拒絕接受本願寺顯如頒下的‘法旨’後，清定也沒有為難已經降服的本願寺顯如、慶壽院鎮永尼、如春尼、明覺寺行興、盛光寺祐心、淨照坊明春、法專坊賢勝、下間賴總、下間賴言等石山本願寺高層，便讓本願寺顯如對本德寺教什以及播磨一向一揆眾進行破門處理。
與此同時，清定在平野七名家在筆頭末吉利吉的率領下主動降服後，知曉平野七名家曾打造過海船，就對平野七名家頒下本領安堵狀，還將末吉利吉之弟末吉利方收為自己的直臣，負責協助九鬼澄隆、九鬼嘉隆等志摩諸將，為上杉家打造戰船、商船。
就這樣，末吉家從此一分為二。原末吉家嫡流一脈的末吉利吉被稱之為西末吉家（末吉孫左衛門家），末吉利方這一脈則是被稱之為東末吉家（末吉勘兵衛家）。
就在上杉軍接管了石山御坊，以及清定將石山御坊更名為大坂城，以示此地已經易幟後不久，千利休、今井宗久、津田宗及三人作為堺町會合眾豪商的代表便來到了芥川山城外請求登城。同時，他們還帶上了一名龐大壯碩的金髮異國之人。
“小人千入道利休（今井彥右衛門宗久、津田助五郎宗及）參見上杉左府殿，承蒙召見，榮幸之至。”千利休、今井宗久、津田宗及三人在被穴澤善右衛門引至芥川山城本丸的大廣間後，就向到了端坐在主位上，且身著藏青色錦織直垂，頭戴立烏帽子的上杉清定恭恭敬敬的拜伏下去。
“平身吧，這位異國之人是？”清定很快就注意到站在千利休、今井宗久、津田宗及三人身後的金髮異國人。
“啟稟上杉左府殿，此人是南蠻的伴天連（意為傳教士，是葡萄牙語“padre”一詞日語音譯的漢字寫法）扎比·.布萊克索恩，獲知我等前來覲見上杉左府殿後，便強烈要求一同前來。”千利休隨即進行解釋。
“哦？上前一些。”清定頓時來了興趣，便示意這位名為扎比·.布萊克索恩的傳教士靠近自己一些。
“尊貴的大人，在下是伴天連扎比·.布萊克索恩。”扎比·.布萊克索恩上前兩步後就恭恭敬敬的向清定鞠了一躬後說道。
“伴天連？餘曾在東國之時聽聞過，前任大樹殿許可伴天連於兩京傳教，此番該不會是讓餘許可伴天連繼續在兩京傳教吧？”清定對傳教士並沒有什麼太大的好感，畢竟傳教士沒少賣給大友家鐵炮、火藥甚至是佛郎機炮。