其中一名根組織忍者朝著長門喊話道。
能夠從村子中逃出來，說明長門自身也擁有著一定的實力，這些根部忍者並沒有大意。
“是啊，這次你是跑不掉的，老老實實放棄抵抗吧。”
這時志村團藏的聲音也從長門身後方傳來，原來是團藏已經帶著追擊的根部忍者追了上來。
這一下將長門置於了被前後夾擊的地步，情況極度的不利。
“長門，不要管我們，你快走！”
長門的父母激動地大喊著，他們希望自己的兒子可以逃出去。
“父親、母親！”
此刻長門死死地盯著父母所在的方向，腦海中已經將所有可能的情況進行了模擬，結果發現自己沒有辦法將父母完整地救出。
輪迴眼的能力雖然恐怖，卻還沒有達到逆天的程度。更何況長門對於這雙眼睛的能力此刻並無法發揮到極致，即使再次冒著生命危險將外道魔像通靈出來，也無法阻止對方狗急跳牆，傷害到長門父母的性命。
也就是說，此刻的長門陷入了一個無解的局面，他又該如何抉擇呢？
“看來，是需要我來替你做出選擇是嗎？”
在團藏的示意下，一名根部忍者拿出來一把苦無，果斷地插入到長門父親的大腿中，瞬間便是鮮血飛濺。
“啊！”
哪怕是強忍著，長門的父親作為普通人，還是沒有完全忍住這種疼痛，喊出了聲。
一談起根組織都會想到戴著動物面具的一群忍者，可是這些忍者並不全是根組織成員，一部分也是歸屬於火影的暗部，另一部分根組織也是完全有別於暗部的存在。他們的存在對木葉的長治久安給予了確保，那麼根組織是一個怎麼樣的存在呢？
在第二次忍界大戰中，二代火影應對金角銀角帶領的忍者部隊，不能全身而退，為木葉可以留下萌發的綠葉，臨終前將火影之名信賴於猿飛日斬。這一託付也真正宣佈志村團藏火影之爭的落榜，只有處於被動挑選協助三代火影。
但二代火影一直沒能解決好宇智波一族的分歧，只有隨處防備宇智波一族。伴隨著二代火影離開，三代火影沒法擔負抵制宇智波一族的重擔。因而，預設設定了根組織的成立，以志村團藏為頭領，擔負起了木葉的“黑暗”。
根組織成員沒有性命，沒有自由，一切以服從命令為天職，只屈服於團藏一人。建立之初便是為了抑止宇智波一族，與此同時在黑暗中監控以維護木葉，但志村團藏的慾望不止於此，曾以十人小組刺殺三代火影，最終以卡卡西的倒戈每日任務不成功。
另一方面，宇智波一族合謀謀反，團藏直言進諫，指令宇智波鼬消滅全族，平復了叛變。三代火影觀念到了根組織過度偏激的處理方式，一聲令下解散根組織，與此同時消除了團藏火影協助一職。但根組織並沒有完全消退，反而是躲進了木葉的更最深處，以伺機會。
根組織從成立到名義上解散，塑造出了諸多的菁英忍者，卡卡西、鼬、大和、信、油女取根、佐井全是這其中的佼佼者，他們為木葉作出了很大的貢獻，特別是在卡卡西、大和還為木葉塑造出了強力的下一代。與此同時也成為了那時候木葉的棟樑，這些優秀人才的輸出可謂是根組織為木葉作出的最大的貢獻。
伴隨著佩恩攻擊木葉未遂，五代火影不省人事，團藏執政木葉的時期到來。各大國因為見到曉組織恐怖的力量，召開大國會議以聯合抵抗曉組織。帶土藉機啟動第四次忍界大戰，佐助為兄報仇，殺掉團藏，一時間根組織群龍無首。另一方面，第四次忍界大戰以鳴人成長戰勝結束，忍者世界邁入了闊別多年的友誼，應各大國提議，木葉根組織完全解散。
不過在這一時期，根組織還是志村團藏手中的利器。
緊接著，剛剛那名根組織忍者再次掏出了一把苦無，再次插進了長門母親的腿部。
“母親！”
長門緊緊地握住了拳頭，指甲已經刺破了手掌的面板，一絲絲鮮血從拳縫中流下來，一滴一滴地滴落在地上。
如果可以，他寧願替代自己的父母，受傷的是自己。
上一世，第二次忍界大戰中，木葉隱村的兩名上忍為了搜刮食物資源，闖入長門的家裡，誤以為長門的父母是敵人將其父母殺死。害怕的長門無意識開啟輪迴眼，將入侵者殺死。失去父母的長門從此過著流浪的日子…後來暈倒在路上被經過的小南救起，並把長門帶到了一個基地裡結識了彌彥，同為戰爭孤兒的三人決定相依為命，之後三人靠偷竊維持生存。
一天三人走在路上險些被天上落下綁有引爆符的苦無擊中，他們發現在不遠處雨隱村的首領半藏正與三位木葉忍者（後來的木葉三忍）交戰。當時淪為三大國主戰場的雨隱之村戰亂不斷。回去之後，長門和彌彥、小南為了得到力量使自己變強，能改變這個常期戰亂不斷的國家，決定跟之前和半藏交戰的三位木葉忍者學習忍術。於是三人一起開始踏上了尋找木葉三忍的旅途……歷經艱險，三人終於遇到木葉三忍。後來自來也決定留下照顧戰後孤兒，就當是對這個飽受戰火的國家的補償。
第二次忍界大戰結束後，雨隱之村還處於動亂時期，依舊有一些忍者為了搶奪食物財產甚至為了報復去騷擾雨忍村民，這段時間長門三人在自來也的教導下學習忍術。
三年後，自來也看到三個孩子可以獨立了，把和平的重任託付給了長門就離開了他們。
長大後的三人以彌彥為首創立了曉。立志不靠極端武力來創造世界和平，之後有許多人加入了這個組織，曉逐漸壯大並聲名鵲起。遠在木葉的自來也還偶爾聽到他們的戰鬥事蹟。中途宇智波帶土（此時身份為宇智波斑）曾經找過長門，並試圖拉攏長門等人，但被長門和彌彥拒絕。
當時的雨隱之村首領半藏受到志村團藏的蠱惑，害怕他們勢力的擴大會威脅到自己的統治地位，所以半藏欺騙他們說，想借用他們的力量，向火、風、土三大國提出和平的交涉提案（因為雨隱之村處在三大國的交接處，戰略地位非常重要，而且當時第三次忍界大戰十分激烈），彌彥答應了他的請求。
但是他們到了會談的地點，才發現這是個圈套，半藏勾結團藏，在會談地點埋伏，參與抹殺他們三個的還有木葉的暗部。半藏以事先擒獲的小南的性命作要挾讓長門殺了彌彥，彌彥為了救小南讓長門殺了自己。
在不知如何選擇之時，彌彥撞到了長門的苦無上，倒在了長門身旁。就當半藏要將他們全部殺死的時候，長門擋住了半藏的手下的所有攻擊，然後救下小南，雙腿中了半藏的火遁·起爆炎陣。眼見遭受欺騙，摯友又死在自己面前，在極度憤怒之下使用輪迴眼召喚出外道魔像，震驚了全場所有人。之後木葉的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取靈魂，半藏、團藏落荒而逃。
彌彥死後，長門成為了曉的首領，並使用輪迴眼製出了屍體傀儡佩恩六道，彌彥的遺體被長門製作成為佩恩六道之中的天道佩恩，用來統率曉組織。
後來，半藏被長門控制的佩恩六道所殺，從此長門支配雨隱村。
之後父母的死便成為了長門永遠的痛，那無法抉擇的絕境也成為了長門心中的陰影。
這一世，長門就算付出自己的生命，也不想再次失去他的父母。
“不要傷害我的父母！你想要這一雙眼睛，給你就是了。”
這一次，在艱難的抉擇中，長門選擇了犧牲自己。
“不，長門，不要管我們，你快跑！”
眼看著自己的孩子又要為了自己而做出犧牲，長門的父母心疼無比。