“噗嗤！”
還沒等到長門的父母和志村團藏等人反應過來，長門就已經伸出左手，兩根手指一齊插入到眼眶之中，將兩顆眼球硬生生地摳了出來。
鮮血和一些眼睛周圍的神經組織，交雜、附著在長門的左手上。
“長門！”
不遠處，長門的父母看著這揪心的一幕，心痛萬分卻又無能為力。
而長門本人已經因為承受不住生扣雙眼帶來的劇烈疼痛，半跪在了地面上，自此失去了光明。
兩顆帶著鮮血的淡紫色眼球，正靜靜地躺在長門的手掌中。
“給、眼睛給你，放了我的父母……”
長門一邊忍受著劇痛，一邊伸出左手，將兩顆輪迴眼呈上。
“你還真的是……果決啊。”
就連一向心狠手辣的志村團藏，也自問做不到像長門這樣，活生生地將自己的雙眼挖出。這不僅僅需要莫大的勇氣，更是要抱著必死的決心。
這些都是團藏不具備的，成為火影是團藏的執念，所以他更加怕死。
志村團藏與猿飛日斬、宇智波鏡、秋道取風、水戶門炎、轉寢小春同為木葉隱忍者學校的同期學員，由第二代火影千手扉間直接領導。晉升上忍後他們六人加入第二代火影扉間的精銳護衛部隊，成為隊友。平時執行任務時志村團藏與猿飛日斬一組一起行動。他跟日斬有著很深的羈絆，兩人視彼此為競爭對手而一直相互競爭著。
在第一次忍界大戰中，金角銀角在雷影與火影的結盟儀式上突然掀起政變，二人以六道忍具和九尾查克拉的力量，讓第二代雷影和第二代火影受到了瀕臨死亡的重傷，隨後，身負重傷的千手扉間帶領部下猿飛日斬、水戶門炎、轉寢小春、志村團藏、秋道取風、宇智波鏡突出重圍，金角銀角率領金角部隊全員精英乘勝追擊，眾人商量需要讓其中一個人擔當誘餌來引誘敵軍，以保證其他隊友能夠有時間順利逃脫。扉間為選擇正確的繼承人而暗中考驗著部下。
團藏雖然抱持著想要自告奮勇擔當誘餌的心念，但在關鍵時刻卻因膽怯而沒有說出。此時日斬挺身而出，提出讓自己擔當誘餌。最終扉間為了木葉隱村的未來而決定親自擔當誘餌，臨行前對日斬的行為表示讚許，並授命日斬成為下一代的火影，之後便因掩護日斬等人而犧牲。
在日斬繼位火影后，日斬任命團藏為火影輔佐，給了團藏極大的信任和權力，但由於日斬沒能延續第二代火影治理宇智波一族的基本方針，因此使團藏揹負起了村子的黑暗，於是，團藏以“暗部培訓部”的名義，培育了自己的勢力——“根”，根組織比暗部隱藏得更深，所做的事也更加見不得光。三代默許了這些。團藏和根成為了木葉最直接有效的利劍，以“寧錯殺，不放過”的姿態剷除村內外一切威脅，日斬曾讓自己最喜歡的徒弟大蛇丸擔任團藏的親隨，足見日斬對團藏的器重。
日斬是陽光下永遠溫暖的火影，團藏是黑暗中殺伐果決的根。兩人相輔相成，讓木葉村再度成為了最強忍村。
木葉村一直有一個隱患，那就是封印在村內的九尾，初代火影死後，木遁這種封印尾獸的手段失傳了，於是日斬和團藏舉全村之力展開對柱間細胞的研究，想要讓木葉重新擁有木遁，但隨著大批志願者在實驗中犧牲，三代不得不喊停，所有相關記錄都作為黑歷史被封存，但團藏卻沒有放棄，他不在乎要犧牲多大，不達目的不罷休，他夥同大蛇丸偷偷從周邊村落綁架嬰兒，私自進行試驗，六十多名嬰兒幾乎全部死去，但在殘忍的代價下，真的有一例成功了，團藏培養出了除柱間外另一個能夠使用木遁的忍者大和，因出於私心他並沒有把大和的存在告訴日斬，但後來日斬發現這名木遁忍者的時候，並沒有治團藏的罪，只是率領暗部將團藏的根據地裡三層外三層的圍起來，將那名木遁忍者要到了自己麾下，日斬對團藏非常寬容，只要他的罪行不鬧地沸沸揚揚全村皆知。他都是睜一隻眼閉一隻眼。
曾將有才能的孤兒藥師兜用為間諜派往各國，之後又認為兜知道太多秘密，而策劃他與孤兒院的院長野乃宇自相殘殺。
他亦曾與其他野心家有所聯絡，如曾與雨忍首領山椒魚半藏合作，慫恿半藏剷除以彌彥為首正在崛起的新勢力，導致彌彥的死亡及長門（即後來的佩恩）性格理念上的扭曲。
曾與大蛇丸有所接觸，故為掩飾此事正加派人手追捕大蛇丸的助手藥師兜。團藏以“一切都是為了木葉忍者村”的信念為由，在暗中進行著各種無法擺上檯面的行動，以這種姿態支援著木葉的發展；而為了進一步貫徹自己的理念，身為鷹派代表人物的他一直有爭奪火影之位的想法。
在遴選第四代火影之時曾打算支援大蛇丸上位以加強自己手中的權力，但在日斬強烈的意願下最終成為第四代火影的是自來也的徒弟波風水門，團藏的想法也因此沒能實現。水門死後，再度企圖爭奪火影的團藏也在高層顧問們的質問下未能如願，而由日斬重新擔任火影之職。
宇智波一族計劃發動政變被木葉高層注意，因此，團藏趁機策劃了一舉剷除宇智波一族以絕後患的計劃。因為他無法信任宇智波一族，所以奪取了本想阻止宇智波一族謀反的止水的右眼，並以“可以保全佐助的性命”為理由叫雙重間諜身份的宇智波鼬做出選擇。鼬一方面為了村子的未來，一方面為了保護弟弟佐助，而接受了滅族任務，並在之後成為叛忍，團藏的計劃得以繼續實行。
當綱手繼任為第五代火影時，團藏對她繼續貫徹日斬的政策而有所不滿，並在新卡卡西班成立時安排自己的部下佐井進入新卡卡西班。
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