給佐井下達了暗殺佐助的任務，但後來由於種種原因而導致暗殺佐助的任務失敗。團藏得知此事後，說出“感情帶來仇恨，仇恨導致戰爭”的話語。
在“曉”的首領佩恩為了捕獲九尾而襲擊木葉時，團藏為了趁機奪取火影之位，而殺了正要前往妙木山通知戰事的聯絡蛙孝介，試圖隱瞞戰事來牽制住鳴人的行動範圍；並召集過去的“根”成員，下令讓木葉陷於佩恩入侵的苦戰中而不伸出援手。綱手在佩恩入侵一戰後因虛耗過度陷入昏迷中，團藏便趁機在火之國會議中直指綱手已不能履行職責，應委任新一任火影，並道出過往火影治理上的不當，唯有自己才是最理想的人選，最終被大名指定為“第六代火影”。
團藏在成為火影后立刻將宇智波佐助定為叛忍並下達追殺令，亦允許雷之國忍者前往追殺。
在五影會談上，他利用先前奪取的止水的寫輪眼控制了鐵之國大將三船，企圖奪取忍者聯軍控制權，但被擁有白眼的霧忍青所識破。於是團藏向其他四影說出自己有意效仿初代火影統一各個族落那樣來統一整個忍者世界，並且會不惜一切代價來完成這個目的，這樣忍者世界才能步入真正“和平”的道路，但他的想法遭到其他四影的反對。
此時，佐助也因為宇智波帶土的講述而知道關於鼬的真相，打算殺死木葉高層來告慰亡兄，並亂入五影會談的會場企圖刺殺團藏。佐助的行動遭到其他各影以及鐵之國武士的阻止，團藏在混亂之中逃脫。這一舉動被雷影認為讓木葉失去其他四大忍村的全部信任。
佐助在會場中被宇智波帶土所救，之後和帶土一同追上逃離會場的團藏。團藏利用先前獲得的宇智波族人寫輪眼施展了禁術“伊邪那岐”，讓佐助發動的攻擊變得無效。但在最後佐助利用寫輪眼的幻術破解了團藏的伊邪那岐，團藏因此身受重傷，為了儲存實力而挾持了在場的香燐打算逃跑，但一心復仇的佐助完全不顧香燐的安危，將團藏和香燐一同貫穿。團藏在臨死前為了死守止水之眼，發動了裡四象封印術打算與佐助、帶土同歸於盡，但最終失敗。團藏在臨死前感嘆到自己到最後都沒能成為火影，自己無論如何都無法追上日斬。並評價日斬和自己道“你是沐浴陽光的木葉，我是深埋地下的根。”
志村團藏，年輕時擔任過第二代火影的精銳護衛部隊中的成員，是和猿飛日斬爭奪過火影之位的男人。在爭奪繼承者失敗後，他成為了火影直屬隊伍“暗部”中“根”的建立者與領導人。有著只順從自己意志的忍者隊伍，掌握著木葉的“黑暗”。他是下令對宇智波一族實施滅族政策的木葉高層之一。
團藏有著一頭棕色的頭髮，留著整齊的平鬢，一隻細長的眼睛，目光狡黠而深邃。頭部和右眼用繃帶裹著，將止水的寫輪眼隱藏其中。下巴位置有一個叉形的疤痕。他的臉色略顯陰沉，皺紋深刻，給人一種陰險而老謀深算的感覺。他的身材雖然瘦削，但肌肉結實。身穿黑灰色和服，右手臂上移植了柱間細胞和十一隻寫輪眼，並用封印器皿將寫輪眼牢牢封印，只有使用時才會解開，平時一直隱藏在衣袖裡。
不過這個時期的團藏還沒有經歷那些。
極度多疑、謹慎、陰險、手段強硬，不相信他人，不能容忍一丁點可能會出現的疏漏，一定按照自己的想法走才肯放心。他常把“忍者要自我犧牲”掛在嘴邊，但真正輪到他的時候，自己卻做不到。
這也是他當初落後猿飛日斬，沒有成為火影的原因。
原劇情中，在五影會談推選忍者聯軍統領時，即使三船本就有意推薦他，但他仍要以別天神控制三船，支配其行動。為了防止洩密，對所有部下施加了咒印術。
團藏的木遁秘術源於移植初代火影柱間的細胞。因為十一隻“寫輪眼”具有很大的精神能量，所以需要柱間的細胞來增加“肉體能量”與之平衡，但由於不是初代的完整複製品，其木遁之術只能透過右臂才能施展出來。在戰鬥中，團藏自身查克拉減弱無法支配柱間的細胞時，會被其吞噬。
寫輪眼是宇智波一族特有的血繼限界，具有觀察眼、複製眼、催眠眼等強大的能力。擁有者具有超乎常人的洞察力，能觀察查克拉流動，可以施加和識破幻術，複製體術和非血繼限界忍術。團藏在消滅宇智波一族的行動中，收集了宇智波一族的寫輪眼和搶奪了止水的右眼，並且都移植到了自己身上，使自己擁有了宇智波一族的瞳術。
當然現在的團藏也還不具備這些，否則的話上一次長門就無法從團藏手中逃脫。
“先將那雙眼睛給我。”
在團藏的示意下，身後的兩名根部忍者來到了長門的身前，從已經失去雙眼的長門手中拿過了兩顆淡紫色的輪迴眼，隨後轉身交到了團藏的手上。
在這個過程中，長門並沒有做出任何反抗，在他決定好貢獻出自己的雙眼那一刻，就將自己的生死置之度外了。只要能夠保證父母安然無恙，就沒有什麼是他不能犧牲的。
在從自己的手下那裡接過了兩顆輪迴眼之後，團藏拿出了事先準備好的兩隻玻璃試管，將兩顆輪迴眼分別裝了進去。這是團藏為了此次行動，早就準備好的。
“終於，終於得到了這雙仙人之眼，它們是我的了。”
團藏小心翼翼的將裝有輪迴眼的玻璃容器給收好，那可是他成為火影的希望。
“現在可以將我的父母都放了吧？”
半跪在地上的長門由小晴攙扶著，失去了眼球的眼眶緊閉著，僅憑感覺朝著團藏所在的方向詢問道。