此時此刻，長門和他的父母，還有小晴的命運，都在志村團藏的一念之間。
團藏他真的會信守承諾，放過他們四人嗎？
“殺了他們，不要留下活口。”
答案是否定的，在得到輪迴眼之後，團藏的第一反應就是讓知道這件事情的人永遠消失，以防洩密。
根組織的忍者都被團藏的秘術所控制，團藏並不擔心他們洩密，但是長門這四人就沒有繼續留下活口的必要了。
“你答應我的，會放了我的父母！”
氣憤的長門想要起身反抗，卻因為身體虛弱且失去了眼睛，剛剛站立了一半，身體便忽然一軟，倒了下去。
“真是天真的小鬼，現在我欺騙了你，你又能夠奈我何呢？”
團藏上前兩步，居高臨下的看著地面上狼狽不堪的長門，心中充滿了不屑一顧。
“你…….”
長門再次起身想要反抗，卻根本提不上力氣，再次跌倒下去。
“哼，你這樣的廢物，根本沒有資格和我討價還價。”
看著癱軟在地上無能為力的長門，團藏失去了興趣。在將現場的事務交代完畢後，便先行離去了。
“殺了他們。”
一名領頭的根組織忍者發號施令，現場的其餘根組織忍者便準備動手。
“噗、噗！”
率先遭到殺戮的，就是長門的父母。
兩名根組織忍者分別用苦無插進了兩人的咽喉處，鮮血不斷地從傷口處湧出，長門的父母伸出雙手想要將喉部的傷口捂住，卻發現根本做不到，只能徒勞地胡亂嘗試著。
“啊啊啊啊！”
看見這一幕的小晴再次尖叫起來。
長門雖然因為失去了雙眼，無法看到這一切。但是憑藉著他敏銳的感知，很快便察覺到了這一切。
“父親、母親，不！”
就在長門痛苦的哀嚎聲中，一名根組織忍者出手殺掉了小晴，一把苦無插在她的額頭上，鋒利的苦無瞬間便貫穿了小晴的大腦組織，卻是沒有給她造成任何的痛苦。
這下，就只剩下長門一個活口。
“失去了價值的廢物，你應該榮幸自己能夠為團藏大人做出貢獻。”
那名剛剛解決了小晴的根組織忍者，轉身來到長門的身前，面無表情地說道。
“那麼，你就安心的去死吧。”
一柄同樣普通的苦無插入到了長門的左胸口處，將長門的心臟貫穿，終結了長門的生命。
“為、為什麼……究竟為、為什麼？我明明那麼努力了，為何還保護不了我的父親、母親……”
長門並不怕死，他害怕的是，即使重來一次，他仍舊無法保護好自己的父母免遭殺戮。
“我不甘心，我恨啊！”
在原劇情中，長門被鳴人的嘴遁所說服，心甘情願地犧牲了自己赴死。
但是這一刻，長門是帶著無比強烈的怨恨死去。
在徹底失去意識之前，長門的腦海中回放著過去的點點滴滴。
長門的早年經歷十分坎坷，宇智波斑為了實行月之眼計劃，將輪迴眼移植到千手一族的遠親漩渦一族的後裔——長門身上，希望日後長門能用外道·輪迴天生之術復活自己，而長門從此擁有了輪迴眼。
宇智波斑死後，宇智波帶土（面具男“阿飛”）按照宇智波斑的吩咐和絕找到三人，自稱“斑”，試圖拉攏長門，但被彌彥阻止。彌彥死後，長門再次遭受失去重要之人的巨大打擊，他意識到之前找到的答案根本就一文不值。認定只要在這個被詛咒的世界，不會有真正的和平，人與人之間是永遠不會相互理解的，對和平的理解走上了極端。於是長門和宇智波帶土合作，計劃收集尾獸，開發新的禁術，製造尾獸兵器，獲得可以瞬間摧毀一個國家的力量，靠人類對那些痛楚的恐懼來抑制戰爭，以痛苦的方式引導世界，讓世界走向和平。曉也因此改變了性質，從原來的僱傭兵組織變成了一個由S級叛忍組成的邪惡組織。
自來也為打探曉首領的情報，潛入了雨隱之村。之後見到了佩恩及小南，這才知道原來曉首領佩恩是自己在第二次忍界大戰末期在雨隱之村所收的徒弟——長門。冷酷無情的佩恩已不再顧念師徒之情，師徒之戰一觸即發。自來也使出仙人模式，並召來兩位蛤蟆仙人（深作及志間仙人）相助，成功打敗了三個佩恩。但因之後不瞭解佩恩六道的能力，所以最終被佩恩六道打敗而犧牲。但最後自來也查出了佩恩六道及其本體的秘密（都是自己曾經遇到的忍者，佩恩六道均為傀儡忍者，受長門操控）。
佩恩和小南一起襲擊木葉捕捉九尾人柱力——漩渦鳴人。修羅道、畜生道、餓鬼道分為誘敵組；天道、人間道、地獄道和小南為探索組，開始了襲擊。期間與卡卡西交戰，並殺死了卡卡西，在用人間道得知了鳴人在妙木山後，控制天道來到木葉上空，然後用畜生道將修羅道、人間道、餓鬼道、地獄道還有小南通靈到木葉村外，不惜以縮短壽命的代價，執意使用神羅天徵將整個木葉隱村摧毀！之後佩恩六道與從妙木山趕回來的漩渦鳴人交戰。
佩恩六道被漩渦鳴人逐個擊敗後，鳴人在小南用紙製作的一棵大樹裡找到了佩恩的本體——長門，兩位預言之子終於相遇。鳴人想要知道長門的過去，並想從長門的經歷找出和平的答案。長門將父母之死及摯友彌彥之死一生兩大痛楚向鳴人講述後，鳴人拿出了自來也寫的第一本書《毅力忍傳》。《毅力忍傳》的寫作靈感來源於自來也的一個弟子，這個弟子正是長門。經過一番談話後，長門被鳴人所感化，重拾少年時期的夢想，放棄和宇智波帶土的原定計劃，用外道·輪迴天生之術復活了在佩恩一戰所死之人，將自己的意志託付給了鳴人後力竭而亡。
第四次忍界大戰時期，長門被藥師兜用穢土轉生復活，並與宇智波鼬一起行動。後被兜控制與鳴人和奇拉比戰鬥。失去意識的長門，缺乏自主機動性。在吸收奇拉比的八尾查克拉後身體恢復了原來年輕的狀態，但由於腿上的傷，依然無法自如行動，兜便以通靈獸的輪迴共享視野彌補這一缺點，相繼捕獲鳴人與奇拉比，兩人危在旦夕。但最終卻因中了別天神而脫離兜控制、隱蔽起來的宇智波鼬從死角射出苦無破壞共享視覺共享而失手。之後長門使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特徵以及弱點並引導鳴人與奇拉比一起合力使用最強遠端攻擊忍術破解了地爆天星，隨即長門被宇智波鼬的十拳劍所封印。
在臨死之際，長門恢復了意識，對自己的一生做了評價，充分認同師父自來也的第一部作品，給予了堪稱完美的評價；對自己的第二部作品給予了一般評價；並把希望寄託於鳴人，希望鳴人的第三部——完結篇，能夠完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。最後，長門帶著希望，含笑而逝。
畫面回到現實當中。
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