但僅僅依靠這些設想和經驗就想實現全域普及近代教育、推廣新文化，那肯定是遠遠不夠的。
所需要面對的首要問題就是新式教育同以科舉應試為核心的傳統教育之間的尖銳矛盾。
作為歷代選才取士的基本制度，科舉制在中國已經實行了超過千年。
經過長期的演進，其體制已經完全成熟固化，考核內容以儒家經學義理為核心，以“八股文”為形式，來選拔治理國家的人才。
然而，八股文僵死的形式禁錮了人才的思想，使得科舉制度喪失了原本的積極性。
而四百年的八股文發展又讓儒教難以接受新的思想和學術，極度缺乏革新精神。
但是，縱然它有多重問題，存在徇私舞弊的情況，存在思想壓制的問題，但科舉考試卻是歷朝歷代最為公平的人才選拔形式。特別是對那些寒窗士子們來說，科舉是扭轉個人和家族命運的唯一途徑，誰要動這命根子，他們就要跟誰拼命。
這也是清末新政崩潰的重要原因，由科舉向新式教育過渡的失敗導致各地士子人心離散。
這對於如今的東南巡閱府也一樣，東南六省九成九的官員都是科舉上來的，下面的讀書人八成以上都是科舉士子，一旦不能處理好科舉問題，東南縱然有十萬大軍也沒用，低效的統治將使這一切變為空中樓閣。
因此，在新式教育建立的同時，左孝威選擇了改革明清的社學制度，制定完整的升學體系，向其中加入新學思想，逐步將科舉士子吸納進這一套流程。
這套社學制度與新式教育的學校一樣，有小學堂、中學堂、大學堂，每年按級晉升，小學之後進行考試分科，少部分人繼續學習儒學，其他人向數學、物理、實業等方面鑽研，中學畢業考試透過後授予秀才身份，進入大學堂學習，畢業後授舉人，可以入京參加科舉考試，也可以選擇考東南巡閱府的公員考試，成為東南巡閱府下的公務員。
為此，左孝威設立了六座國學院，分別是設在江寧的東南國學院，蘇州的江蘇國學院，安慶的安徽國學院，南昌的江西國學院、杭州的浙江國學院和福州的福建國學院。
相比於教資充足、生源充足的社學，新學的教育就要難的多，首先就要從廣建學校，增加補助等方面入手，循序漸進，引導東南的百姓進入新式學堂學習。
同時，左孝威還特別將新學建設作為官員考核的重要指標，要求各地官員嚴格督辦。
而督辦的標準則是東南巡閱府臨時出臺的《臨時學制令》，這套教育法令主要針對的就是如何改革科舉制度和初步建立新學制度。
至於義務教育，還要等經濟改革完成之後才能談起。
文化事業的根本是教育，但不止教育，以史為鑑，凡是在學制上動刀子的，總免不了文人士子的口誅筆伐。
在古代，這些人的這套方法確實相當有效，大部分政府都對其束手無策，只能以相互妥協收場。
但隨著時間的進步，左念微只能告訴他們：“時代變了！”
不同於在科舉制裡摸爬滾打過的左孝威，左念微沒進過科舉，對於科舉改革自然也說不出太多有用的東西，但對於這些文人的輿論戰，左念微可就太有經驗了。
為了充分應對這些文人對科舉改革的討伐，左念微在左孝威的幫助下組建了一個宣傳部門——文宣司
早在光緒十八年，左念微就授意創辦了《南洋日報》，是國內最早的官辦新式報紙和租界外的報紙。
《南洋日報》輻射範圍極廣，十餘省內均有流傳，其彙報內容也是時政、民生、商業無所不收，在辦理途中為現代輿論行業積累的大量的經驗。
而《日報》也為南洋在加強輿論管控，防止虛假宣傳、負面引導，防範情報洩露等方面做出了巨大貢獻。
尤其是如今自治之後，東南巡閱府開始提倡合法言論自由、學術革新等，這些事情在有好處的同時也給了敵人機會，有守舊派暗中藉此詆譭自治政府，有列強實力藉此搞文化入侵。
如此種種，不勝列舉，在這個科舉改革的重要關頭，對輿論行業的嚴格管理勢在必行。
文宣司的建立就正合此要求，在文宣司的建議下，東南巡閱府參照西方列國法令，制定了《出版標準令》，並由文宣司負責執行監管。
同時，文宣司還創辦了多家新報紙報刊，包括針對東南政府重大決策、社會熱點、國內外重要事件的《東南時報》，針對列強和國內外大事的月刊《列國博聞》，關注國內實業、工業、科技的週刊《自強》。
利用文宣部下的這四大金剛，東南巡閱府開始向民眾大力宣揚新思想，樹立國民意識，提倡優秀民風，鼓勵實業進步，振興國家。
而文宣部也沒有辜負巡閱府的期望，成功調解東南民間情緒，輔助政策實行。
新式教育和科舉改革成功在東南六省鋪下去，為富國強兵打下牢靠的基礎。