但由於科舉尚在執行，清廷的官員體系還沒有完全癱瘓，清廷在這方面的做法是將新學納入科舉體系，這也成為清廷唯二的保命稻草。
但稻草終究是稻草，一旦發生意外，眾多士紳是否會站在清廷這一邊，那就很難說了。
1899年12月29日，己亥年的最後一個月，混在新軍中的興中會成員趁著兩廣總督譚鍾麟在廣州巡視新軍時舉行暗殺，成功刺傷譚鍾麟。
當天下午，興中會發動第五次起義，楊衢白任革命軍總司令，率隊奪取小北門，迎接參與起義的廣東新軍第二鎮第一營入城，直撲總督府。
隨後，革命黨人與廣東巡防營統領、廣東第二鎮統制李淮在總督府外發生大戰。
當晚八點二十分，南關炮隊發動起義，炮轟第二鎮大營。
在革命軍總司令楊衢雲的領導下，革命軍隊伍迅速擴大，當南關炮隊轟擊大營之後，第二鎮新軍內的軍官紛紛選擇起義，革命隊伍迅速擴大。
這時候，姍姍來遲的新軍第一鎮方才在廣州將軍春齡的帶領下抵達戰場。
新軍第一鎮在南大門外遭到炮擊，隨後與駐守此處的革命軍進行了槍戰。
兩軍對壘到天明，結果新軍第一鎮發現主帥不見了，一陣混亂之後，被革命軍第二縱隊司令鄭士良抓住機會，率領敢死隊，攜帶炸彈和步槍衝向敵軍，成功衝破新軍陣線，打死炸死數十人，第一鎮新軍潰散。
上午八點，珠江江防艦隊舉行起義，澄清、綏靖、飛龍三艘炮艦駛入廣州城，炮擊沿岸清軍。艦隊司令鄭晏發電報邀請東南海軍南洋艦隊進駐廣州，穩定局勢。
12月30日，南洋艦隊靖海、威海號巡洋艦，廣觀、同安號炮艦駛入廣州城，駐泊黃埔，監視廣州灣內的三艘外國軍艦以及岸上清軍動向。
中午，革命軍攻破兩廣總督府，兩廣總督譚鍾麟自殺，廣州將軍收攏新軍第一、二鎮、巡防營、綠營和八旗，總計萬餘人，退守滿城。
此時，革命軍人數已膨脹至二萬餘人，其中起義新軍達兩千人，為革命軍骨幹，其內青年軍官大多選擇加入興中會。
30日晚，孫文自香港乘坐輪船順平號進入廣州，在兩廣總督府門口舉行革命演講，打出“驅逐韃虜，恢復中華，創立合眾政府”的旗號，確定了全國革命的目標。
隨後，革命軍組建十六支敢死隊，用炸藥炸開滿城，攻入其中，雙方開始了激烈的巷戰。
同時，孫文與陳少白等人開始緊張的開始準備革命政府的組建。
1899年12月31日，作為公元十九世紀的最後一天，孫文在兩廣總督府內就職廣州革命軍政府都督，向全國拍發通電，宣告起義成功，後世史稱——“己亥迥電”。
在這通電報中，革命軍政府述說了革命的緣由和目標，號召全國人民，尤其是東南巡閱府起來推翻滿清政府，建立一箇中華合眾國，並推舉東南巡閱使左孝威為中華合眾國臨時大總統。
興中會如此高調的行事自然是引起了清廷的震怒，尤其是聽聞廣州滿城內十不存一之後，京師中如喪考妣，許多人叫囂著要大力平叛。
然而，雖然雙方豪言壯語不斷，但在真正的動作上，依然在觀望東南的態度。
革命軍政府拍發的是通電，所有人都能看得見，包括清廷，他們也能看得見其中對於東南的“勸進”。
但東南巡閱府會如何選？
他們會選擇一個怎樣的國家？
君主立憲？
共和？