古代的蒙古人最早信仰薩滿教。薩滿教崇拜神靈，把世界分為三種：天堂在上,諸神居之；地為之中,人類居之；地獄在下，惡魔居之。而掌教的巫師則宣稱自己集萬能於一身，除了能役使鬼魅為人祛除災難外，還能占卜吉凶，預言禍福。他主持傳統儀式，代氏族成員求兒、求女、求五穀豐登、人畜兩旺，為氏族成員治病等。在早期，則參與解決部落的重大疑難問題，直至決定首領的繼承，戰爭與和平等。成吉思汗就曾設定“別乞”（教長）,專門管理薩滿事務。
17世紀以後黃教雖然傳入蒙古地區，但薩滿教的遺蹟在蒙古人的生活中仍然儲存著，主要表現在以下幾個方面:
祭天:祭騰格里（天）是各種祭祀活動中最重要的一種，在山丘等高處立木頭或石堆等標記，以此代表“騰格里”。在每年春秋兩季進行祭祀。立標的山丘被視作禁地，這是蒙古人中最普遍的祭天形式。祭天分紅祭與白祭。紅祭時用整羊或羊的心臟。隨著黃教的廣泛傳播，紅祭逐漸被廢除，改為白祭。白祭主要指的是以酒和奶製品來祭祀。此外，祭天時指定一隻羊為“供品”，但不把它宰殺，給戴上“色得爾”（表示神聖的記號，即給羊脖子上拴上彩色布條）後給天磕頭。戴“色得爾”的羊是神聖的，是騰格里的財產，任何人不得冒犯，不得宰殺，直至它自然死去。
祭地:祭地也是蒙古人自然崇拜的一種。蒙古人有“天父地母”之說,認為大地上有名的山川和奇特的草木都有自己的主神。蒙古人把鮮奶和奶酒每天早晨酹向所在地的山巔，表示致祭。蒙古人非常崇敬具有奇特形狀和顏色的山崖、丘陵山及溫泉，認為那裡有精靈居住，因此祭祀它們的同時,又禁止人們在那裡砍柴，殺生和動土。
祭敖包:這是蒙古民間最普遍的一種祭祀活動。敖包是草原上習見的供人祭祀的山堆,頂上要插柳枝為叢，立竿為柱。“壘石成山”,“視之為神”，它是山神、地神及遊牧民族保護神的化身，是薩滿教原始崇拜的典型。祭祀時間一般在農曆5-7月,祭禮儀式一般由扎薩克喇嘛、王公貴族主持。喇嘛要焚香頌經。而每一過路人都在敖包上面放石子或隨手拾到的東西，同時乞靈於被假想在那裡的神。過路人邊禱告放石敖包上面，邊伸手向前乞求保佑一路旅行平安。
祭火:祭火也是蒙古族最古老的祭典之一。在新疆蒙古人的日常生活中至今還保留著一些遺蹟。在節日喜慶、婚喪大事上祭天、祭地之一就要祭火。點燈節（農曆十月二十五日）就是祭火的一種表現，是典型的黃教活動中滲合著薩滿教遺蹟的表現。
“薩滿”一詞源自通古斯語jdamman，意指興奮的人、激動的人或壯烈的人，為薩滿教巫師即跳神之人的專稱，也被理解為這些氏族中薩滿之神的代理人和化身。薩滿一般分為職業薩滿和家庭薩滿，前者為整個部落、村或屯之薩滿教的首領，負責全族跳神活動；後者則是家庭中的女成員，主持家庭跳神活動。薩滿，被稱為神與人之間的中介者。他可以將人的祈求、願望轉達給神，也可以將神的意志傳達給人。薩滿企圖以各種精神方式掌握超級生命形態的秘密和能力，獲取這些秘密和神靈力量是薩滿的一種生命實踐內容。
明代蒙古人的宗教信仰新舊並存並且複雜多樣，既有古老的圖騰崇拜，又有原始的薩滿教；既有蒙元時代頗為流行的景教信仰，又有西域回回人信奉的伊斯蘭教。至於蒙古人在16世紀末葉第二次改宗，引進藏傳佛教新興的一支格魯派黃教後，黃教成為明代蒙古人的主要宗教信仰。
一、馬兒古兒吉思可汗的景教信仰及相關事蹟
北元蒙古大汗兀客克圖合罕馬兒古兒吉思（keg-tuqaγanmargurgis），太鬆可汗脫脫不花之幼子。馬兒古兒吉思，明代漢籍又譯作麻兒可兒、馬兒可兒吉思、麥兒苦兒吉思、馬兒苦兒吉思、馬可古兒吉思等。薩岡徹辰《蒙古源流》中說，這位可汗名來自佚名《黃史》。keg-tu，意為“坐在馱箱裡的”，因年齡幼小當出征時放在馱箱裡而出名。明朝人從這位可汗開始稱年幼的蒙古大汗為“小王子”。
關於馬兒古兒吉思這個蒙古可汗的名字，日本學者岡田英弘早已指出：“其名即敘利亞語‘聖喬治’之謂也。敘利亞語為景教之公用語。由此可證該教之遺脈於十五世紀尚存於蒙古。”1
楊紹猷先生說：“景教也沒有在蒙古絕跡，馬可古兒吉思（烏珂克圖汗）的得名亦與景教有關。”2烏蘭援引法國漢學大師、大蒙古學家伯希和的結論，進一步解釋說：“margurgis，來源於敘利亞語，mar是聶斯脫裡派基督教教職名，gurgis原音為girgis（相當於英語中常見的gee——喬治），轉為突厥語和蒙古語的krgus或grgus，再轉為kurgis或gurgis。”3
馬兒古兒吉思可汗是北元蒙古大汗中惟一一位信仰景教4的人。這說明元朝滅亡後，在退回到草原的蒙古人中，仍然有人在信奉景教。兩《黃金史》（即佚名《黃金史》和羅桑丹津《黃金史》，下同）對這位大汗的事蹟記載很簡略。佚名《黃史》說，瓦剌的首領也先因內訌死後，太鬆可汗的小哈屯薩睦爾太后擁立他即位，後被成吉思汗之弟哈赤溫後裔多豁郎臺吉（doγolangtayii）所弒殺。薩岡徹辰《蒙古源流》此段內容基本上來自佚名《黃史》，但說多豁郎臺吉為doloγantumed之人，即相當於漢籍的多羅土蠻（即七土默特）部人。此人即明代漢籍的瘸太子或瘸王子。
據《明實錄》載，馬兒古兒吉思可汗在位12年，即從明景泰六年到成化二年。據17世紀蒙古文史書，他是由哈剌嗔（qarain，清譯喀喇沁）部的孛來太師擁立的。據明代漢籍可知，孛來殺死瓦剌強酋阿剌知院之後自任太師，並擁立馬兒古兒吉思為可汗。他與另一位東蒙古的強臣別裡古臺後裔毛裡孩王相爭，把持馬兒古兒吉思可汗時期的朝政長達10年之久。他在明成化元年十一月為毛裡孩王所殺。5
兩《黃金史》所記馬兒古兒吉思可汗的在位年與《明實錄》的記載出入不大。6佚名《黃史》、薩岡徹辰《蒙古源流》所說他被多豁郎臺吉所殺與明代漢籍中所記他為孛來、瘸太子二人所害相符。
二、瓦剌異姓貴族的伊斯蘭化
17世紀蒙古文史書中記載的巴禿剌丞相，蒙古學界一般認為即明代漢籍中記載的馬哈木（此名系阿拉伯文muhamud或mahmud，回回穆斯林常用男性經名，意為“被讚頌的”），而阿速惕人阿魯臺太師（aruγtaitayii），即明代漢籍中記載的東蒙古強臣阿魯臺；阿臺可汗（ataiqaγan）即明代漢籍中記載的阿臺。蒙古文史書又說，巴禿剌丞相之子為巴黑木。烏蘭在其《〈蒙古源流〉研究》一書中指出，霍渥斯、和田清、伯希和等多數學者都認為巴黑木即馬哈木的同音異譯，而《蒙古源流》誤為馬哈木之子脫歡的原名。7
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