會議桌邊的富歇坐了下來，他對路易.查理的憤怒毫不擔心，他認為這不過是首席執政官在作秀罷了，這些軍人在義大利乾的比這更出格，當時路易.查理也只不過是在公文上訓斥了兩句而已。
發怒的路易.查理稍稍冷靜了一下，提議以督政府的名義釋出命令。以正式公文斥責義大利方面軍統帥波拿巴將軍，要求其立刻整頓軍隊紀律，並在義大利方面軍中推行憲兵制度。
在馬賽鬧事的騎兵師師長繆拉降職留任，下令駐守馬賽附近的達武將軍接管該騎兵師，對該師軍紀進行為期三個月的封閉整頓，對報告中違反軍紀計程車兵一律交給軍事裁判法庭進行處置。
一邊的卡爾諾對此有些猶豫，“這麼做是不是太嚴厲了，畢竟義大利方面軍還是戰功卓著的部隊。”
已經冷靜下來的路易.查理說道：“就算戰功再顯赫的軍隊，也不能凌駕於國民和地方之上。否則共和國將會被無法控制的軍隊拖入到毫無必要的戰爭中去。”
一邊的富歇始終保持著毫無表情的神色，誰也看不出他對這件事的看法，但是當晚他又開始悄悄的參加了塔裡安夫人舉辦的沙龍了。
接到督政府駁斥的文書後，義大利方面軍的軍官們惱怒異常。拿破崙同樣憤怒，但他還是理智的壓制住了下屬軍官們的情緒，遵照督政府的意見開始整頓方面軍的軍紀。
獲得和平後，在化肥產業的支援下，法國國內的農業開始飛速的發展。而工業方面，除了巴黎工業區、北部加萊海峽地區、阿爾薩斯-洛林、香檳-阿登地區等最早發展工業的地區獲得了長足的進步之外，法國南部、西部地區的工業發展卻進展緩慢。
這些地區保持著傳統的葡萄種植園經濟和傳統手工業，拒絕機器時代的到來。一些被機器工廠擠兌破產的手工業工人和小商戶，甚至還在里昂發起了搗毀機器的運動。
迫不得已之下，路易.查理不顧勞動黨內的反對，透過警察部隊對工人的自發運動進行了強行鎮壓。同時也拒絕了商業聯盟粗暴的在西部、南部地區發展工業的計劃，他減緩了商業聯盟對法國南部和西部的工業化建設，降低工業化生產對農業社會結構的破壞作用。
商業聯盟在反對無效後，把發展目標從阻礙重重的法國國內轉向了一片空白的北美殖民地。商業聯盟加快了對法屬路易斯安娜的建設。
除了新奧爾良外，商盟沿著密西西比河建立了孟菲斯、聖路易斯、芝加哥、聖保羅這四個據點，打通了五大湖流域和密西西比河流域之間的航道。
新奧爾良上游地區，一個規模宏大的鋼鐵基地開始成型，這個工業區的鐵礦和煤礦主要來自美國境內的伯明翰。1799年11月，第一爐鋼水開始出爐。12月，新奧爾良城第一艘用於內河航運的汽船開始運營。而新奧爾良造船廠的高速縱帆商船也開始了定型下水。
為了獲得更多的煤炭和鐵礦，督政府要求海地起義的領袖杜桑·盧維圖爾放棄海地共和國國號，遵從法國憲法，重新成為法國的海外殖民地。作為回報，督政府將不再追究起義者的罪行，並承認杜桑·盧維圖爾在海地執政的地位。這個要求被盧維圖爾拒絕了，兩院的議員們紛紛要求督政府出兵收復海地。
督政府表示接受，法國海軍開始策劃海地遠征計劃，而路易.查理要求商業聯盟收集海地的風土人情，和研製對抗熱帶病的治療方法。
1800年2月，東方貿易公司的船隊迴歸法國，不但帶來了大量的東方商品，還帶來了一批新的學員。這批新學員，都已經在商業聯盟在婆羅洲開辦的學校經過了2年多的學習，他們的年齡在14-17歲之間，人數有500名之多。
東方貿易公司派回的代表，還交給路易.查理一包被封存的東西，註明是杜羅瓦派人送到婆羅洲東方貿易公司駐地的，並要求東方貿易公司轉交給路易.查理。