1799年，平息了戰事的法國，開始按部就班的發展著自己的工業。大部分法國的流亡貴族在見到歐洲各國聯軍的連續失敗後，終於開始有人願意宣誓服從法國的新憲法，開始陸續回國接受現實。
當然這些人中並不包括路易.查理的兩位王叔，和追隨兩人的一些極端頑固派。與此同時，督政府第一次換屆選舉，以路易.查理為主的督政府執政官在兩院取得多數票數獲得留任。
但隨後的兩院議員的改選中，由於勞動黨在各地的精英和骨幹被大量抽調，去北美開拓法國殖民地。各地的初級議院充斥著保王黨分子和自由派分子，也因此導致新當選的兩院議員多為這兩派人士。保王黨和自由派議員的人數首次在兩院中壓倒了商業聯盟和勞動黨議員，他們在兩院中佔據了三分之二的席位。
看到這個狀況，博羅再次警告路易.查理，“殿下，我們應當解散兩院重新進行選舉。我們還應該修改現在的選舉方法，保證商業聯盟和勞動黨議員在兩院中佔據多數席位，否則督政府的施政方針將在兩院中遇到保王黨和自由派議員的對抗。”
“博羅先生，我已經注意到了兩院議員選舉中的不正常狀況。但是法國好不容易才恢復和平，我希望能再觀察一段時間。在保王黨和自由派分子什麼都沒做的情況下，我們貿然宣佈選舉作廢，修改遊戲規則，只會讓中間派議員也倒向他們，這對我們不利。
更何況他們在議會中做鬥爭，總好過讓他們在各地煽動民眾暴亂，法國的工業發展需要一個平穩的社會秩序。”路易.查理如此答覆博羅。
路易.查理並非對兩院改選的結果無動於衷。他連續幾天，詢問了密探頭子德·洛旺達爾和警察總監富歇對法國各地的情報後。發覺保王黨和自由派雖然佔據了議會多數席位，但似乎並無意和自己領導的督政府對抗的意願，路易.查理最終決定還是不解散兩院，他只是讓富歇嚴密的監控兩院的保王黨和自由派議員。
路易.查理認為如果自己無故解散兩院，將有可能同時激怒保王黨和自由派。而德·洛旺達爾和富歇的報告，也讓他覺得保王黨和自由派分子並未聯手。
路易.查理認為隨著法國工商業的蓬勃發展，勞動黨和商業聯盟的勢力在法國各地的擴大，保王黨和自由派分子將逐漸為法國人民所拋棄。
不過為了以防萬一，路易.查理還是對巴黎地區的軍隊和警察力量重新梳理了一遍，保證了督政府對這些武裝力量的絕對控制。
戰爭的結束和工業快速發展所缺少的資金，讓路易.查理認為，法國目前龐大的陸軍已經毫無必要，而且這些軍隊之間戰鬥力也參差不齊，已經妨礙了法國陸軍的戰鬥力了。
為了減少軍費，加強軍隊的戰鬥力，督政府開始進行大規模的裁軍行動。在萊茵地區駐紮的法軍，除了新勘探出來的魯爾煤礦區所在地，其餘地區的法軍開始撤回萊茵河左岸法國境內。而法軍撤出的地區防禦，都交給了新成立的，萊茵地區各小公國組成的聯盟軍防守。
北萊茵-威斯特法倫的大半地區在法軍的直接控制下，這一區域被開闢為魯爾自由區。魯爾自由區和阿爾薩斯-洛林工業區之間的道路建設和河道修整獲得了商業聯盟極大的投入，兩者之間的經濟聯絡開始緊密起來了。
而對被法國征服的義大利地區，督政府也開始陸續收縮兵力，除了防守義大利地區幾個交通樞紐城市之外，法軍把其餘地區還給了各義大利共和國自己防禦，而義大利方面軍派遣法國軍官擔任這些共和國軍隊的軍事顧問。
但是義大利方面軍的將士似乎並沒有從佔領軍的身份解脫出來，部分撤回馬賽的義大利方面軍士兵驕橫不法。
在盧森堡宮的一間會議室內，督政府的幾位執政官正在聽取，警察總監富歇朗讀的馬賽警察局長的報告：“昨天，40名左右的重騎兵在康提尼花園製造了混亂，並且調戲婦女……前天，第四騎兵團二營上士博斯東、第三十二騎兵團上士克雷芒和上士布律納，持械進入酒商雷東多先生在朗日大街的商店，用馬刀威脅店主和前來制止他們的警衛。
警察抓住了其中的一名搗亂分子，並將其押到了朗日的兵營。但那裡既沒有軍官，也沒有指揮官，人們拒絕協助警察抓捕另兩人。過了一會兒，逃脫的兩人全副武裝地回來，解救了他們的同夥，還將一名警察扣了下來.”
路易.查理被義大利方面軍士兵的行為激怒了，他拍著桌子制止了富歇的彙報：“太不像話了，他們以為這還是在義大利嗎.”
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