10月15日，路易.查理封鎖那不勒斯港，第三近衛師在那不勒斯附近登陸。近衛師登陸後並未直接進攻那不勒斯城，只是安排小部隊監視那不勒斯城內的軍隊，而近衛師主力部隊對周圍地區進行了掃蕩。
第三近衛師掃蕩過的義大利鄉村地區，在法國人的命令下開始推行土地法令，廢除了義大利領主的各種封建義務和稅收。近衛師的行動，立刻獲得了義大利農民的支援，法軍在義大利南部鄉村地區不再被敵視。
不到半個月，那不勒斯共和國除了那不勒斯城和幾個城市之外，都宣佈重新服從法國人的統治。
蘇沃洛夫率領的聯軍中的那不勒斯軍隊，在那不勒斯共和國的命令下終於脫離了聯軍，他們企圖返回救援那不勒斯共和國。這支軍隊在離那不勒斯城外一日路程的地區，遭到了第三近衛師和服從於法國的當地農民自衛隊伏擊，全軍覆滅。第二天得知這一訊息的那不勒斯城守軍向路易.查理投降了。
在那不勒斯城為路易.查理舉辦的入城儀式上，他宣佈赦免那不勒斯共和國對抗法國的罪行，對其餘主動歸附的義大利南部地區不再強制推行土地法令，和廢除封建義務。
但是不勒斯共和國已經實行土地法令的地區，不勒斯共和國不得廢除新法，而那些支援反法聯軍的反叛分子的財產必須沒收，以補償法軍出征的費用。
失去了那不勒斯共和國支援的俄軍，如路易.查理所料，開始劫掠當地居民的物資補充軍用。這使得俄軍迅速的失去了中部義大利人的支援，當中部義大利人倒向法國人後，拿破崙率領的義大利方面軍連續擊敗了蘇沃洛夫的俄軍，迫使這位俄國名將退到了路易.查理放棄的安科納要塞內。12月初，近2萬俄軍被法國陸海軍圍困在安科納要塞內。
俄國沙皇保羅一世，得知英國和法國簽訂和約後。憤怒之下沙皇召集了英國特使臭罵了一通，但這已經於事無補，隨後連續傳來俄國義大利遠征軍的噩耗，讓俄國宮廷一時失語。
12月中，在路易.查理的堅持下，督政府向俄國派出特使，向沙皇提出體面和平的建議。在聖彼得堡，經過10天的密談，法俄和平條約簽署了。俄國承認法國對義大利及地中海的勢力範圍，而法國承認俄國對波蘭和黑海的勢力範圍。
1799年1月，蘇沃洛夫和烏沙科夫率領遠征義大利殘存的俄軍從海上返回俄國，路易.查理大方的歸還了幾艘尚未損壞的俄國軍艦，當然這也主要在於俄國的軍艦設計太過落後的緣故。
1799年2月，路易.查理率領第一分艦隊和第三近衛師從義大利南部返回馬賽港。2月15日，路易.查理和拿破崙一起抵達巴黎，他們各帶領一小隻軍隊從巴黎城門進入，接受了督政府為法軍勝利舉辦的凱旋式。
看著巴黎街道上夾道歡呼的民眾，和身後雄壯的騎兵部隊，拿破崙對和自己並列騎馬前行的路易.查理說道：“親愛的朋友，你不覺得，這一刻實在是太美妙了嗎？”
“當然，法國人民的喜悅之情，的確讓人陶醉。”路易.查理看著這個場景，也有些飄飄然起來。
“執政官閣下，既然我們有如此強大的軍隊，為什麼不試著去征服東方世界呢？我始終認為，取得通往東方印度的門戶埃及，是建立我們偉大事業的開始。”
“不，親愛的波拿巴將軍，我們的軍隊還不夠強大，法蘭西還需要時間。”路易.查理的頭腦有些冷靜下來了。
“親愛的朋友，我覺得你太過於保守了。服從我們的命令，無懼死亡，擊敗我們指認的敵人，敬畏我們超過敬畏上帝。這樣的法國軍隊難道還不夠強大嗎？”拿破崙轉頭注視著路易.查理的眼睛。
路易.查理繼續對著巴黎市民揮手致意，然後漫不經心的說道：“是的，這樣的法國軍隊還不夠強大。什麼時候，當法國軍隊敬畏法蘭西人民超過敬畏我們時，那個時候的法國軍隊才可稱為強大。”
“哈哈，我的朋友，你可真愛說笑。”拿破崙終於無奈的再次放棄了，試圖說服路易.查理接受他征服埃及的計劃。
反法同盟的瓦解，讓法國人民非常興奮，以為從此可以享受和平的樂趣了。在西哀耶斯的鼓動下，兩院透過了給於戰爭中傑出表現者以元帥頭銜的議案。
路易.查理在議案上劃去了自己的名字，並聯合卡爾諾提出了限制元帥權力的議案。
1799年獲得法國元帥頭銜的將軍為，海軍元帥布呂埃斯，陸軍元帥為拿破崙、貝爾蒂埃、莫羅、蒙日、儒爾當。
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