然而朱由檢話都說到這份上了，畢自嚴卻還是執意不走，跪奏曰：“啟稟陛下光宗皇帝體素弱，即位之時已病深，又日幸數人，方首輔準李可灼進藥，實乃御醫已無計可施，不得已而為之，並非某些小人所言的蓄意弒君。
至於先帝，亦是太醫失治，並非鬼蜮伎倆。
臣伏祈陛下萬勿輕信坊間流言，因而對臣子心生懷疑，以至於君臣之間互生猜忌。”
朱由檢略帶嘲諷地說道：“這不是坊間傳言吧，百官不是上疏指責魏忠賢弒君麼？可是我皇兄臨死之前囑咐我應當‘善視中宮，及善事中貴’，說魏忠賢可用啊！”
“陛下明鑑！此等言語不過是心胸狹隘之徒為黨爭而捏造的攻訐之辭。
再者說，縱陛下心有顧慮，如今業已手握大軍：白杆衛隔絕內外，宿衛宮中，足可保陛下無虞。且在外各省總督、各鎮總兵，皆忠於大明、忠於陛下。
陛下即位乃天命所歸、正統所在，又兼掌軍權，名實皆在握，何須如此謹小慎微？
國家正值多事之秋，外有強虜環伺，內有匪患未靖。
滿朝文武缺員甚巨，六部諸司多有廢弛，竟至不能循常理事。
可憐天下黔首，陷水火之中，朝不保夕，生不如死。陛下乃天下臣民之君父，豈忍見百姓遭此塗炭？臣懇請陛下振作精神，率我大明臣子，共圖中興大業！“
朱由檢不是第一次聽到臣子勸說他要勤勉奮發做一個好聖君了，但大部分時候他都是當做耳邊風，沒有帶聽一下的，勸諫的奏疏也被他當廢紙丟地上。但是現在他卻有些動搖了。
難道真的只是他虛空打靶，給自己樹立了一個不存在的敵人嗎？！這幾個月雖然跟朝臣各種拉扯，動不動就吵架，但他確實平安度過了，並沒有遭受刺殺，又或者是他已經把危險消滅於未然了。
他不願意將所有的事情用陰謀論來解釋，但是父親和哥哥的死確實讓他感到害怕。
朱由嘆了口氣說道:“朕且信你所言，然滿朝皆反對你的計策，你欲如何推這變法，難不成要朕將反對者盡皆杖斃不成？便算明面無人抗旨，若都消極怠工又當如何？
更兼若有人藉機加倍行事，如宋時青苗法般，逼百姓借貸致家破人亡，又該怎生收場？”
“陛下可借官吏遷謫之權柄推動革新。
目今朝堂官缺甚廣，正可將那銳意革新、力挺變法者擢拔至要職，將那阻撓變法、暗中使壞者貶黜外放。
至於變法之初，必有群僚阻撓，此乃常理。昔年先秦秦孝公變法，宗室貴胄盡皆反對，然孝公強行推行，終使秦國強盛，一統六合。
陛下當效孝公之果斷，以雷霆手段壓下浮議，方能讓新政落地生根。”
“畢自嚴啊，你若欲效那商鞅行事，須當知曉，商鞅的下場可不怎麼好哇！”朱由檢搖了搖頭說道。
畢自嚴說道：“微臣非商鞅之流，斷不會知法犯法、作繭自縛。今陛下正當盛年，龍體康健，而微臣已鬢染霜雪、垂垂老矣。況陛下素來仁厚寬慈，微臣實無驚懼之心。望陛下明察。”
朱由檢沉聲問道：“朕如何知你這變法可有成效、能否成氣候？”
“微臣亦難斷言變法必成，然若不成，便當及時更張調整。只需多番嘗試，終能尋得正途。”
“你道要革除宗藩祿米，卻不慮天下或再興靖難之變？那沒了祿米的宗室子弟，又該如何營生？”朱由檢再問道。
“陛下有所不知，似那藩王等大宗親貴，自恃田產眾多，生計原無虞。然小宗宗室，縱不革除祿米，本就艱難度日。更兼大宗常截留祿米，致小宗不得分潤，甚者需典賣家產、行乞討食，或因貧不能婚喪嫁娶。
其困苦之由，蓋因朝廷禁其‘預四民之業’也。陛下何不賜其田畝銀錢，許其自力營生？
總而論之，朝廷予宗室更大自主之權，可省卻供養之巨費，地方賦稅亦不必因宗藩之需而截留，國庫自能豐實。”
“陛下與朝廷當詳諭宗室情由，曉之以理，勸其允從。若有藩王因此生亂，便依法治之，當剿則剿，斷不可姑息。陛下須立威於天下，不可獨恃仁慈。仁慈雖能博愛戴，卻難令臣民盡服。為君之道，當雜王霸之術，恩威並施，方得萬姓歸心。”
“那你所言的考成法，怕也是要招致滿朝文武反對的吧？”
“反對者各有因由，自可分化。或有畏考成法嚴苛者，吾等可稍減考核之難，設更合理之內容與要求。
考成法非僅罰不稱職者，亦當賞銳意進取之官。故雖遭懶惰貪腐之吏反對，卻必獲一批有為之臣響應。
今日廷議，臣之奏疏得十一票支援，多出自科道言官與給事中。
那日站隊，除支援、反對者外，更有大批官員作觀望狀，其所待者，乃陛下之旨意也。
今歲科舉大比，諸進士皆為天子門生，陛下尚可廣增恩科。此等新入朝之官，均可為變法臂助。
陛下若破格擢拔年輕之吏，代彼老朽之員，必使朝堂氣象一新。”
朱由檢與畢自嚴一問一答，一直聊到了深夜，裝扮成小太監的孫世綰負責抄錄兩人的對話。
畢自嚴識破孫世綰女子的身份，但他卻只是皺了皺眉，一句勸諫的話都沒有說。
由於阻力太大，他們還是決定不取消有功名之人田賦的恩免，依舊允許他們擁有定額的免賦稅特權，但是這之外透過各種手段非法侵佔的田地逃避的賦稅卻還是要追繳的。
經歷了一波三折，變法終究還是正式開始了。
朱由檢擬定了兩份詔書：《財政革新詔》和《簡任重臣敕諭》。
詔書描述了朝廷現在面臨的財用困境，宣佈大明要進行財政改革。任命畢自嚴為內閣首輔，兼領戶部尚書，加太傅銜，總領革新事務，曉諭六部及諸司配合。這封詔令沒有經過內閣，沒有經過六科給事中，只有“受命於天，既壽永昌”皇帝印。
第二天上朝的時候，朱由檢讓王承恩在朝堂上當廷宣讀了詔書，同時將詔書放大，復刻多張以皇榜的形式張貼在京師九門之上。
在朝堂上掀起軒然大波之後，朱由檢不顧朝堂議論紛紛，直接開溜，讓畢自嚴主持接下來的朝會。更準確的說是讓他給群臣百官一個解釋。