送走哥哥以後，朱由檢就搬到乾清宮住下了。明代皇帝多獨居，有需要再找妃子過來侍寢，或者跑去妃子的宮殿。
朱由檢在正殿後面的東暖閣請朱燮元吃飯，吃完飯以後，喊他一起來到了乾清宮東南側處理政務的懋勤殿。雖然還沒有正式上任，朱由檢還是要壓榨老同志的勞動力，先用著先。
他把如今最棘手的福建喪師和滿蒙大戰的相關奏摺拿給朱燮元看，並詢問他的意見。
朱燮元看著福建方面的奏報，眉毛都擰了起來。他是浙江人，從小聽著抗倭名將俞大猷的事蹟長大的啊！俞諮皋雖然比不上俞大遒，但早些年也是以善戰聞名的。從戰報上看，這廝分明是輕敵了！一萬多人的大軍最後損失大半，雖然很難堪，但當年西南的情況可比這個嚴峻得多。這對於朱燮元來說不過是小場面而已，他倒也不至於太過吃驚，畢竟大明衛所糜爛，他是深有體會的。帶著一萬衛所兵去圍剿這種巨寇，打成這樣並不讓人意外。
“陛下，不知您打算如何處置此事？是傾向於剿滅，還是招安呢？”朱燮元問道。
“還能剿滅？！”朱由檢有些意外。
“海寇嘯聚於此，看似勢大，實則不過烏合之眾耳！此輩唯能趁風順之勢為亂，卻不堪攻堅。彼等因利而聚，有利可圖時或可暫作聯手，然一遇挫折，必作鳥獸散矣。
且聞東南海域寇黨紛紜，鄭芝龍不過其中之一夥耳。陛下但使分化瓦解，以寇治寇之策，何愁鄭芝龍不授首？望陛下勿為賊勢虛張所惑，此輩實不足懼也！”朱燮元自信地說道。
“這就是大佬嗎？說話果然有幾分霸氣。”朱由檢心想。他差點一激動就給朱燮元封個東南五省總督，讓他去剿滅鄭芝龍了。
“故卿以為朝廷當遣兵剿除鄭芝龍嗎？”朱由檢詢問道。
朱燮元搖了搖頭，說道：“臣愚以為，朝廷仍當招撫鄭芝龍，然可撫而不可縱，此刻非招安之時也，若倉促許之，恐其恃寵而驕，向朝廷索求無度。
莫若先整軍備，與之一戰，待挫其鋒芒、滅其傲氣，再遣人招安，方得實效。屆時彼必感恩懷德，不敢再生異心。”
“卿既言可剿鄭芝龍，緣何又言當招安？”朱由檢問道。
“臣雖有必勝之信心可剿除鄭芝龍，然此役恐需十載之功。
我大明水師積弊已久，戰船腐朽破敗，兵員疲憊衰弱，若欲擊敗鄭芝龍，至少需有一支強軍方可。
唯如此，方有資格合縱連橫，號令那些海寇為我等效力。不然，便如俞諮皋那般，與紅毛番鬼談妥合作，卻反遭出賣。
擊敗鄭芝龍或許並非難事，然打敗之後，他必會逃竄流至倭國、琉球、東番等地，仍需水軍持續圍追堵截。
而訓練精兵、建造船隻，皆需銀錢。如今大明財用匱乏，應對九邊尚且不足，又哪來的錢財去管東南這些海寇呢？
再者，海洋尚存一日，倭寇便無窮無盡，此乃困擾我大明數百年之難題。即便剿除鄭芝龍，亦會有其他倭寇冒頭。倒不如降旨招安鄭芝龍，利用他來制衡這些海寇。”朱燮元摸著自己的鬍子說道。
“然則誰能勝此一陣？福建巡撫朱欽相所想或與卿相近，其久欲招撫鄭芝龍，奈彼胃口甚大。朱欽相故望俞諮皋能敗之，可惜事與願違。朕去歲已明諭俞諮皋避戰，勿與鄭芝龍纏鬥，彼卻終未能按捺，朕猜度其間或有朱欽相激將之由也。”朱由檢嘆了口氣說道。