第二天早朝，朝堂眾臣又欣賞到了一出閹黨內鬥的好戲。
原本閹黨五虎之首的兵部尚書崔呈秀，被其他閹黨成員彈劾。東林黨、齊楚浙黨以及新政黨的成員，雖然搞不懂魏忠賢為什麼要動自己的頭號馬仔，但也紛紛跟上痛打落水狗。
一時之間，失去魏忠賢和皇帝庇護的崔呈秀，竟成了孤魂野鬼，沒有一個人幫他說話。
朱燮元站在群臣之中，默默地看著這一幕，暗暗心驚於皇帝對朝堂的掌控力。不過他這就有點高估朱由檢了，其實崔呈秀這種情況不過是特例罷了。他實在是太不得人心了，根基淺薄、德不配位就是如此。當初張鶴鳴被人彈劾，可是有不少人站出來力保呢！崔呈秀被群臣彈劾，拼湊出了五大罪狀：
其一，貪贓受賄，敗壞吏治。
崔呈秀巡按淮揚時，肆意索賄。霍丘知縣鄭延祚貪汙事發，呈秀先索千金而免其罪，復受千金而薦其升遷。此等行徑，實乃公然賣官鬻爵，敗壞朝廷綱紀。
其二，依附閹黨，禍亂朝綱。
呈秀因貪汙被劾，連夜投奔魏忠賢，涕泣乞為養子，獻《同志錄》《天鑑錄》以構陷忠良，魏忠賢連帶躺槍。
其三，濫用職權，任人唯親。
其子崔鐸無能文墨，順天府鄉試中透過賄賂主考官孫之獬、考場舞弊中舉；其弟崔凝秀任浙江總兵，婿張元芳擢吏部主事，妾弟蕭惟中授密雲參將，全都是德不配位之輩。
所謂“一人得道，雞犬升天”，這下崔呈秀跌落神壇，牽連出了一大窩。不過只是一個兵部尚書而已，居然能夠安排一大堆高階官員，朱由檢暗自心驚。就算他知道裙帶關係幾千年來都沒辦法避免，但還是被此事的嚴重程度給嚇到了。要知道，大明是科舉制度啊！都說科舉是促進社會階級流動、增進社會公平的偉大創舉，怎麼到了今天卻變成這個樣子了？科舉舞弊從來都是王朝大案要案，可是大家反倒是變得習以為常了，這跟九品中正制度下的世家門閥有什麼區別？科舉可以說就是封建國家的生命線，當科舉失效，這個國家也快要完了。朱由檢感到脊背發涼，於是命令刑部、禮部和都察院聯合查辦此案。這就是要大辦特辦了，再也沒辦法大事化小、小事化了，崔呈秀死定了。
剩下的“奪情視事，不忠不孝，母喪不歸，悖逆人倫”“冒領寧錦戰功，加官進爵，欺君罔上”，這些都不重要了。
崔呈秀被當廷鎖拿，押往天牢，他的那些個親戚也走脫不了。
眾臣批鬥一時爽，但真看到崔呈秀下獄，又不免有些兔死狐悲、心有慼慼了。
但偏偏皇帝的命令程式上無比正確，科場舞弊這種東西，哪怕是人盡皆知，但終究是不能夠拿到檯面上說的。只要搬上了朝廷、查實了證據，就算再大的官也罩不住，就算皇帝本人都沒辦法赦免參與舞弊的人，因為科舉舞弊傷害的是整個士人階級的利益。
而今年正好是科舉年，幾天後就是崇禎朝的第一場會試：二月初九，考《四書》釋義、經義；二月十二，考論、詔誥表等；二月十五，考經史時務策論。
預計將會有三百五十人透過考試，獲得貢士身份，選出最佳者為會元。如果有人可以鄉試、會試、殿試都拿到第一，那就是連中三元，會被譽為文壇盛事。
崔呈秀被罷黜，朱由檢宣佈朱燮元接替他的兵部尚書位置。朱燮元本來就有兵部尚書銜，資歷是夠夠的，但他當官幾十年基本都是在地方任職，很少待在朝堂上，大家對他並不熟悉。
直接說人家不夠資格不好意思，所以很多大臣以“朱燮元剛剛復任五省總督不久，西南情況不穩定，還需要他繼續鎮守”為理由，勸說皇帝另選他人。其中兵部的左右侍郎的反應最是強烈，好不容易熬走了崔呈秀這個噁心東西，他們也想進步。