就在五軍都督府和兵部忙著調動軍隊、運轉糧草的時候，朱存梧也在準備進行大明下一步的變法。
隨著新的內閣制度確立，朱存梧對於官場機制上的改革，目前已經進行得差不多了，
首先，中央朝廷方面，上至內閣、九部、都察院，下至五寺、翰林院、太學，都被朱存梧挨個梳理了一遍，重新規劃了各個部門的職責。
一些無用重疊的部門，要麼被兼併或者裁撤，要麼重新賦予了新的職權。
如此一來，朝廷運轉的效率極大提升，最大限度地防止了各部門之間的推諉扯皮。
還有太學的設立和科舉的改制，讓涉及儒家的考試內容，被壓縮到了秀才這一級別，只要考過了秀才，就可以拋棄四書五經和八股文了。
故而近幾年其他百家之學已經開始抬頭，想來再有個十來年，就可以形成百家爭鳴的景象，為大明朝提供源源不斷的人才。
不過，這一切的背後，是陳士奇替皇帝承擔了一切的罵名，他如今在仕林中的名聲，比當年的嚴嵩父子還要不堪。
……
其次，軍隊方面，除了將五軍都督府職權重新劃分，重新樹立了五軍都督府權威之外，
朱存梧又徹底廢除了軍戶制度，清查軍田，改衛所為郡縣，採取募兵制，各縣兵曹撰按照兵部指令募兵，於各省新兵大營統一訓練合格之後，才會分配到各個部隊。
這樣一來，不但解決了軍隊戰鬥力疲弱的問題，還徹底杜絕了將領們拿朝廷資源培養私兵家丁的挖牆腳現象。
……
最後，也是最重要的一點，朱存梧透過對地方官制方面進行改革，提高了朝廷對地方的控制了，再度加強了中央集權，可以支撐起朱存梧對其他領域的變法了。
這幾年，朱存梧不斷對地方行省、府郡、州縣三級的官制結構完善改良，簡單來說就是增加官位，明確職權，例如，
在行省一級。
巡撫制度被徹底落實，巡撫為正二品一省之長；以從二品布政使、正三品按察使和都指揮使佐之；
三司之下，設有正四品九曹政，上承朝廷九部，下接各府郡九曹令，同時還要受到巡撫管轄和三司使管轄。
此外，五京府已經被提升到與行省同一級（相當於後世直轄市），府尹同為正二品，同樣設定有三司使和九曹政。
府郡一級。
各省省城、以及例如蘇州這般賦稅收入多的府郡，才可以命名為府（副省級城市），餘者皆為郡（普通地級市）。
一府長官為正四品知府，以從四品長史、通判、守備等三署佐之；
府三署衙門之下設正五品九曹令，九曹令上承行省九曹政，下接州縣九曹撰，中間接受知府和三署管轄。
一郡長官為正五品知守，佐官三署為從五品，九曹令為正六品。
州縣一級。
撤銷了原來的直隸州，散州和上縣命名為州（類似縣級市），主官為正六品知州，以從六品州丞、典史、巡檢三班佐之；
三班之下，設正七品九曹撰，九曹撰聽侯知州和三班管轄的同時，還要受到府郡九曹令的調遣。
一縣主官為正七品知縣，以七品縣丞、典史、巡檢等三班為佐官，同樣配有正八品的九曹撰。
而在州縣之下，又設定了鄉一級行政機構，每鄉設立正九品的鄉三老，分別為鄉長、鄉老、鄉警。
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