鹽務的治理還需要不少的功夫，儘管鹽業公司建立起來了，但沒有兩年時間是做不好的。
因此，左念微本人也身陷政務，在揚州停滯了近一年之久。
鹽政是東南金融財政的一個縮影，整個東南都在建立一個完整的現代國家治理體系。
稅收能力的增加，本國工商業的發展和外國資本的引入讓東南巡閱府的財政收入猛漲。
1896年，東南巡閱府財政收入達到一億兩千萬元，合計一千七百多萬英鎊。
但是，支出也在飛漲，陸海軍的整軍擴軍計劃都在進行，每年38%的財政收入投入軍隊。
而在這其中，海軍建設又是最耗錢的那一個。
經過十多年辦理海軍的經驗，海軍司的諸位官員也已經是專業的人員了，所做的方案也要務實的多。
海軍司和參謀部對海軍基地、港口、工廠、學校等方面進行了密切的計劃，按照左念微的指示，為“百年海軍的地基打下第一根鋼筋”。
在這一系列的建設中，海軍艦隊劃分和命名等事情都被提上了正規，東南巡洋海軍正式劃分三大艦隊——北洋艦隊、東洋艦隊和南洋艦隊，分別承擔黃海、東海和南海地區的防務，並統轄駐朝、駐日、駐琉、駐越分艦隊。
北洋艦隊的旗艦為橫海號頭等近海防禦鐵甲艦，東洋艦隊的旗艦為鎮海號裝甲巡洋艦，南洋艦隊的旗艦為鴨綠江號防護巡洋艦。
鴨綠江號防護巡洋艦就是甲午戰後，日本賠付於東南的兩艘巡洋艦中的一艘埃德加級一等巡洋艦，排水量7350噸，標準航速18節。
而日本賠付的另一艘戰艦，吉野級二號艦高砂號，被命名為“濁水溪”號，也同樣在南洋艦隊中服役。
海軍的命名規則也開始按照合理的劃分進行了整改，制訂了《海軍艦艇命名規則》，按照規定，戰艦按照用途、噸位、艦種等劃分為戰列艦、一等巡洋艦（裝甲巡洋艦）、二等巡洋艦（防護巡洋艦）、雷擊艦、驅逐艦、練習艦、海防艦等。
按照規定，戰列艦以“具有宏大光輝且與海軍、海防建設具有關聯意義的事物名、地名”命名。
一等巡洋艦以“國內名山”命名；二等巡洋艦以“國內江河大川”命名；雷擊艦、驅逐艦以“府州縣”命名；魚雷艇以“八卦加天干數字編號”命名。
而港口、造船廠建設等方面也有來自英國的大力支援。
1896年11月，江南造船廠下屬的崇明第二船塢的籌劃開始，並預計將在1899年至1900年之間開工，這裡將會建造一座遠東最大的船塢——28000噸級，用以應對未來可能出現的主力戰列艦。
如果這座船塢完工，東南巡閱府就將擁有五座萬噸船塢，以及其中的六座120m以上的船臺。
分別是已經完成改造的江南浦江第一船塢、正在擴建的東北旅順第一船塢、長崎立神第一船塢以及正在建造的江南崇明第二船塢和長崎第二船塢。
前兩座暫時只能擴建到1.3萬噸左右，而後三座都能承擔對1.5萬噸的當時代頂級戰列艦的維修工作和未來的建造工作。
不同於本國，日本的港口條件實在是優良，而長崎第二船塢是東南佔領前就開始修建的，東南將其視作軍事資源收歸國有，並繼續建造，預計明年可以完工，除此之外，整個三菱長崎造船廠均被收購，在東南巡閱府重工業司的主導下，重組為中華長崎造船廠。
但受限於造艦人員、經驗和經費，造船廠並不能馬力全開建造大型戰艦，目前依然只有江南造船廠能夠開工主力戰艦。
擁有強大造艦潛力的東南造船業也在不斷髮掘自己的潛力，開始嘗試仿製和設計建造優秀的國產戰艦。
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