但好在清廷也沒有了甲午和庚子賠款，手中還稍微有點盈餘，加加稅，苦一苦百姓也成功建起了一支新軍。
但這支新軍也是命運多舛，其編制一直到1896年末才正式敲定，且原計劃由直隸總督裕祿統轄訓練等事宜，但中間幾經變化，最終這一職權居然奇蹟般地又落到了袁世凱手中，讓人不得不感慨萬千。
人事鬥爭的結局就是清廷的新軍成功被劃分成兩列，第一列為武衛軍，由鐵良統帥，下轄四鎮；第二列為北洋軍，由聶士成統帥，下轄兩鎮，六鎮共計7.2萬人。
在編制上，袁世凱等人決定直接照搬東南陸軍在甲午戰爭前的編制，但在稱呼上，為了有別於“東南逆黨”，光緒皇帝欽定了“鎮、協、標、營、隊、哨、棚”的稱呼。
相比於富裕的東南，清廷現在的日子可是過的苦哈哈，關稅基本丟了，只剩下天津、山東和兩廣；農稅倒是還好，湖廣和四川還在；厘金也斷了大半，鹽稅只剩下川鹽了，全國總共加起來也就四千多萬元，加上東南歲獻和鐵路收入等，刨除各項國家和地方開銷，軍費勉強也就只能支撐起這一支軍隊。
所以清廷新軍的裝備上要弱的多，重武器上，一鎮只有機槍16挺，75口徑大炮32門，迫擊炮各軍不盡相同。但即便如此，六鎮的裝備費用還是花去了九百七十萬元，除了裝備，六鎮每年的各種費用高達一千萬元，讓清廷壓力山大。
而直隸水師就更慘了，按照裕祿最初的設想，是想要向外訂購一系列軍艦，以圖自保。為此，裕祿向光緒皇帝上書，請求派人出洋考察各國軍艦。同時，裕祿又特別舉薦了北洋故舊姚錫光，開始謀劃直隸水師的建設。
在1896年夏天，姚錫光向光緒皇帝上書，謂之《擬就現有兵輪暫編直隸經制艦隊說帖》，後又與劉步蟾、林泰曾等前北洋水師艦長們商討，定下了《暫擬行海軍章程》，開始就直隸現有艦船編練成軍。
編制是恢復了，但經費又成了問題，在直隸水師建立時，曾獲得了一筆近百萬兩的經費，但這筆錢就連支付北洋各艦修復費用和向船政訂購的四艘戰艦的尾款都不夠，自然就更別說繼續擴張了。
等好不容易還完尾款之後，直隸水師就再也沒有收到過一分錢的購艦經費，就連日常的維護和訓練費用都需要裕祿和丁汝昌等人四處奔波，東平西湊才不至於讓軍艦爛在港裡。
總的來說，東南並不擔心清廷的新軍，真正讓東南巡閱府感到不滿的是清廷與沙俄簽訂了一系列條約，出賣了清佔區的路權和許多礦產。
1897年6月，清廷在俄國公使的慫恿下，派出使者前往聖彼得堡，簽訂了《清俄友好協議》，將西域、甘陝等地的路權和一些礦產出賣給沙俄。
對於清廷偷偷摸摸乾的事情，東南巡閱府立即做出了反應，強令清廷下旨，將湖廣、兩廣、河南等地的路權交給東南巡閱府處理，同時宣佈不承認《清俄友好協議》。
對於東南巡閱府的作為，清廷中央自然表示了震怒，但也僅僅是怒了一下，然後不情不願的給了東南巡閱府雲貴川三省的路權。
意思很明確了：你要是能拿到，那就去唄，反正我不管了。
同時，清廷還將北洋軍和武衛軍調到山東邊界，防止東南直接出兵，而此時正好是日本事件發生，法俄等國軍隊陳兵南北，盯著東南，導致東南的精力被牽扯住，只能放棄原訴求，與清廷各退一步，改為將西域、甘陝等地的駐軍交給東南，並將每年五百萬元的供奉改為西北駐軍經費，同時允許東南在湖廣和四川開礦築路。
對於東南的這個要求，清廷不情不願的應允了，對於清廷來說，湖廣路權本來是準備委託給英國的，但被東南壓了下來，現在給東南就給東南吧，反正我大清能夠“量中華之物力，結與國之歡心”，現在讓點給東南又怎麼了？
現在清廷內部也是亂的一團糟，帝黨裂成六七派，以翁同龢為首的清流洋務派，以載灃為首的宗室少狀派，以康有為為首的清流維新派，還有地方宗室大員，地方清流大員等等，就連北洋也散成三個流派，地方派、新軍派、舊軍派。
最要命的是，慈禧太后在1896年暴斃身亡，而光緒皇帝的身體也不好，不知為何，近來精力衰減極為嚴重，能不能活過這個冬天都不好說，各種打擊下，清廷上下人心不穩。
而東南也趁此機會，繼續向兩廣、西南和北方派遣情報人員，同時明目張膽的將軍隊化裝成築路隊，開進湖廣。
雖然說東南退了一步，但卻沒退兵，而是繼續陳兵邊境，九江、天津、滄州、旅順四地的東南陸軍數量已經達到了十萬之多。