凌雲翼不是要全面反對王崇古，他是要清除積弊，讓官廠更好的發展，這份奏疏很長很長，在奏疏的開篇，凌雲翼肯定了王崇古的貢獻。
萬曆初元，國勢凋敝，天下有危亡之象，文成公仰承聖謨，荷剪河山，興百工以實倉廩，創官廠而利民生，櫛風沐雨，十有又六載，肇基新政大業，廠舍鱗次，學堂弦誦，藥局施仁，水廠惠民，皆聖君洪福所庇，亦文成公夙夜匪懈之功也。
仁厚為懷，視匠如親的人情管理方式，更是‘篳路初創，維繫人心之良方，襤褸啟業，興工利民之砥柱。’
而凌雲翼認為，出現問題的原因也很簡單：法久則弊生，情濫則綱弛，昔日凝聚啟業之良藥，今日宿弊沉痾之根由，人情過熾則流弊滋蔓，仁厚過重則綱紀疏馳。
官廠的問題主要為三弊：
冗員如附骨，虛耗公帑，坐蠧蝕柱，虛糜國財之弊一；
法例成具文，綱紀蕩然，威令不行，法例空懸之弊二；奸猾總得計，勤懇蒙塵，是非顛倒，唯利是圖之弊三。
這官廠三弊，最終造成了‘越老實越吃虧，不佔公家便宜就是虧’的共識，這種共識蔓延下去，並且不加改正，必然導致：匠眾離心，利權旁落，朝廷之臂指漸失，鉅萬之公帑虛擲；仍以溫情脈脈之舊規，馭星火燎原之新局，猶抱薪救火，養癰成患。
而面對這三弊，凌雲翼和周良寅提出了三破三立：破人情，立規章；破食利，立精效；破朋黨，立公體；三破三立的具體做法為：嚴考成，汰冗濫；明賞罰，肅綱紀；核成本，杜奢靡；興學堂，傳技藝；調吏員，避親眷；反貪腐，絕貪瀆。
三破三立洋洋灑灑數千言，對每一條進行了詳細的陳述，符合皇帝要求的‘現象、問題、原因、方案、複核’的信實分析法，並且給出了具體的‘何時、何地、何因、何事、何人、何做’的六何法。
什麼時候、什麼地方，因為什麼、具體哪件事、由誰去做、會怎麼做，這六何是考成法後，群臣上疏談到具體某件事要怎麼改進時，必須要具備的六個元素。
如果連這六個基本元素都不具備，那這篇奏疏，就是缺乏恭順之心，糊弄陛下。
這考科舉，要寫八股文，這考完了科舉，都成了官選官的統治階級，還要寫官八股！張居正簡直是壞事做盡！
但張居正也無可奈何，只能走這種形式主義，因為他在官場這麼多年，他知道好多官員上的奏疏，他們自己都沒看過。
這非常普遍，奏疏是筆桿子寫的，斧正校對是師爺做的，這當官的，連看都不用看。
主官不看，筆桿子和師爺就開始敷衍了事，在萬曆初年，有些奏疏，一篇不到二百字的短文，就有五六個錯別字，三四個語句不通順的地方。
信實分析法和六何法，這種官八股，就是逼官員把上奏的奏疏看一下。
何人、何時，代表著朝廷可以隨時對奏疏呈奏之事進行復查，一旦發現沒做，那朝廷會追責，如此之下，官員自然要對每一篇奏疏都仔細看一遍。
凌雲翼、周良寅的《官廠釐革積弊疏》從凌雲翼回京後就開始草擬，一直到六月初，才完成了初稿，每一件事都有具體的人去負責。
“準行。”朱翊鈞稍微猶豫了下，最終硃批了凌雲翼的第二本奏疏，在皇帝看來，凌雲翼這本奏疏，唯一有些問題的地方，就是他也在搞恩情敘事。
朱翊鈞不反對恩情敘事，封建帝制之下，朱翊鈞作為皇帝，除非他下退位詔書，宣佈大明亡了，否則這恩情敘事就是必然，這太愚蠢了。
但他也認為過猶不及，凌雲翼就做的就有些過分了，比如懸旗掛幟彰聖德，比如聖訓每日誦讀。
做的過頭了，容易引起人的逆反心理，朱翊鈞將其中比較過分的恩情敘事，刪減了一部分，這篇奏疏立刻變得完美了起來。
萬曆十八年六月，泰西大帆船晚了足足半個月的時間，才抵達了松江府新港停靠，而這一次，大帆船的規模只有三艘，這三艘貨船是十八年來最少的一次，連萬曆元年，都有五條大帆船。
松江市舶司自然要詢問原因，如果費利佩不想跟大明做生意了，大帆船也不要來了，經過反覆溝通後，才知道為何出現了這樣的問題。
本來從利馬港出發的大帆船有五艘，可其中兩艘迷航在了大洋之中。
費利佩缺少足夠的領航員，啟用了一批經驗不足的領航員，直接導致了船隻的迷航，這也是遠征失利帶來的影響。
經驗豐富的水手死在了遠征的途中，大西洋的狂暴風暴，吞沒了船隻和那些水手。
除了迷航之外，富饒銀礦再次發生了土著暴動。
富饒銀礦的白銀產量大幅度下降，本來年產六百五十萬兩到八百萬兩白銀的富饒銀礦，今年只有二百五十萬銀，導致大帆船沒有足夠的白銀，換取大明貨物。
而且智利硝石礦也被波及，產量減少，讓西班牙使者頗為焦慮。
可是松江府計算了今年流入大明的白銀，相比較去年，富饒銀礦流入大明的白銀，非但沒有減少，反而增多了，從二百萬銀，增加到了近四百萬銀的規模。
大明是可以確定白銀來源的，緹騎查案裡有一條重要的手段就是稽查銀路，白銀是一種礦產，各地產的白銀，有十分細微的差別。
富饒銀礦真的發生土著暴動了嗎？可是，秘魯總督府來的船隻，依舊帶足了白銀。
秘魯總督府正在變得不忠誠，有了自己的小心思，才有了所謂的土著暴動白銀減產。
白銀壓根沒有減產，這些白銀都到了大明，換取了足夠多的貨物，洗一遍澡，就成了來源不明、但是很好用的商品。
至於商品的來源？當然是大明走私商人走私過來的！
這次虛無土著暴亂，也造成了智利硝石的減產。
智利硝石去了哪裡，大明也一清二楚。
今年各市舶司統計，來自智利的硝石增加了兩百萬斤，而兩百萬斤硝石，只能換取十萬斤的火硝，這些火硝足夠秘魯、智利總督府維持自身統治了。
在各國使者乘坐快船來到京師的時候，黎牙實邀請的天文學家、數學家邁克爾·馬斯特林也如約來到了大明，在四夷館見到了邀請他的黎牙實。
“二十年了，我們終於又見面了。”邁克爾看向了旁邊的緹騎，在來的路上，那些到訪過大明的使者，反反覆覆提醒過邁克爾，這些穿著飛魚服的人，是大明最危險的人物。
“不必為我擔憂，我現在有點麻煩，等和你見面之後，我要回去繼續坐牢。”黎牙實的神態比較輕鬆，他已經更換了牢房，回到了自己的小單間裡，這代表著自己順利過關了。
“很危險嗎？”邁克爾有些擔心，大明似乎有些危險，他已經在考慮，是不是坐船回泰西了。
他來的很困難，這一路非常艱辛，為了黎牙實信中寫的科學聖殿，邁克爾還是遠渡重洋來到了大明。
“並不危險。”黎牙實想了想，還是和邁克爾分享了下自己的坐牢經歷，這個經歷有點漫長。
聽完了黎牙實的描述，邁克爾愣愣的看著黎牙實，呆滯了很久，才驚訝的說道：“你這不是勇敢，是在向死神挑釁，大明皇帝難道是聖人嗎？居然原諒了你這樣無禮的冒犯！”
大明皇帝，東方世界至高無上的存在，而且因為沒有神壓在頭上，大明皇帝的權力，就是神一樣的存在。
黎牙實敢在泰西對神不敬嗎？顯然不敢。
但黎牙實在大明敢，還做了不止一次，還都順利的活了下來。
“我又沒有撒謊，我講的每一句都是實話。”黎牙實嘴硬的回答了一句。
其實他也意識到了問題，見到了老朋友，在老朋友的提醒下，他才忽然意識到，自己確實有些幼稚了，這種行為非常不妥，像是在刀尖上起舞。
邁克爾更加疑惑，他攤開了兩隻手，十分不解的說道：“我的老朋友，你現在似乎變得幼稚了很多，講實話就可以免除雷霆之怒嗎？”
“你是勇敢的水手，你的足跡走過了無數的高山、河流和大洋，你知道，通常情況下，我們很難去講實話。”
“就像現在，西班牙的每一位宮廷秘書，都知道應該勸說費利佩殿下停止遠征英格蘭，但沒有一個宮廷秘書敢說出這句話來，甚至還要不斷的附和，遠征英格蘭的必要。”
“讓已經失控的暴君不那麼憤怒，這樣才能保住自己的性命。”
邁克爾途徑西班牙，西班牙幾乎每個人都知道遠征英格蘭已經成為了一個賠錢的買賣，最好的做法，就是停止遠征。
如果一次就將英格蘭拿下，那遠征自然是大賺特賺，但這種曠日持久的拉鋸遠征，對帝國而言是非常致命的，西班牙從上到下都有了很多的怨言，但沒人告訴做出決策的費利佩。
費利佩已經變成了一個失控的暴君。
“陛下還年輕。”黎牙實倒是很寬心，陛下一如既往的英明，雖然這些話，陛下聽了不開心，但也不會過分威罰。
邁克爾低聲說道：“費利佩年輕的時候，也是非常博學，且充滿了智慧。”
黎牙實笑著說道：“等陛下老了，我早就死了，甚至連屍骨都腐朽到不能腐朽，我並不擔心你說的問題。”
“好吧。”邁克爾聞言，也是露出了笑容，的確，他們倆個都已經快六十的人了，還能活幾年呢？
“你在書信中，說已經知道了我的公式為什麼會計算錯誤。”
“你告訴我，只要我來到大明就告訴我答案，現在，我就站在你的面前，你能告訴我原因嗎？”邁克爾面色變得嚴肅了起來。
他賭上了自己的性命出海，就為了答案，他要知道自己追尋了一生的公式，究竟哪裡出現了問題。
皇帝還準備以‘來都來了’為由留下邁克爾，這邁克爾根本就是抱著殉道的目的，才踏上來到大明的道路，來了也沒打算走。
死在哪裡都是死，但臨死前搞不清楚自己錯在哪裡，死也不甘心。